在古人眼中，人体就是一个小宇宙。能解释宇宙的理论当然也应该能解释人体。所以，把解释宇宙的哲学概念引入到医学中来，只是迟早的事情，而且并不是一个漫长的演变过程，首先想到这个主意的人也必然是一位勤于思索的思想者，灵光闪现，突发奇想，于是就把放之于宇宙皆准的阴阳五行拿来放之于人体得了，而且越推演越觉得有道理，后人就此难以跳出这个圈子，抱定阴阳五行绝不撒手，于是两千年至今，人人会说五行，个个能讲阴阳。
从现有的文献来看，医学与阴阳五行挂钩，最早的源头应该是中医的祖典《黄帝内经》，简称《内经》，由《素问》和《灵枢》两部分各八十一篇组成。
黄帝内经，当然不是黄帝所作，也不是在黄帝时所作，而假托黄帝之名，以黄帝与他的臣下岥公、雷公、伯高等讨论医理的方式，表达了作者对人体的某种认识。这种态度本身就有问题，导致后来故弄玄虚捏造事实的把戏成了中医理论的一个标准套路，说起来是为了让病人相信自己好治病，实是沽名钓誉，有欺骗之嫌。内经的作者即非一人，亦非成于一时，而是许多医家观点的总结。这个特点决定了它的内容极其琐碎，全靠阴阳五行撑起了核心，如果拆去阴阳五行，内经就是一堆零散的闲话。这也是后来中医理论的通病，如果把阴阳五行去除，则根本没有理论，算是内经的遗传病吧。
最早提到《黄帝内经》书名的是西汉时刘向的《七略》，有“黄帝内经十八卷”之说。所以可以推测此书成于战国至秦汉时期，它的出现，标志着中医由积累经验向系统理论的转变。因为它主要是说理的，它的内容不止于阴阳五行，还涉及整体观念、藏象经络、病因病机、诊法治则、预防养生和运气学说等等，这些会在后文一一论及。现在单说它的阴阳五行。
《黄帝内经》借黄帝和歧伯的问答，给出了阴阳的普遍定义：“且夫阴阳，有名而无形。”又说：“所谓阴阳者，去者为阴，至者为阳；静者为阴，动者为阳；迟者为阴，数者为阳。”这种定义方法叫列举法，可以无穷列举，便于全面理解。而且天地皆是由阴阳构成，“积阳为天，积阴为地。”阴阳的基本性质是：“阴静阳躁，阳生阴长，阳杀阴藏。”又强调了阴阳的重要性：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。治病必求于本。”就此奠定了阴阳的无上地位。
既然治病离不开阴阳，首先得明白人体阴阳的定义。内经的阴阳划分是很讲究的，有时把人体分为左右两部分，有时分为前后两部分，“背为阳，腹为阴”，又时又分为里外两部分，“皮肤为阳，筋骨为阴”；有时又分为上下两部分，“腰以上为天，腰以下为地”，而根据“天为阳，地为阴”的原理，所以腰以上是阳，腰以下是阴。至于为什么把腰以上定为天，以下定为地，那是不需要解释的。而且腰这个边界也太宽泛了点，那根本不是一条明确的分界线，而是一片模糊的区域，个子高矮不同，这片区域的大小也不同。所以，在天和地之间还有一片范围不确定的飞地。
从腰部划了界线以后，又把脚部的“十二经脉以应十二月，月生于水，故在下者为阴”；把手上的“十指以应十日，日主火，故在上者为阳。”这样把手脚与日月一一对应了起来。这里有几个困惑难以得到解释：为什么说“月生于水”，难道只是因为月光如水么？又为什么把手指与十日对应起来，难道那时天上仍然存在着十个太阳么？当然，这些问题于中医理论而言，都是不需要解决的问题，反正你懂的。人体就这样被强行阴阳大分。
但这只是一个层次而已。
在腰以上和以下，还要进一步细分。腰上部分，以心脏“为阳中之太阳，肺为阳中之少阴，肝为阴中之少阳，脾为阴中之至阴，肾为阴中之太阴。”这样，在阳的腰上部位，又出现了阴的器官，这又符合了“阴中有阳，阳中有阴”的说法。然后每个器官也分阴阳，这样一轮一轮的细分下去，“数之可十，离之可百，散之可千，推之可万。”所以，于人体阴阳而言，是有无穷多层次的，可以一直分到正电子和负电子水平。这也是中医理论家们最引以为自豪的地方，他们总是可以声称先贤们早已超越了现代科学水平，早已对几乎所有现代科技成果了然于胸，并早已用模糊的语言给出了权威的解答。事实这完全是两码事。而且中医的阴阳层次太多，给后来的用药带来了一个极大的麻烦，因为用药的一个重要原则是针对阴阳的。
问题是，它到底针对哪一个层次的阴阳呢？
对此中医一反此前对阴阳的琐碎分类，用药时却是概括而笼统，他说你需要补阴，就直接给你补阴的药物，而不再去细化考虑所谓阴中之阳的还是阳中之阴的问题，这在中医治病一章再行论述。
内经还把地理方位分出了阴阳，并与人体相互作用，比如“天不足西北，故西北方阴也，而人右耳目不如左明”；“地不满东南，故东南方阳也，而人左手足不如右强。”不知身处东南的左撇子有何感想。
内经这么说，是有着自己的理论依据的：因为东方属阳，“阳者其精并于上”，导致“上明而下虚”，所以“耳目聪明，而手足不便也”。而西方与东方正相反，“阴者其精并于下”，“则下盛而上虚，故其耳目不聪明，而手足便也。”
这是一种典型的跳跃式推理过程，是中医经典理论的病根所在，它们根本不在乎中间的过渡，直接就可以从有限制前提得出无限的结论，而且是想要什么结论就有什么结论，当中的推理环节却是空的。时代发展到如今，有谁能明确告诉患者，为什么生在东方会导致“耳目聪明”和“手足不便”？为什么生在西方又会让人“耳目不聪明”和“手足便也”呢？难道西方人听力都不好，东方人都是千里耳吗？
而且这种分类方法的一个重要问题是坐标问题，到底以哪里为标准指示东南或西北呢？所处的方位不同，看东南西北的效果是完全不同的。对此，内经根本不予考虑，而后来医家也跟着不予考虑。似乎他们没有义务去考虑连经典上都没有考虑过的问题。
但这并不表明后人学习内经不认真，事实上他们非常勤奋，而且学习以后还作了大量补充说明，对哪些是阴哪些是阳也作过认真的思考和总结，大致是：凡是剧烈活动的、外向的、向上升腾的、温热的、明亮的，感觉有点积极的因素的，都属于阳；而那些相对静止的、内守的、下降的、寒冷的和阴暗的，不讨人喜欢的，都属于阴。
不需要太细的研究就可以看出来，这种分类方法没有任何明确而具体的标准，靠的就是感觉。他们还非常自信的把这种分类原理直接运用到人体，把那些使人兴奋的，给人以推动的和温暖的事物定性为阳。而对人体起到抑制、或者滋润作用的，让人感觉寒冷的都是阴。
构筑了阴阳这一医学概念后，内经的伟大任务只完成了一半，它的另一项基础性工作是把五行也与医学挂起钩来。
五行并不是医家的发明，但把五行与五脏联系起来，再与各种疾病和药物联系起来，使人的身体及身体中所发生的一切都与大自然成为一体，则是医家的创造，而且这一创造是一锤定音的工作，完成以后就很少再有改动。
内经对五行的最直接的运用是把五脏与五行挂钩，然后再通过五行与自然界中的其他现象挂钩，这样人体就与自然浑为一体，号称天人合一。在这迷人口号的背后，事实上隐藏着各种生硬的莫名其妙的联系。比如，五行先与五脏对应，即金、木、水、火、土分别对应肺、肝、肾、心、脾。这当然是不够的，因为身体还有很多其他零件，也需要一一拿出来对应一下，而且都需要凑成五项才行，什么五体：筯、脉、皮、肉、骨；什么五窍：目、舌、口、鼻、耳；什么五华：爪、面、唇、毛、发；又把人的情感，神志，外部的颜色，味道，声音，果实，虫子，家畜和五谷等等，凡是能想出来的东西，全部拉了五个代表出来作一个对应。
这种对应是如此的丰富，不能不让人叹为观止，硬把毫不相关的东西拉到了一起暴力拉郎生生配鸳鸯也是需要相像力的。
应该承认，这里面五窍的说法比较容易理解，毕竟大家都在开口向外的，而且正好是五个功能。至于为什么把皮肉骨什么的放在一起作为一类，却是有点不清不楚，反正就是这么回事。而更让人想不透的是与五腑的对应：即胆、小肠、胃、大肠、膀胱。对中医理论稍有了解的人都知道，五脏是和六腑合说的，为什么这里却是五腑呢？原因很简单，因为六腑的数目是六，而五行只有五项，如果不去掉一项，你让他怎么能对应的完全？所以不得不忍痛割爱，把六腑中的“三焦”硬是给阉掉了，并且不解释任何原因。不只是对这一点不解释原因，而是对所有对应关系一律不解释，或者勉强承认有解释，但最终也等于不解释。比如肝为什么属木？答案通常是这样的：因为肝喜条达而恶抑郁，有疏通气血、调畅情志的功能，这一特点与木的升发、条达、舒畅的性质相似，所以肝脏属木；其实同样的解释也可以用于肾脏，因为我们完全也可以说肾脏有喜条达而恶抑郁，有疏通气血、调畅情志的功能；同样还可以说肺说心说脾，没有哪个内脏是可以抑郁而不疏通的，也没有哪个内脏是没有调畅情志的功能，那为什么只把木配给了肝呢？而把金配给了肺呢？
同样的问题可以连续问下去。比如为什么心属火，内经是这么解释的：火性温热，其势炎上，具有温煦之功，其性类火，故心属火。当然，它不会进一步解释为什么心具有温煦之功的，如果有谁非要说肾脏或者肝脏也有温煦之功，又有什么不可以呢？难道只你可以硬说，我就不能乱指？
谁都可以看出，五行与五脏的配比纯粹是牵强附会生拉硬拽而来，根本没有任何说得过去的理由或依据。然而后来医家们并没有因此而感到任何不安，他们泰然享受着阴阳五行理论给他们带来的心理安慰，并以此来安慰病人。
前面说过，五行是与自然界中的很多东西都有配比的，这样五脏就通过五行与自然浑为一体了，比如，五行可以配四时，所以五脏也可以配四时。但因为四时少了一项，所以在与五脏配比的时候，不得不做点手脚，把脾给去掉了，而只以肝、心、肺、肾对应春、夏、秋、冬。黄帝对此也很奇怪，为什么会单把脾去掉呢，而不是把心或者肺什么的去掉呢？岐伯是这样解释的：因为脾在五脏中央，它不单独对应任一时节，而是“常以四时长四脏，各十八日寄治”，所以并不专属于哪个单独的时节。事实上，脾到底是不是在五脏中央，有个初中知识就可以回答了。为此，后人不得不对这一说法进行修正，有人说脾主六月，即长夏。这是最简单的方法，从春夏秋冬四时中硬挤出一个月来与脾对应，那么“土”也就顺便有了着落，这算是医家理论对哲学理论的一种反哺吧。
与四时对应以后，人的内脏就有了季节性了，在四时的重要性是完全不同的，比如在春天要注意养肝，而在夏天注意养心，秋天养肺，冬天养肾等等。养的主要手段就是通过“天气”，“地气”和“人气”的调和。内经说：“正月二月，天气始方，地气始发，人气在肝。”所以这时养肝正合适，为什么正合适呢？是因为“人气在肝”。至于什么是“人气”，为什么会在肝，为什么又会养肝等等，诸多小问题，都是不需要回答的。最妙的是“人气”一直处于流动之中，在人体内随着四时不同而在内脏间来回巡查，三四月就跑到了脾上，五六月到头上，七八月在肺中，九十月在心里，最后两个月天封地冻，地气闭合，所以“人气在肾”。这种“人气”流转的过程也是不需要论证的，只需要这么说一下就行了，后来的医家们也就天真的相信了这一流动循环的存在，从不质疑。
注意，这里在五脏之外，多了一个“头”出来，为什么呢？
原因说起来极其简单，只是因为把一年十二个月以两个月为单位分开来算的，十二除以二的结果是六，所以必须配上六件东西，于是硬把“头”拉出来算数，这一理论被后来医家尊为“六时六脏”理论。
原来，“头”也可以是内脏的。
之所以造成这一奇观，完全是因为十二个月造成的，十二月这个数字讨厌就讨厌在它不是五的整数倍，除以三就是四，除以二就是六，总是不能和五完全吻合，而那时人们又不习惯用小数，所以便有了六时配六脏一说。
不过由此也可以看出，到底是四还是六，内经还是颇费了一番心思的，并且数学水平不差。
当把五脏与五行对应以后，很多复杂的关系就可以建立起来了，比如木可以生火，就可以得出肝生心的结论，因为肝与木是对应的，心与火是对应的，平行推导一下就可以了。此外还有火生土，所以心生脾；土生金所以脾生肺；金生水因而肺生肾；水生木因而肾生肝。相克关系也是比照相同原理进行，因为金克木，所以肺克肝，依此类推。五脏就被用这种平行和反平行对应的方式搅成了一个整体，每一个内脏都可以通过奇特的方式和其他内脏发生关系，这种关系要么是友好的，就是相生；要么是不友好的，就是相克；如果“克”的太过分，就变成了相乘；也有的内脏奋起反击，反过来欺侮准备来“克”它的内脏，就是相侮；比如，正常情况下是金克木，有时木特别强盛，又会出现木侮金的情况；如果不是因为木的强盛，而是因为金的虚弱，就是“金虚木侮”。
在五行的指导下，地理方位与内脏也被联系了起来：“东方生风，风生木，木生酸，酸生肝，肝生筋，筋生心，肝主目。”这一说法线条分明，毫厘不爽。在这种千变万化背后的掩藏着同一种本质性的东西，那就是“神”，神与气有所相同又有所不同，这东西变化无穷，“在天为风，在地为木，在体为筋，在藏为肝，在色为苍，在音为角，在声为呼，在变动为握，在窍为目，在味为酸，在志为怒。”以此反推，则得出它们之间的制约关系：“怒伤肝，悲胜怒；风伤筋，燥胜风；酸伤筋，辛胜酸。”
要治病就得吃药，而根据五行理论，药物也必然被按五行归类，《内经》正是这么做的，将所有药物分为木、火、土、金、水五大类，分类的具体标准是根据药物的味，即：酸属木、苦属火、甘属土、辛属金、咸属水。而不同的味的药物各有其喜归的脏器，这就是药物归经。“酸先入肝，苦先入心，甘先入脾，辛先入肺，咸先入肾。”在正常情况下，进入相应五脏的药物可增益该脏之气，太过则又可遏伤脏气，所以啊，药不能多吃，也不能少吃。至于到底吃多少正合适，那就看医生的心情和病人的钱包啦。当然，你不能问为什么“苦先入心”之类的问题，因为没有人打算真正回答你。
不同味的药物当然要具有不同的功效，比如酸味药有收敛之性；苦味药有降泄燥湿和坚阴之性；甘味药有缓急之性；辛味药有发散之性；咸味的药物有软坚之性。而其中的发散类药物属阳，涌泄类的属阴。这样又把药物分出了阴阳。自然界中五花八门千奇百怪的动物植物和真菌，就这样被简单归类。学过现代生物分类学被拉丁文折腾的死去活来的读者们看到这里，会不会感动的泪流满面？
这样把药物分好组，把五脏分好组，再把疾病分好组，临床用药组方就方便了，只要按五行相生相克什么的来治病就行了，原理极其简单。比如你有火病，就用水药来治。
顺带说一下，除阴阳五行外，内经的高论还有很多，比如大讲“以我知彼，以表知里”，就是所谓司外揣内，只要看看病人的表面现象，就知道他内里得了什么病。后来被各方人士深入研究，衍生出了天眼奇谈，功夫高深到了一定程度，可以内景返观，把人体看个通透。只可惜这个信的人相对较少，除了智力极度低下者以外，现在基本是没有市场了。
很明显，内经对阴阳五行实行的是拿来主义，将一个原本不是医学理论的理论强行改造为医学理论，这个粗暴的做法从一开始就是错误的。把一个错误的理论作为中医的指南针，不得不说，它比起马王堆汉墓出土的《五十二病方》来，是一个大大的退步，毕竟《五十二病方》没有受到所谓阴阳五行理论的污染，所以治疗的心态还算是纯正。后来医家自从有了阴阳五行理论以后，在病人面前扯淡的话就多了起来。
可以这么说，如果不是有阴阳五行的中医理论，中医的发展可能会更好些。
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