就小说叙事的整体结构而言，神瑛侍者势必是补天弃石的另一化身。这一补天弃石在下凡历劫之前，曾以自由之身到警幻仙子处游玩，此时身分变为神瑛侍者，始得以甘露之水对林黛玉的前身绛珠仙草有灌溉之恩，最后才在警幻仙子前“挂了号”，由一僧一道引领到凡间享受繁华欢乐，并连带地引发绛珠仙草的入世以还泪偿恩，展开人间的另一段情缘。
神瑛侍者中的“神”字作为对立于“俗”界的意义自不待言。《说文解字》对“瑛”的解释是“玉光也”，《玉篇》则谓：“瑛，美石，似玉；水精谓之玉瑛也。”补天弃石，不是素朴之野物，而是经过锻炼、美质已具的玉石了。就此，可以证明女娲补天所遗之石确然为玉石，与入世后的通灵宝玉一以贯之。
补天弃石、神瑛侍者、通灵宝玉三者的关系，是一个很难科学化的问题。说三者合一，是因为从整体的叙事结构而言，三者必须是同一的，只有这样才能与入世后的种种故事相符。
绛珠仙草受恩于神瑛侍者，故以眼泪还他，而入世后的苦恋对象是贾宝玉，因此第五回有“都道是金玉良缘，俺只念木石前盟。”第三十六回贾宝玉梦中喊骂“和尚道士的话如何信得？什么是金玉姻缘，我偏说是木石姻缘！”足证神瑛侍者与贾宝玉是合二为一的。
第二十五回中，贾宝玉被马道婆的魔法所祟，已奄奄一息，就在生死一线之际，一僧一道及时赶来救治。僧道的目的是救贾宝玉，却持诵作法于通灵宝玉。通灵宝玉的恢复灵明的同时，也就是贾宝玉的起死回生。通灵宝玉可以说是贾宝玉的灵性或灵魂，甚至是生命的本源。
作者是根据入世后的种种叙事需要，也就是对贾府而言是人生价值的无才补天、对林黛玉而言是爱情上的苦恋还泪，才后设地为之创造神话论述，分别给予一种先天命定的解释，不在乎是否可以符合科学的一致性。
六者之间：曹雪芹、贾宝玉、补天弃石、神瑛侍者、通灵宝玉、《石头记》，应该正如有学者所说的那样：实际上，作者写了六位一体：石头、通灵玉、石书、神瑛、贾宝玉、作者。这些意象、幻相、物相六位一体，有共性，有个性，有相通相似内在联系，又各有区别。作者还写了一些意象、幻想、物相及事情加强六者之间的联系，如：悼红轩、赤瑕宫、绛芸轩、怡红院，并在通部书把石、玉、瑛的品格精神在宝玉身上充分体现出来；最后，石头复还本质，复归山下，身上“编述历历”，是石头“亲自经历的一段陈迹故事”（作者带有自传色彩的书）。
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