外国企业合并申报缴纳所得税，所涉及的营业机构适用不同税率纳税的，应当合理地分别计算各营业机构的应纳税所得额，按照不同的税率缴纳所得税。如各营业机构有盈有亏，盈亏相抵后仍有利润的，应当按有盈利的营业机构所适用的税率纳税。发生亏损的营业机构，应当以该营业机构以后年度的盈利弥补其亏损，弥补亏损后仍有利润的，再按该营业机构所适用的税率纳税；其弥补额应当按该亏损营业机构抵亏的营业机构所适用的税率纳税。《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业所得税法若干执行问题的通知》（国税发[2000]152号）规定，外商投资企业和外国企业汇总或合并申报我国境内各分支机构或营业机构企业所得税时，当某些机构发生亏损，首先应用相同税率机构的盈利进行抵补；若没有相同税率机构的盈利，可用与亏损机构相近税率机构的盈利进行抵补。
税法规定，企业境外业务之间的盈亏可以互相弥补，但企业境内外之间的盈亏不得相互弥补。
六、税务机关查补的所得额不能弥补亏损
内资企业所得税法（国税发[2006]56号）规定，查补的应纳税所得额，应并入所属年度的应纳税所得中，按税法规定计算应补税额，但不得弥补以前年度亏损，不得作为计算公益、救济性捐赠税前扣除的基数。
《国家税务总局关于外商投资企业虚报亏损税务处理问题的通知》（国税发[1997]102号）规定，企业经税务机关审查调减多报的年度亏损额后，当年实现获利的，应确定其为获利年度，按其经调整后的应纳税所得额计算缴纳所得税或开始计算定期减免税期；企业经税务机关审查确定的多报的年度亏损额，冲抵其以后年度应纳税所得额，造成实际少缴税款的，应计算补缴少缴的税款；造成推迟获利年度及定期减免税期的，应重新计算获利年度及定期减免税期。
七、企业虚报亏损的要受到处罚
企业虚报亏损是指企业在年度企业所得税纳税申报表中申报的亏损数额大于按税收规定计算出的亏损数额。内外资企业所得税政策都规定，企业故意虚报亏损，在行为当年或相关年度造成不缴或少缴应纳税款的，按偷税处理；企业依法享受免征企业所得税优惠年度或处于亏损年度发生虚报亏损行为，在行为当年或相关年度未造成不缴或少缴应纳税款的，按规定处以5万元以下罚款。
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