《汉书?艺文志》所载书目中医经类有《黄帝内经》、《黄帝外经》、《扁鹊内经》、《扁鹊外经》、《白氏内经》、《白氏外经》、《白氏旁篇》等七家，经方有《汤液经法》等十一家，年堙代远，多已佚失。今所存着，医经有《灵枢》、《素问》、《难经》；经方有张仲景《伤寒杂病论》，今传本析为《伤寒论》、《金匮要略方论》。考其大旨，其主要差别为医经倡阴阳五行、运气学说，且以之附丽于脏腑；《伤寒论》则以六经辨证为某病、某脉证、某方，脏腑指解剖学上的同名器官。
细释经文，《素问》中的脏腑，乃是脏象，据象以推理，据理而验证。实质上是来自对临床病象的逆测，划分为五脏生理功能系统，以虚证实，再验证之于临床，如“帝曰：脏象何如？岐伯曰：心者，生之本，神之变也；其华在面，其充在血脉，为阳中之太阳，通于夏气。”此心指同名器官，又“心之合，脉也。”指心血管循环系统。若心衰缺氧，可使神昏，故“主不明则十二官危”，“心者，君主之官，神明出焉。”其概念已外延为中枢神经系统。“肺者，气之本，魄之处也；其华在毛，其充在皮。”指呼吸系统。肺主皮毛，来自对呼吸道感染时发生的恶风、恶寒、寒在皮肤、热在皮肤等症状的逆测。“肾者，主蛰，封藏之本，精之处也；其华在发，其充在骨。”肾指生殖内分泌系统。可由生理性衰老发焦、齿落、骨痿以及虚劳病“阴寒精自出”等病象处测知。“肝者，罴极之本，魂之居也；其华在爪，其充在筋。”指运动系统，由脑疾患、抽搐、痉挛等症状测知。
以脏象为基础，掺入五行生克说建构成医经理论的主体性框架，外应五时五气从病因、病机方面加以附会和补充。如“百病之生也，皆生于风寒暑湿燥火。”“天有五行，御五味以生寒暑燥湿风，人有五脏生五气，以生喜怒思忧恐。”演进至现代脏腑辨证，常采用以下两种方式：
1．中医辨证，西医辨病，如心虚证（冠心病、心肌梗塞、心肌炎、心肌病、冠心病、风湿性心脏病、高血压、甲亢、甲亢性心脏病、贫血、贫血性心脏病、肺结核、甲状腺功能亢进、甲亢性心脏病、贫血、贫血性心脏病、肺结核、甲状腺功能减退等）可分为心气虚、心血虚、心阴虚、心阳虚证，临床测试均可见有不同程度的左心功能低下和心血管植物神经功能紊乱。
2.中医辨病辨证，如肝病分：①肝气郁结（神经衰弱、肝胆病乳腺病），②肝郁脾虚（消化道疾病），③肝火上炎（眼病），④肝胆湿热（肝炎、胆囊炎），⑤肝血亏虚（贫血），⑥阳亢化风（颅脑疾患），⑦血虚生风（神经系统疾病），⑧肝肾阴虚（高血压、眼病、神经衰弱）等，显示出症候隐含的多态性和同态性。根据脏腑辨证分型，治疗划分成一些相对固定的方剂或药物组合，其中大部分源于经方。
在脏腑症候实质的实验研究中陈小野氏发现特异性弱这一难以逾越的“障碍”，源于一证隐含的多态性和多证隐含的同态性。如脾虚证上百个指标中相对较高的仅有酸刺激后唾液淀粉酶活性下降和木糖吸收率下降两个，且其阳性结果之间有较大分离现象。它真实地反映了脏腑的实质，此“藏居于内，形见于外”的心肝脾肺肾已不同程度远离解剖学上的同名器官，每以非解剖学面貌，表达机体病理变化的被划分。因是来自对病象的逆测，逆测必失真，故脏腑生理功能和证侯，必表现有重叠和阙漏，使脏腑概念、内涵模糊，外延广泛，使脏腑辨证难以有明确的界定和统一的规范。
《伤寒论》条文中脏腑概念确切，逻辑严密，层次分明，皆指同名器官或病位。如心阳虚证：“发汗过多，其人叉手自冒心，心下悸，欲得按者，桂枝甘草汤主之。”另条文中：“心中懊侬”、“心烦”、“心动悸”等均指心脏症状；“心下有水气”、“心下痞”、“心下痛”、“心下满”以及结胸证中“从心下至少腹硬满而痛不可近”均指病位。《伤寒论》六经辨证，不以脏腑命名，太阴脾、肺、少阴心、肾、厥阴心包络、肝为后世医家语，原文未载。太阴病转愈辨证中仅有：“至七八日，虽暴烦下利，十余行，必自止，以脾家实，腐秽去故也。”一条，脾指消化道器官。又如伤寒咳喘症状，由浅入深，证之轻者隶属太阳，如“太阳病，头痛发热，身疼，腰痛，骨节疼痛，恶风，无汗而喘者，麻黄汤主之。”重得归属少阴，如“少阴病，六、七日，息高者死。”息高为心衰伴发呼吸衰竭，泛及循环系统和呼吸系统，但辨证却不言心、肺两脏，又少阴病条文无“肾”字，厥阴病中亦未书“肝”脏。
与伤寒伴有全身性症状不同，《金匮要略》杂病因局限性病理变化，部分病种以脏腑命名，亦指解剖学同名器官和病位，如肺痿（肺结核）、肺痈（肺脓肿）、肺胀（喘息、肺气肿）等。条文中“咳唾脓血。脉数虚者，为肺痿；数实者，为肺痈。”“上气喘而燥者，属肺胀。”肺痿分型：肺中冷用甘草干姜汤；肺阴虚用麦门冬汤；心动悸者用炙甘草汤。肺痈分型：久久吐脓用桔梗汤；喘促用葶苈大枣泻肺汤；胸中寒者用桔梗白散；胸中热用千金苇茎汤。肺胀分型：喘重，目欲脱状用越婢加半夏汤；有痰饮水邪用小青龙加石膏汤等。又如胸痹心痛短气（冠心病、心肌缺血等疾患）中“心痛彻背，背痛彻心”指同名器官心脏，由轻及重，选用栝楼薤白白酒汤、乌头赤石脂丸等方。但亦有时不用脏腑命名而选用病名，如腹满寒疝宿食与“脾”相关而不言脾；中风、半身不遂与“肝”相关而不言肝；虚劳与“肾”（生殖、内分泌）相关不言肾；水气病与“肾”（泌尿系统）相关不言肾、膀胱等。又水气病中心、肝、肺、脾、肾水均指病因、病理部位。
综上经方在临床辩证和治疗学上除“死”、“不治”等危症未出方外，采取“有是证便用是方”，用之得当，困苏废起。但因师承、传者、受着知识结构、辩证难度大、环境因素以及别派医家影响，若干年间未能占主导地位，甚至被湮没在“古方今病、不相能也”的错误导向中。
50年代以来在党的中医政策指引下，由于中医事业的振兴和中西医结合研究的进展，使《伤寒论》中传经和六经的实质，得以日益昌明。伤寒六病乃是急性热性病中可能出现的成套的不同阶段病理变化，如发热、炎症、微循环障碍、水电解质和酸碱平衡紊乱、休克、缺氧、弥散性血管内凝血（DIC）以及心衰、呼吸衰竭、中枢神经衰竭等。经实验研究，太阳少阳病阶段体液内环境尚未大变化。阳明经证为机体抗损害反应高热持续期；阳明腑实证为肠源性内毒素血症。太阴病属脱水、水和电解质代谢紊乱。少阴热化为温休克、心衰代偿期；少阴寒化为冷休克、心血管衰竭综合征。厥阴气分属中枢神经中毒性反应；厥阴血分属DIC等。其证实质具有可重复性、可检验性，通过方证反馈动物实验，能作出可操作性解释。以少阴病为例，龚传美氏报导：“四逆散对麻醉猫有显著的升压作用，与去甲肾上腺素有类似作用。”陈玉生报导：“注射四逆汤可提高大肠杆菌内毒素休克家兔动脉血压，减轻机体代偿性呼吸增快，并使微血管血液流速增快，红细胞电泳速度增快，还能增强在位及离体心脏的收缩性。”
综上可见，经方颇具客观真实性，而医经脏象理论掺入五行、运气学说更多主观随意性。清?王清任《医林改错》指出脏腑概念与解剖所见不符：“前人创医书脏腑错误，后人遵行理论，病本先失。”近代章太炎氏首倡五行无当说：“《素问》、《八十一难》等以五脏附五行，其始盖以物类比况，久治遂若果见其然者，要之借为掩饰，不以典要视之。金元以下弃六朝切实之术，而以五行玄说为本。”“五行之说亦与哲学何与？此为汉代纬候之谈，可以为愚，不可以为哲也。”“陆渊雷氏又谓“中医取戾之道，固在医经，不在经方。” 又说：“五行诸说，在所不取，《伤寒论》本少五行诸学，偶有存着，宜置勿论。”60年代许自诚氏著文：“对祖国学上所动用的阴阳五行，只是认识脏腑的生理机能活动的病理变化的一种说理工具，祖国医学理论的核心看来是脏腑学说。”笔者赞同诸家卓见，并认为剥离医经脏象中五行诸说，汲其精华，以经方《伤寒论》为主体，运用现代医学临床实验、实验研究手段，探索伤寒六经与脏腑证侯实质，将有助于推动中医基础理论的科学化进程
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