上文说到，公元1654年，国姓爷因为对李定国“流寇出身”（严格说起来，国姓爷是海盗之子，未必就比李定国“高贵”）存在偏见，双方未能精诚合作，导致李定国的反攻遭遇严重挫折，最后只能无奈退兵。
但不能跟李定国配合，不代表国姓爷就不会跟清军死磕。同年（公元1654年）底，清军漳州协守（相当于漳州卫戍部队副司令）刘国轩向郑成功投降，引郑军进入漳州府城；漳州总镇张世耀（相当于漳州军区司令）见大势已去，带领大小官员全部向郑军投降。趁此有利时机，郑军分兵进击，拿下同安、南安、惠安、安溪、永春、德化诸县，进入兴化地区。
刘国轩塑像，此人最终再次向清军投降
第二年（公元1655年），此时南明永历皇帝位处中国西南地区，受张献忠余部即孙可望、李定国等人的保护，而郑军地处东南沿海，双方距离遥远，中间被清军隔断。南明朝廷难以遥控指挥郑军，因此派使者辗转到达郑成功军中，准许郑成功自行委任官职，武官可达一品，文职可达六部主事，以方便郑成功施政。至此，国姓爷单独设置“小朝廷”已没有任何法理与道义上的障碍。
但是，郑成功没有利令智昏，每次委任官职时，均邀请受他保护的宁靖王朱术桂等明朝宗室在旁观礼，以示谨守臣节、尊重体制。同时，将厦门改名为“思明州”，心中所思展露无遗。
当年（公元1655年）9月，清军3万大军进入福建，与福建地区原有的清军会合，意图进攻厦门。为了应对清军即将到来的进攻，郑成功一方面巩固金门、厦门的防御，一方面派遣部将率领水师两路出击，分别北上进攻浙江、南下攻打广东。其中北上郑军连战连胜，攻入舟山（后来舟山成为张煌言的抗清基地）；但南下郑军却在打下揭阳后被清军击溃。但总的来说，国姓爷的部署令清军腹背受敌、难以兼顾、徒耗军力，达到了战略目的。
舟山群岛曾聚集了张煌言及其麾下大批抗清将士，他们来自五湖四海、各行各业
公元1656年4月，清军终于发起对厦门的进攻，却在泉州海域遭到郑军的迎头痛击，大败而回。6月，郑成功部将黄梧突然把海澄当做“见面礼”向清军投降（黄梧是南下进攻广东的郑军将领之一，因部队遭遇失败被郑成功责罚，畏罪降清，后来成为“禁海令”的鼓吹者）。12月，郑军在福建东北取得护国岭战役的胜利，再次取得大捷，基本消除了海澄丢失对士气的负面影响。
至此，虽然李定国功败垂成，但清军又在国姓爷这里碰到了数不清的钉子（至此难免让人再次感慨，如果这两人配合，南明或许真有“咸鱼翻身”的可能）。郑军仍然处在上升期之中，直到两年之后，郑成功迎来了生命中的第一个辉煌。
国姓爷的第一个辉煌即将来临
注：永历皇帝给予郑成功授予官职的巨大权力，除了双方距离遥远的因素，或许还有一点——他跟郑成功一样，对孙可望、李定国这些“流寇”不放心，虽然此时他正受到这些“流寇”的保护。但是实际上，永历与郑成功之间也缺乏互信，因为在永历与另一位南明皇帝——邵武皇帝“两帝并立”、内讧火并的时候，郑成功也曾奉邵武的命令进攻永历（绍武皇帝是隆武皇帝的弟弟，隆武皇帝则对郑成功有知遇之恩）。如果不是清军趁南明内讧的机会消灭了邵武朝廷，永历很可能就被绍武皇帝给灭了。南明大半河山都沦于清军之手，竟然还充满了各种派系之争，互相提防掣肘，历史就是这么荒谬，让人叹息。
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