公元1662年，国姓爷去世，临终前交代由自己的弟弟郑袭代理招讨大将军。但国姓爷长子郑经发动军事政变，软禁了郑袭，公元1663年郑袭出逃，向清军投降，郑经宣布继承延平郡王爵位。
清廷趁此机会，招揽了一大批随郑袭出逃、熟悉金厦及台湾内情的将领，并趁郑军内部不稳的机会，攻陷金门、厦门。从此，郑经只能困守台湾岛，失去了台湾海峡的完全控制，海贸利润大为缩减。国姓爷生前曾想攻打菲律宾，扩大土地、财源的同时，也惩戒当时实际控制菲律宾的西班牙人（西班牙人统治菲律宾时期，对待当地华人华侨极为残酷），经此内乱，也化为泡影。
郑经塑像
郑经主台后，郑军实力大减，但仍然拒绝向清廷投降，转而希望能依朝鲜例，以藩属的身份加入朝贡体系，又被清朝康熙皇帝拒绝。双方仍然冲突不断。公元1673年，三藩之乱爆发，郑经也派兵反攻大陆。但三藩之间本来就各怀鬼胎，郑经也有着自己的私心，结果就是郑经竟然是在反清的耿精忠和尚之信的地盘上“收复失地”。本来耿精忠与清廷重兵对峙，双方胜负难分，却被郑经在背后不停的捅刀子，陷入了莫名其妙被明清两军“夹击”的局面，最终向清廷投降。
倒霉的耿精忠，竟然受到了明清两军的夹击
耿精忠投降后，郑经直面清军进攻，与清军在福建沿海地区互有胜负，但终究因综合实力差距过大，退出大陆孤守台湾。公元1681年，郑经去世，传令由他与奶妈生的孩子郑克臧继承爵位。但由于郑克臧在当时人的眼中接近于是“乱伦”的产物，郑军内部再次发生火并，郑克臧被冯锡范绞死，郑经次子郑克塽上台（郑军此次内部火并，也有很多人反对冯锡范的主张，因为郑克臧虽然出身不好，但本人却坚毅果断，被视为有郑成功的风范）。
郑经去世两年后，公元1683年，郑军叛将施琅（此时他已官拜清朝水师提督）在澎湖海战中击败郑军舰队，郑军主将刘国轩逃回台湾。冯锡范将郑克塽交给施琅，郑家投降（刘国轩亦投降）。托庇于郑家的明朝宁靖王朱术桂，与五位妃子一同自杀殉国。至此，大明朝跟郑家一起，终于咽下了自己的最后一口气。
郑克塽画像
郑家的故事结束了，但国姓爷的英名却流传至今。或许清朝康熙皇帝为郑成功书写的挽联，可以一窥国姓爷的壮举给时人与后人的震撼和感慨：四镇多异心，两岛屯师，敢向东南争半壁；诸王无寸土，一隅抗志，方知海外有孤忠！
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