元太祖十四年六月，成吉思汗亲统大军从额尔的失河出发，越过阿勒台山，经别失八里(今新疆吉木萨尔北破城子)、仰吉八里(今新疆马纳斯西北)、天地(今新疆寨里木湖)、畏兀儿(今新疆东南地区)、阿力麻里(今新疆霍城西北)、哈刺鲁(今哈萨克斯坦伊犁河以北地区)各以兵从，共23万人，号称60万。摩诃末与大臣议定，命各城坚壁清野，不出战。
成吉思汗于是年中秋前后抵达虎思斡耳朵，稍事集中休整，立即向锡尔河进攻;以哲别率5000骑兵为奇兵，取道畏兀儿、可失哈儿(今新疆喀什市北)、拔汗那(今乌兹别克斯坦费尔干纳地区)，进入阿姆河上游，从花剌子模东南部，进攻摩诃末战略上敏感的地方。以造成切断王国与两大资源地和新军筹建基地阿富汗与呼罗珊联系的假象，吸引摩诃末的注意力。摩诃末中计，派其主力指向拔汗那对付哲别。
成吉思汗率主力乘机推进到锡尔河的讹答剌，分军为四;第一路军由皇子察合台、窝阔台指挥，留攻讹答剌。经强攻六个月，最后占领讹答剌，活捉亦难出;第二路军由皇子术赤指挥，顺锡尔河西北攻占昔格那克(也称速黑纳黑，今哈萨克斯坦契伊利东南)、讹迹邗(今吉尔吉斯斯坦乌支根)、巴耳赤邗(今契伊利西北)，毡的(今哈萨克斯坦克齐尔·奥尔达东南);第三路由阿剌黑、速亦客秃、塔孩指挥，沿锡尔河东南攻占伯纳克特(一作别纳客，今乌兹别克斯坦塔什干西南)、忽毡(今塔吉克斯坦之列宁纳巴德)。成吉思汗与拖雷率领主力，以速不台为先锋，渡过锡尔河，通过600公里宽的基吉尔库姆沙漠，直取不花剌(今乌兹别克斯坦布哈拉)、撒麻耳干，切断摩诃末向受围各城支援的通道。
成吉思汗于元太祖十五年秋，派以术赤为主帅，察合台、窝阔台为副，指挥第一、二路军往攻玉龙杰赤，次年攻克(参见玉龙赤杰之战)。成吉思汗用了一年零七个月的时间，消灭花剌子模国30万军队，攻占花剌子模本土和河中地区，取得了具战略决战性的河中战役的胜利，为灭亡花剌子模国打下了基础(参见河中之战)。
成吉思汗军至撒麻耳干，获情报:摩诃末已从忒耳迷(今乌兹别克斯坦捷尔梅兹北)渡河，暂住夏营地，兵力不多。于是派哲别、速不台、脱忽察儿三将，各率领1万骑兵往攻，摩诃末认为新都撒麻耳干城池坚固，易守难攻，没有三至四年不能攻克，不料五天陷落，遂率部逃窜(参见撒麻尔干之战)，路经纳克休普(今阿富汗马扎里沙里夫北)、巴里黑(马扎里沙里夫西)、你沙不儿(今伊朗东北部内沙布尔)(参见你沙不儿之战)、可疾云(今伊朗德黑兰西北加兹温)、哈马丹(今伊朗德黑兰西南哈马丹)，马三德兰(今伊朗东北部马赞德兰省)至里海阿疏儿·阿迭岛(今伊朗戈尔甘河口以西，其岛或已下沉)、阿必思浑岛(今已无可考)隐蔽。哲别、速不台二将率领部队跟踪追击，俘其母后秃儿堪可敦和嫔妃，缴获了金库，押送撒麻耳干至成吉思汗大本营。术赤、察合台、窝阔台待命往攻玉龙杰赤，阻击乘船沿海北上的摩诃末军。
当摩诃末得知其母后、嫔妃被俘，幼子丧命，又患肋膜炎，自知不久于世，乃立札兰丁为嗣主。成吉思汗立即命令哲别、速不台率领3万骑兵(包括脱忽察儿之1万骑兵)北越高加索探察。哲别、速不台率军由南面迂回里海，进入亚塞拜然(今阿塞拜疆)进行了乔治亚(或称谷儿只，即今格鲁吉亚)之战，扫荡高加索南北诸役，举行了帖雷克河之战、迦勒迦河之战，破俄罗斯联军10万，打开了俄罗斯大门，班师回国。
拖雷奉命率领军扫荡阿姆河以西呼罗珊地区(今土库曼南部、伊朗东北部和阿富汗西北部地区)。成吉思汗率领主力攻占忒耳迷及渡口，进军忽儿忒地区(今阿富汗北部)和撒蛮(今阿富汗北部之萨曼甘)，攻占了巴达哈伤(今阿富汗东北部兴都库什山以北，喷赤河以南地区)和巴里黑、塔里寒(今阿富汗东北之塔利甘)(参见塔里寒之战)，平定了阿姆河以北地区，尔后进军并攻克了另一个塔里寒(又称言内思剌惕--苦黑)。
札兰丁继位国王，决心据旧都玉龙杰赤抗击蒙古军。玉龙杰赤有9万守军，但守将不拥护甚至密谋杀死札兰丁。札兰丁率领帖木儿·灭里等300骑逃奔到哥疾宁(今阿富汗喀布尔西南的加兹尼)，广事号召，奋力救亡，其部下从四面八方投奔而来，马鲁都督汗灭里(也称额明木勒克)、赛甫哀丁---阿里拉黑各率领4万人马来到，札兰丁信心倍增，重整军备，准备反攻。两军在巴鲁安(又作八米俺，在今阿富汗喀布尔西北巴米安)遭遇。成吉思汗闻报立即率领察合台、窝阔台、拖雷各军向巴鲁安急行军，追歼札兰丁，于十六年十一月举行申河(今印度河)战役，全歼札兰丁4万多众，札兰丁率50余人向印度逃遁(参见申河之战)。成吉思汗派拖雷、巴拉二将渡申河追击札兰丁，未获而还。
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