明朝后期的纷争以崇祯皇帝吊死煤山，李自成败北而结束，但其中有个绕不开的重要人物——吴三桂。吴三桂是锦州总兵吴襄之子，祖大寿外甥。崇祯皇帝登基，开武科取士，从小习武的吴三桂夺得武科举人。在大凌河一战中，父亲吴襄救援脱逃，舅舅祖大寿为守护一方百姓，无奈投清。有意思的是，崇祯竟任命吴三桂为总兵，开启了火箭升迁模式。 不久封平西伯，镇守山海关。
崇祯十七年，李自成破大同，崇祯启用吴襄保卫京城，攻占北京后，李自成活捉吴襄，吊起来打，同时去招降手握重兵的吴三桂。崇祯一死，天下无主，吴三桂是明朝最后一支精锐，不论是李自成和努尔哈赤都在拉拢，但是李自成的部将刘宗敏，抄了吴三桂的家，霸占了陈圆圆，吴三桂冲关一怒为红颜选择降清。
当吴三桂引清军入关后，在山海关大战中大败李自成，李自成败北回了北京。而清军和吴三桂则对李自成穷追不舍，李自成在向南逃的时候，被地主武装杀了。
顺治六年（1649年），吴三桂封平西王，镇守云南，引兵入缅甸，大清为何让他镇守云南呢？一来八旗占领北京只有几万军队，防止吴三桂再次倒戈，二来是战事需要，南明永历帝朱由榔在南方一直反清，需要军队镇压。康熙元年，吴三桂杀南明永历帝于昆明。同年，晋封为平西亲王，与福建靖南王耿精忠、广东平南王尚可喜并称三藩。
1673年，康熙下令撤藩，历时八年的三藩之乱开始了，吴三桂自称周王、总统天下水陆大元帅、兴明讨虏大将军，杀云南巡抚朱国治，提出“兴明讨虏”，发布檄文”。将矛头指向朝廷。吴三桂军由云、贵而开进湖南，几乎占据湖南全省。
清政权统一大陆后，民族矛盾在全国范围内依然普遍存在；阶级矛盾这时已成为社会的主要矛盾；因此，三藩举起反清旗帜后，进而占据四川，四川官员纷纷投降。福建、广东、广西、陕西、湖北、河南还有台湾的明郑等地都有汉宫、汉兵和少数民族上层人士，一些地区的农民、奴仆都迅速响应。
当吴三桂刚一举起反清旗帜，明皇室以及郑经集团、部分汉宫、汉兵和少数民族上层人士，一些地区的农民、奴仆都迅速做出反应。虽然他曾经亲手引清军入关，亲手杀害永历帝，还是赢得了不少汉人和对满清朝廷心怀不满的人支持，投机分子看到利益，皆为其朋党，得以在短短的时间内席卷长江以南地区，但是后来吴三桂一死，土崩瓦解。
康熙十七年（1678年），吴三桂在衡州登基为皇帝，国号大周，建元昭武，同年秋在衡阳病逝。其孙吴世璠支撑了三年之后被清军攻破昆明，三藩之乱遂告结束。
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