内容提要：
1. 韦恩图不同区域的含义；
2. “关系数据” 和对应基因集的获得；
3. Ai 分割工具和隔离对象的用法；
4. 文本编辑器简单编辑svg图片。
韦恩图（Venn diagram），据说早在1880年由英国哲学家和数学家John Venn提出。在高通量测序数据分析当中，常被用于展示不同样本间共有的或特有的基因。
需要注意的是图中不同区域的表示的含义，以3组数据的两两比较为例，由内向外依次为三样本“共有”、两样本“共独有”（注意：不包含三样本“共有”部分）和单样本“独有”，如下图：
下面我们看下如何绘制韦恩图吧~
如果数据量较少（或样本数较少）很容算出“数量关系”的话，用PPT也可以很快画出来：只需插入圆，调整下透明度；按住ctrl键再复制两个圆，调整位置，颜色后再复制更改文本，另存为PDF文件，如下图。
当然，在高通量测序数据分析中，得到“数量关系”才是韦恩图绘制的关键，如果能得到每个区域对应的基因列表对后续的分析会更有用。
为了方便大家理解，这里我自己用Excel“编”了一个“交集”非常明显、geneID 非常“粗犷”的数据列表，3 列数据表示 3 个样本的差异基因的ID，如下图，然后另存为制表符分隔的txt文件。
绘制工具这里用OmicShare的韦恩图工具（网址：http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn），一款绘制韦恩图的神器。
方法很简单，只要点选择文件按钮，浏览本地文件，找到上文的txt文件，点确定后导入数据，然后点蓝色的提交按钮即可。
数秒后，显示任务完成，点预览结果按钮，可看到绘制结果，三个圆形的填充颜色可自定义。用鼠标光标点击图上的数字，还会展示出相应的基因ID列表，例如，点一下“10”，会显示出三数据共有的基因名称列表，如下图：
然后点下载svg格式，下载可编辑的矢量图，当然你觉得不需调整了，也可以下png格式的位图。点绿色的查看结果按钮，可把所有的geneID列表数据复制出来，然后你就可做更多个性化的事情。
对矢量图的编辑有多种工具，这里使用大家常用的Adobe Illustrator（Ai）。用Ai打开svg图片后，很明显，我们上文得到图由3种颜色半透明的圆形叠加而成（类似于上文用PPT的画法）。
云平台导出的图片的图形是编组好的（类似PPT的组合），用选择工具双击（一般需双击两次，需要看图形“套了几层组合”，双击空白区域退出）要编辑的对象，进入隔离对象图层（其他图形灰白显示且不可编辑，好处是不需要锁定其他图层，以免引起误操作），接下来调整描边的颜色，粗细，图形的填充颜色等，下图是常用的一些功能。
调整图形颜色时，如果你发现填充颜色要比自己选的颜色浅，可通过右键svg图片，打开方式选Notepad++、记事本等文本编辑器，更改下圆（circle）填充颜色的opacity 值（不透明度），可简单理解为“存在感”，例如这里把“存在感”由0.3改为1，点保存后再打开图片就是100%显示颜色了，方法如下图：
个性化调整中最常见的是给韦恩图的某一或某几个“区域”单独重新着色，用以强调和突出展示。这就需要用到Ai 路径查找器的一个 分割 工具，这里管它叫“大切刀”，下图的第二行第一个，只需学会它就够用了，至于第二行的其他工具装作没看见就好了，平面设计师一般也很少用。
选中图形后，点分割按钮，即可完成“大卸八块”，接下来就可以单独选中其中的一小块区域进行颜色的更改了。
如果找不到路径查找器窗口，可到“窗口”菜单查找，也可用 ctrl+shift+F9 快捷键调出。
下面是OmicShare用户用云平台的Venn图工具做的图，OmicShare的韦恩图工具最多可支持5列数据的绘制。
（Scientific Reports, 2017）
（Plant Science，2017）
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参考资料：
https://en.wikipedia.org/wiki/Venn_diagram
Fang C,Zhang P, Jian X, et al. Overexpression of Lsi1 in cold-sensitive rice mediatestranscriptional regulatory networks and enhances resistance to chillingstress[J]. Plant Science, 2017.
Nan F,Feng J, Lv J, et al. Origin and evolutionary history of freshwater Rhodophyta:further insights based on phylogenomic evidence[J]. Scientific Reports, 2017,7.
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