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一个可轻松绘制7元韦恩图的R包

转载自 : https://mp.weixin.qq.com/s/prLvZEINCvDy36ED-8aIKA
原作者 : 百迈克基因 秦刚
为阅读体验略作修改。
----------------------------------------------------------------
韦恩图也叫文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示。在科研中,很多时候都需要用到它,比如在转录组分析中可用来比较分析多个差异分组之间的差异基因情况。一些常见的R包比如gplots、venneuler、VennDiagram等最多只能画5元,而最近新出的一个R包叫venn,它能快捷的绘制6元、7元韦恩图,下面将简单描述其使用。

安装和加载
install.packages('venn')
library(venn)

在这为大家先展示最终的效果图,具体见下:6元韦恩图:

venn(6,zcolor='style')

7元韦恩图:

venn(7,zcolor='style')



操作步骤

数据导入支持列表(list)形式,即1个元素为1个数据集,元素的名称是韦恩图中各个集合的名称。

下面以3元韦恩图为例:

-----------------------代码分割线-------------------------
set.seed(123)
x <- list(First = 1:20, Second = 10:30, Third = sample(1:50, 15))
venn(x,zcolor='style')
-----------------------代码分割线-------------------------


除此之外还能利用布尔值来选择任何区域并修改其颜色和文字,对于每个集合有3种状态:1表示集合内,0表示集合外,-表示要么集合内要么集合外。

以3元韦恩图为例:

'100'表示1集合内2、3集合外的区域
'101'表示1和3集合交集中不包含2集合的区域
'1--'表示整个1集合区域

下面对'101'区域进行颜色和文字修改:

-----------------------代码分割线-------------------------
zones<->'101')     #选择区域
centroid <->[[1]]  #获取区域图心
polygon(zones[[1]], col='lightblue')  #修改颜色
text(centroid[1], centroid[2], labels = 'Number:\n2', cex = 0.8,col='red')  #修改文字
​​​-----------------------代码分割线-------------------------

以上就是用R包快速绘制7元veen图的方法。

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