DIA综合了DDA和SRM的优势。在DIA分析中，指定质荷比（m/z）窗口内的所有肽段都经过裂解；分析重复，直至质谱仪覆盖整个m/z范围，采集所有母离子的碎片离子信息进行蛋白定性和定量。示意图如下。
与DDA相比，DIA技术优势
全景式扫描，数据无遗漏，定量准确性大大提高
不受样本量限制，重复性好，适合大样本量
数据可回溯
空说无凭，文章才是硬实力
这篇文章发表在蛋白组学主流杂志JPR（IF:4.28）上，由下图我们不难发现相同的样本DIA比DDA鉴定出多一倍的肽段和蛋白数目（蛋白数目DIA：1301，DDA：638），因此缺失值大大减少。此外，DIA的肽段和蛋白定量变异系数CV值分别为6.7%和8.1%，DDA的肽段和蛋白定量CV值分别为15.7%和16.3%，可见DIA定量更准确。
类似的，下面这篇发表在蛋白组学顶级杂志Molecular & Cellular Proteomics（IF：6.5）上的文章也得出相同的结论。
小编闭嘴了，各位童鞋请看图。
接下来的这篇文章十分有趣，我们知道实验结果的重复性是进行科学研究的基础。Ruedi Aebersold教授联合全球不同地点的11家质谱实验室，采用相同的实验和分析流程，对SWATH（DIA）技术进行综合评估。
该研究团队将同一份样品分成相同的11份分发给全球范围内的11个实验室，分别评估1天、1周内不同地点的 DIA 数据采集情况。
1.蛋白鉴定情况
在全球11个实验室采集的229份SWATH-MS数据中，过滤条件为蛋白水平FDR 1%，共检测到4984种蛋白，4077种蛋白在超过80%的样本中被检测到。
2.定量重现性
经过肽段水平的中位数均一化后，利用4077种在超过80%样本中检测到的蛋白去计算同一天内、不同天内、不同实验室数据采集之间的变异系数，分别是8.3 ± 16.2%, 11.9 ± 17.2%, and 22.0 ± 17.4%。
3.线性和动态范围
利用样本中加入的同位素标准肽段，在每个实验室计算梯度浓度设置的标准肽定量结果线性拟合系数，平均决定系数（R2）是0.97。去除高浓度肽段信号饱和的点，决定系数增加到0.99。在样本之间设置的标准肽理论倍数有9和27，实际检测到的差异倍数是7.49和19.6，主要原因也是高浓度的标准肽已经导致质谱仪信号检测饱和。
4.SWATH-MS灵敏度和MS1相比较
SWATH-MS的LLOQ（甚低定量限）在10-18到10-15摩尔每μg样本。在数据分析上，本研究比较了利用MS1定量和SWATH-MS定量的LLOQ。SWATH-MS的信号在低水平浓度情况下，不易受母离子信号干扰，所以，LLOQ比MS1定量方法低1个数量级，SWATH-MS定量灵敏性更优。
5.全球范围内蛋白定量丰度的相似性比较
研究衡量不同实验室定量结果的相似性，计算了229个数据之间任意两个的泊松相关系数，最低是0.868，中位数是0.94。另外，单独计算了每个实验室内采集数据的相关性，泊松系数是0.948到0.984，中位数是0.971。说明，数据采集地点的不同对定量结果影响极小。
该文章最后得出不同实验室采用DIA/SWATH技术可得到重现性很好的蛋白组定量数据，本研究为DIA/SWATH技术在大规模蛋白定量领域开展应用确定基础。
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