适应征不妥
不管干扰素还是拉米夫定，都有严格的适应征，不是所有的感染乙肝病毒的人都能应用。这两种药共同的适应征是慢性乙肝病人，转氨酶升高达正常值上限的2～10倍，肝脏炎症反应明显者。
这时病人正处于“免疫清除期”，即体内的免疫功能启动，对乙肝病毒发起围剿和清除，此时应用抗病毒药助一臂之力，效果显著。在“免疫耐受期”，转氨酶正常或少许超过正常值，肝脏炎症轻或无，例如乙肝病毒携带者，体内免疫功能对乙肝病毒“熟视无睹”，这时应用任何抗病毒药也是枉然，对此，干扰素、拉米夫定的效果极为有限。
如果适应征选择准确，疗效会明显提高，选择不当，滥“干扰”、滥抗毒，不但不能收到满意疗效，还会挫伤病人的治疗信心，或对抗病毒治疗产生抵触情绪，并制造“抗病毒无效论”，影响乙肝病人正常用药。
抗乙肝病毒药物有局限性
慢性乙肝并非用上干扰素或拉米夫定就万事大吉了，更不是用药后一定会康复。其实，抗乙肝病毒药都有其局限性，目前所有抗病毒药都对乙肝病毒复制的原始模板(cccDNA)无效，一旦停药，乙肝病毒就很快以cccDNA为模板继续复制，结果大量新生乙肝病毒又猖獗起来，造成肝病复发。医学家们指出，如坚持长期用药，最大限度地压制体内病毒的复制，再加上自身的免疫功能参与，方可最终将病毒清除，患者才有可能康复。
药物的毒副作用
“是药三分毒”，抗乙肝病毒药也有毒副作用，这又往往因人而异。应用干扰素除可引起流感样症候群之外，还可引起白细胞、血小板减少，也有脱发、抑郁等情况发生，有时因为毒副作用使治疗受挫。拉米夫定有时可引起胃肠道反应。
乙肝病毒变异
慢性乙肝是个复杂多变的疾病，在抗病毒药物作用下和人体免疫压力下，病毒常常发生变异，这可导致治疗失败。治疗过程中、患者病情也经常波动，出现反复，这不一定归咎于抗病毒药物的应用。另外，慢性乙肝病人的免疫功能失调，在治疗中可发生“混合感染”，如乙肝+丙肝，乙肝+丁肝，乙肝+甲肝等，或乙肝合并脂肪肝，有时又因滥用药、饮酒等，使病情复杂，治疗更困难，这都不是抗病毒药的过错。分析和找到失败原因再采取措施，仍然会取得疗效。
在应用抗乙肝病毒药过程中，要细致观察，多方分析，抗乙肝病毒药不是“万能灵药”，其他药物如抗肝纤维化、调节免疫功能方面的辅助用药也是非常必要的。治疗乙肝失败，不能否定抗病毒药物，大家也不可苛求抗病毒药。乙肝治疗学发展至今，最大的进步是确立了抗病毒为主的综合治疗战略，如果不去抗病毒，就要走回头路，千百万乙肝病人将无所适从。当然，对抗病毒药的不足，科学家早已察觉，现在正深入研究和开发更有效的抗病毒药，应当说前景是乐观的。
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