现代物理学有两大根本性的问题，一个是不承认物质在空间中的连续，使生命问题不可认识；一个是不承认物质的彻底统一，使普遍联系不可认识。在这样的前提假设之下，物理学的发展只会走向死胡同。
“连续者，间断之所依，间断者，连续之所伏。”连续和间断是自然本性不可分割的两个方面，但在这两者之中，连续是绝对的，间断则是相对的。可现代物理学却是建立在原子说假设之上，它认为空间是空无一物的，虽然其间出现过连续的以太说，但后来也被爱因斯坦所否定。否定了物质在空间中的连续性，会导致大量问题出现。具体地来说有以下几个方面。
第一，没有物质的连续，能量的本质就无法正确地认识。在现代物理学中，物质不灭的原理被抛弃了，物质成了可有可无的东西，而能量成了世界的唯一，它无形无象、无所不在，用它可以造出任何一种粒子，简直就是一个活脱脱的上帝。而在古代哲学中，物质是不灭的，它只有聚散，能量也是不灭的，它就体现在物质彼此之间的紧张程度之上，相对而言，有序的物质密度大，彼此之间的紧张程度高，内聚的能量就大，无序的物质密度小，彼此之间的紧张程度低，内聚的能量就小，因此，当物质从有序向无序转化，会向外释放能量，而这些释放的能量又会引起连续在周围的混沌物质重新组织，形成新的有序结构，以此类推，能量就通过连续物质有序和无序变换在空间中流动。
第二，没有物质的连续，物质和能量被机械地两分，生命问题无中生有地出现了。在古代哲学中，生命问题本质上是不存在的，因为先哲们一直认为，连续在空间中的物质是在紧张地相互压迫与反抗中存在的，所以，只要是物质性的存在，它一定是在反抗周围物质的压迫中存在，本身就充满着能量，是物质和能量的统一体，而生命力就体现在物质彼此之间紧张地相互压迫与反抗之中。而当西方科学假定了物质基础的死寂不变，生命问题就突然地出现了。
第三，没有物质的连续，众多自然力就无法合理地认识。懂得哲学的人都知道，不依赖物质相互作用的力是不存在的，如果没有物质在空间中的连续，引力和电磁力都无法正确理解。在现代物理学中，对引力和电磁力的认识仍然是一种超距离的作用，力的传递不需要物质，更不需要时间，这严重地违背了辩证法，也违背了人们的常识。而有了物质的连续，力都可以上升到物质的相互作用之上，如吸引和排斥的矛盾，就可以用物质的组织与离散来科学地认识，当物质组织起来的时候，就会引起相空间的压缩，使连续物质在这里不对称流动，吸引就是这种不对称运动的表象，反过来，当物质离散开来的时候，就会引起相空间的膨胀，使连续物质向周围空间扩散，排斥也是这种不对称运动的表象。它们之所以在力的表现上不同，只是因为连续媒介的不同造成的。
统一和连续是一对双胞胎，有统一必有连续，有连续必有统一。因此，统一和多样的关系也可以用这样的语言来描述：统一者，多样之所依，多样者，统一之所伏。”自然表面上看起来是多样的，但科学的发展不断证明了它们内在的统一性，这不仅体现在物质之间的相互转化，而且质能转换现象也说明了物质的彻底统一。如果不承认物质的彻底统一性，也会造成现代物理重重的困境。
第一，不承认物质的彻底统一，质能转换现象就无法得到科学地理解。物质不灭是哲学最基本的观念，可质能转换现象出现以后，这种观念遭到了科学的抛弃，物质可以消失变成能量，而能量是什么？它和物质什么关系？就永远无法理解了。只有承认了物质的彻底统一，我们才能够正确地认识到，精密仪器也是由统一物质组成的，用它只能观测由统一物质组织起来并出现个性的东西，而对共性的统一物质的混沌状态是永远不可观测的。因此，物质消失变成能量，并不是物质真正地消失了，而是它从可观察的有序状态向不可观察的无序状态转化并向外释放能量罢了。反过来，能量产生物质，也不是物质无中生有，而是不可观察的混沌物质吸收了能量从不可观察的无序状态向可观察的有序状态转化罢了。
第二，不承认物质的彻底统一，就无法理解普遍联系。物理学假定了少数几种死寂不变的基本粒子的存在，而它们之间既不可能退让，也不可能伸缩，更不可能交换物质，如此一来，普遍联系就变得不可想像了。只有了物质的彻底统一，普遍联系才能够通过连续物质的有序和无序变换得以实现。在这里，统一的物质既能够伸缩，如水在液态（有序）时和气态（无序）时占有空间的体积相差一千倍还多，也能够相互交换，如原子核和它的空间，地球和它的空间之间，实体和场之间，这样一来，普遍联系就容易理解了。
第三，不承认物质和彻底统一，自然力的统一性就无法理解。自然界已经存在四种基本力，如果没有物质基础彻底统一，四种力是根本统一不起来的。只有统一了物质，自然力才变得简单、朴素，即只有彼此之间紧张地相互挤压，它们之所以出现分化，只是因为物质的层次，一种普遍联系方式对应着一种力，也对应着一个物质层次。如电磁波是一种普遍联系方式，它通过连续在空间中的统一物质有序和无序周期变换传递能量，而生物波也是一种普遍联系方式，它通过连续在生物体内的水分子的有序和无序变换传递能量，力仍能量之外显，连续的媒介不同，其组织力也不同，有序状态和无序状态占有的空间比也不同，力的大小也不同。
毫不夸张地说，不承认物质在空间中的连续和统一，现有的物理学难题是无法解决的。只有重新建立一个全新的物理学假设，物理学的进步才有可能。
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