乾隆二十五年（1755年），清朝派兵灭准噶尔汗国，释放了大小和卓（即波罗尼都和霍集占），命波罗尼都前往叶尔羌招抚回部，霍集占留在伊犁。不久，阿睦尔撒纳在原准噶尔地区发动叛乱，霍集占乘机逃回喀什噶尔，组织人民借此机会摆脱清朝控制。
清军
兆惠
富德
清朝地图
1757年底，乾隆帝命兆惠为定边将军，负责平定南疆叛乱。因阿睦尔撒纳叛军没有完全被消灭。乾隆帝于是改命兵部尚书雅尔哈善为靖逆将军，率上万清军先向天山南路进军。
库车战役：雅尔哈善率清军抵至库车时，遇到叛军抵抗。叛军依仗库车城地形险要，城墙坚实密筑，清军大炮轰击不倒，雅尔哈善命部下招降无效，即命清军将库车城四面包围，随后发起攻击。霍集占得知后率八千人马来援被清军截击，死伤上千，霍集占也被打伤后逃进库车城。清军采取长期围困的方法，但霍集占和叛军头目趁夜黑逃走。乾隆得知后将雅尔哈善等四人处死，由定边将军兆惠全权指挥平叛。
兆惠随机率清军奔赴库车，但霍集占此时已退守叶尔羌，阿克苏、和阗城的首领皆降。因乾隆好大喜功，命兆惠驱兵急进，被叛军围困于黑水营。清廷命富德为定边右副将率军解兆惠之围。富德率清军与叛军激战，叛军大败，霍集占兄弟逃往阿富汗。经清朝外交、军事压力下，素勒坦沙汗交出霍集占手机。
黑水营之围
至此，清军平定回部叛乱宣告取得彻底胜利。
平缅甸，又称为清缅战争。当时缅甸贡榜王朝以军事威胁向中国管辖的内陆土司强征“花马礼”，而云南地方官吏对此却一直奉行偏向绥靖政策。
清乾隆二十七年（1762年），缅甸方面向内陆土司征收贡赋未果，于是派兵入侵中国孟定、耿马，劫持孟定的土司，耿马土司随后缴纳了“花马礼”。1762-1764年，缅甸入边界骚扰次数不断增多，骚扰规模骤然升级。
新任云贵总督刘藻到任后，紧急派兵追剿，但只擒获5人，再无战果，而刘藻却上奏“缅人望风遁走，清兵大捷”。10月，缅军侵占车里（今西双版纳），并发文中国，宣布车里为缅甸领土，刘藻派兵围剿，却无战果。乾隆闻奏大怒，将刘藻革职，降补湖北巡抚，但其心理压力过大，自刎身亡。
乾隆派大学士、陕甘总督杨应琚移任云贵总督。此时，清军出边攻入缅甸，但由于缅兵一路上坚壁清野，清军无大战果后撤军。
清军、缅军
1766年11月，缅军进攻腾越境内，仅仅十天左右，先后攻占盏达、铜壁关，清军不敌，屡战屡败。随后与陇川再次爆发大战，清军不敌，但由于缅军主力远在暹罗，于是签订和约，双方停战。杨应琚却屡上捷报给乾隆帝，前后杀敌至万人，但是被乾隆得知真相，将杨应琚逮捕入京赐死。
杨应琚军进攻图
清廷又将伊犁将军、悍将明瑞调任为云贵总督。明瑞率军与缅军在蛮结大战，大败缅军。由于过分轻敌，后被缅军包围，在突围过程中，身受重伤，最终身亡。
明瑞军大败后，乾隆帝开始对缅甸的国力、军力有了相当程度的了解，不敢再轻敌，精心调兵强将，发动大规模进攻，人傅恒为经略，阿里衮、阿桂为副将军，鄂宁为云贵总督率军出征。在新街与缅军激战，清军获胜。清军随即进至老官屯，而由于傅恒坚持老官屯，使得清军陷入僵持局面。至此，双方都已经精疲力尽，厌战情绪产生，双方都在未取得各自最高统治者同意的情况下，双方将领自行议和。
这场延续多年、花费清朝911万两白银的战争以清朝失败落下帷幕。
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