bowtie简单使用 | 生信菜鸟团

首先进入bowtie的主页，千万要谷歌！！！

http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml

主页里面有下载链接，也有索引文件，当然索引文件只有人类等模式生物

下载之后是个压缩包，解压即可使用

可以看到绿色的就是命令，可以添加到环境变量使用，也可以直接用全路径使用它！！！

然后example文件夹里面有所有的测试文件。

二、准备数据

我们就用软件自带的测试数据

三、运行命令

分为两步，首先索引，然后比对！！！

• 索引，bowtie2-build your-fastq-file.fa your-index-name

然后你的目录就产生了六个索引文件，我给索引取名是tmp，你们可以随便取名字

• 然后比对，分两种，一是单端测序数据，二是双端数据

重点参数的-x 和 –S ，单端是-U 双端是-1 -2

Bowtie –x tmp –U reads.fa –S hahahhha.sam

Bowtie –x tmp -1 reads1.fa -2 reads2.fa –S hahahha.sam

四：输出文件解读

就是输出了sam文件咯，这个就看我的sam文件格式讲解哈

 

 

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