在临床实践中，甲硝唑，主要用于治疗厌氧菌、和原虫感染。
甲硝唑治疗，最常见的不良反应是胃肠道反应。
甲硝唑治疗期间，摄入酒精、或含酒精的药物，都可导致双硫仑样反应，特征包括：潮红、心动过速、心悸、恶心和呕吐。
甲硝唑对孕妇的安全性尚不明了，因此在早期妊娠时应避免使用。
又称酒渣鼻。
大多数轻度～中度病情的患者，可以外用甲硝唑。
外用甲硝唑，能最为有效地治疗炎症性丘疹和脓疱，但还可能有助于改善面部红斑。
是指可能含细菌、且/或pH值较低的胃液、或口咽液体、或外源性物质(如摄入的食物颗粒或液体、矿物油、盐或淡水)，进入下气道造成的肺部的不良后果。
对青霉素严重过敏的门诊患者，可给予莫西沙星(400mg/日)，也可使用克林霉素(静脉给药、一次600mg、每8小时1次)，但其致艰难梭菌感染的风险较高。
对于疑似厌氧菌感染、且对青霉素过敏的住院患者，可选择第3、4或5代头孢菌素药物+甲硝唑联合方案，或者碳青霉烯类药物，具体取决于β-内酰胺类过敏的类型和严重程度。联合治疗方案优选甲硝唑而非克林霉素，因为后者可能致艰难梭菌感染，但不应采用甲硝唑单药治疗。
颈深部间隙感染，最常由以下部位的脓毒性病灶引起：下颌牙、扁桃体、腮腺、颈深淋巴结、中耳或鼻窦。
→对于很可能有口腔、或牙源性感染(即，感染源自牙齿)的免疫功能正常患者，经验性治疗方案，例如：
·氨苄西林舒巴坦，或
·克林霉素 + 左氧氟沙星
→对于很可能有耳源性感染免疫功能正常患者，经验性治疗方案例如：
·头孢吡肟+甲硝唑，或
·哌拉西林三唑巴坦，或
·亚胺培南、或美罗培南
→对于很可能有窦源性感染的免疫功能正常患者，
经验性治疗方案，例如：
·万古霉素+氨苄西林舒巴坦，或
·克林霉素+左氧氟沙星
治疗通常应持续2 ~3周，直至发热和白细胞增多消退以及局部压痛和肿胀消失。存在累及骨骼或血管结构的并发症时可能需要延长疗程。
蓝氏贾第鞭毛虫、或肠贾第虫，简称贾第虫，是一种有鞭毛的原虫类寄生虫。贾第虫可引起流行性和散发性疾病，是水源性和食源性腹泻、日托中心腹泻暴发的重要病因。
有症状患者的初始治疗
→对于≥3岁的患者，建议使用单次剂量的替硝唑治疗，而非其他药物。如果替硝唑不可用，则硝唑尼特是一种高效的替代药物，但需要治疗3日。
→对于小于12月龄的患儿，建议使用甲硝唑。
其他替代药物包括：阿苯达唑、甲苯咪唑、巴龙霉素、呋喃唑酮、奥硝唑。
艰难梭菌，是抗生素相关性腹泻的重要原因，也是最常见的医疗保健相关病原体之一。
对于艰难梭菌感染引起轻度、或中度疾病的儿童和青少年，建议口服万古霉素、或口服甲硝唑。万古霉素的剂量为40mg/(kg·d)，分4次口服(一次最大剂量125mg)，持续10日。甲硝唑的剂量为30mg/(kg·d)，分4次口服(一次最大剂量500mg)，持续10日。
建议采用三联治疗，即质子泵抑制剂(PPI)、阿莫西林(一次1g、一日2次)、和克拉霉素(一次500mg、一日2次)，给药14日。建议仅在对青霉素过敏者中，用甲硝唑代替阿莫西林，因为甲硝唑耐药的情况很普遍，可导致疗效下降。
对大环内酯类抗生素有耐药的患者，建议采用铋剂四联疗法，包括：PPI、次水杨酸铋、和甲硝唑、四环素，一日4次、给药14日。
大部分急性单纯性牙龈炎病例，可用0.12%氯己定含漱剂。对于病情快速进展、疼痛剧烈的患者，通常需要抗生素治疗，可选方案包括：青霉素+甲硝唑、阿莫西林克拉维酸、或克林霉素。
急性坏死性溃疡性牙龈炎，也称为“奋森咽峡炎”或“战壕口炎”，应使用口服甲硝唑、阿莫西林克拉维酸、或克林霉素。
若化脓性牙源性感染患者，出现发热和区域性淋巴结肿大，通常还需要使用：氨苄西林-舒巴坦(每6小时静脉输注3g)能够广泛对抗口腔厌氧菌，包括产生β-内酰胺酶的细菌，故是免疫功能健全者的首选治疗用药。
另一可选治疗方案是青霉素+甲硝唑。
这里可以看到：青霉素+甲硝唑=氨苄西林-舒巴坦
对于非妊娠女性、及其性伴侣，建议使用甲硝唑，一次500mg，一日2次，疗程为7日。
可以尝试的、单剂治疗方案：2g甲硝唑，顿服。
对于感染毛滴虫的、艾滋病毒阳性的女性，建议使用7日足量的甲硝唑，而不是单剂治疗。
肠阿米巴病，是由溶组织内阿米巴原虫所致。
表现为轻～中度疾病的患者，需使用甲硝唑进行全身性治疗，其替代疗法包括：替硝唑、奥硝唑。许多病例经过10日甲硝唑治疗可清除肠腔内感染，但随后仍需使用肠腔内药物治疗。
甲硝唑给药方案如下：口服，成人一次500～750mg、一日3次，儿童一日35-50mg/kg、分3次给药，连用7～10日。
一般说来，阿米巴肝脓肿的治疗包括：针对组织感染的抗阿米巴药、和针对肠道感染的抗阿米巴药(以清除肠道的包囊)。建议采用甲硝唑、或替硝唑治疗阿米巴肝脓肿。后续采用巴龙霉素治疗，以清除肠道的包囊。
阿米巴胸腔积液的治疗应，包括：抽吸术和抗阿米巴药物治疗。建议采用甲硝唑、或替硝唑治疗肺部感染。
源于口腔、耳部或鼻窦
建议采用以下抗生素治疗方案：
甲硝唑 + 头孢曲松或头孢噻肟
不过，如果怀疑假单胞菌、或耐药性革兰阴性菌感染，则应使用头孢吡肟 + 甲硝唑。或者也可使用美罗培南，此时不需要加用甲硝唑。
源于血行播散的脓肿
如果血培养显示有革兰阳性和革兰阴性微生物，使用万古霉素+甲硝唑+头孢吡肟。
来源不明的
建议采用以下抗生素治疗：
万古霉素+甲硝唑+头孢曲松或头孢噻肟。
或者，直接采用万古霉素+美罗培南。
由此可见，头孢吡肟、或美罗培南能杀灭假单胞菌；而头孢曲松或头孢噻肟不行；而美罗培南还可以顺便干掉厌氧菌，省去使用甲硝唑。
β-内酰胺类/β-内酰胺酶抑制剂合剂，能有效对抗厌氧菌，包括脆弱拟杆菌群，但狄氏拟杆菌除外。
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