选择LC-MS做讨论的理由有三:(1)LC-MS平台对代谢物的覆盖最广、灵敏度更高。从文献中已报道的同时使用多种分析平台的数据来看,都是LC-MS获得的数据量显著更多;(2)相比于GC-MS,LC-MS一般无需衍生处理,分析平行性更好,更适合大规模样本的分析;(3)使用LC-MS平台的人员和机构更多,包括很多做NMR和GC-MS的代谢组学专家都已转向LC-MS。
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很多时候你可能把张三和李四搞错了
因此,标准品库是较难通用的,最好是在自己的平台上建,而且样本分析时也要采用建库相同的分析条件,这样获得的标准品图谱才能更准确地用于样本中代谢物的比对。所以,即使是标准品库,也分为自建标准品库和公共标准品库两种,两者的效果是有差异的,大家一定要注意。国内代谢组研究最权威的专家,对此的说法更具代表性:
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也许世界上没有两套完全一样的代谢组实验条件
实例1
某次讲座结束,一位自己做代谢组实验的老师提问:我们的研究比较关注TCA循环和某些氨基酸类的代谢物,但是实验做了好几次,结果中上述物质非常少,请教原因是什么?当然还年轻的小编,遇到专业做代谢组的老师,还有点小紧张的,但是我第一反应就是问,老师您用的什么色谱柱?老师的回答跟我预期一致,果然就是反相C18色谱柱(早期大家做代谢组,用的最多的就是这个)。
我们平台做非靶代谢组学,常规情况下推荐使用亲水柱。因为,通过比对测试,亲水柱获得的结果要显著多于反相C18。而反相C18柱,则更适用于脂质组的分析。此外,还需考虑柱子的稳定性、耐用性问题。总之,在代谢组学研究中,色谱柱的选择很有讲究。
实例2
总结
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