产生依赖感
目前，市场上对褪黑素安全性的质疑声此起彼伏，那么褪黑素对人体是否有损害？记者从我国食品药品研究中心、食品药品检验中心等机构处获悉，目前暂未接到褪黑素质量问题的报告。另外，世界两大权威机构美国FDA和欧盟食品和药品安全监测系统也未发布任何关于褪黑素的不良反应报道。
史玉柱在微博中承认，脑白金中的确含有褪黑素，但是“不该把脑白金与褪黑素画等号”，且剂量“按国家批准”。
据业内人士分析称，对于多数失眠患者来说，褪黑素改善睡眠的效果都被夸大其词，长期或大量服用会产生依赖感，影响自身分泌褪黑素，这可能导致整个内分泌系统紊乱而引发其他疾病。
抑制性腺发育
据了解，德国还是第一个将松果体、褪黑素及生殖机能联系在一起研究的国家。早在1998年，德国医生就发现一个男孩性早熟，同时发现这个男孩松果体生有肿瘤，正常组织已被破坏。由于褪黑素是从松果体分泌出来的，也正是由于松果体遭到毁坏，这个男孩才出现性早熟。于是这位医生第一个提出了松果体可抑制性腺发育的概念。
我国专家说，人们还通过动物试验证明了松果体分泌的褪黑素有这方面的作用。因此，褪黑素有明显抑制生殖机能的作用。儿童和少年随意服用，很可能会抑制其性腺发育。
但是，如果长期把褪黑素作为一种保健品来服用，是不妥当的。如果长期盲目服用，可能会有一定的副作用。
引发疾病
褪黑素作为一种激素，如其他药物一样，皆具有“食药三分毒”的特性，因此其也是有剂量限制的，对于多数失眠患者来说，长期大剂量服用褪黑素会导致一系列不良反应。褪黑素的根本元素来自于大脑分泌，长期或大量服用会产生依赖感，影响自身分泌褪黑素，这可能导致整个内分泌系统紊乱而引发其他疾病。
中国医学科学院医药生物技术研究所合成室博士李林虎认为，褪黑素的成本比较高，它不能合成，只能靠提取，获取的难度比较大，且还没有一个质量准则。目前将它用在保健品市场上很难保证药品的稳定性。
此外，目前世界范围内，除美国、中国香港等少数国家和地区把褪黑素视为保健食品外，加拿大、英国、法国、意大利、爱尔兰等绝大多数国家（地区）均对褪黑素的使用持谨慎态度，作为处方药严格控制，不得在药店里自由销售。
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