抗菌药和抗生素是大概念和小概念的关系，抗菌药包含抗生素。
一般来说，抗菌药是指一类对细菌有抑制或杀灭作用的药物，除一部分来自于自然界某种微生物的抗生素外，还包括人工合成的抗菌药，比如磺胺类、喹诺酮类等；一部分来源于微生物的抗肿瘤药物也属于抗菌药。完全由人工化学合成的抗微生物药物，不能称为抗生素，应该称之为抗菌药。如生活中常用的诺氟沙星、环丙沙星、甲硝唑等。抗菌药物的作用是抑制微生物的生长，主要是抑制细菌、霉菌、衣原体和支原体的生长，用于感染性疾病，但对病毒性感染无效。
抗生素是抗菌药中的一类，是由细菌、霉菌或其它微生物在生活过程中所产生的具有抗病原体或其它活性的一类物质，如青霉素、头霉素类、氨基糖苷类等。
自1940年青霉素应用于临床以来，现抗生素的种类已达几千种。在临床上常用的亦有几百种。其主要是从微生物的培养液中提取的或者用合成、半合成方法制造。
目前，我国可供临床选用的各类抗菌药物达到200多种，占世界上现有品种的90%以上，基本上可以满足治疗各类微生物感染性疾病的需要。
国家权威部门发布的相关规定中，明确使用了“抗菌药”这一名词，如“未被列入非处方药药品目录的抗菌药物须凭处方在药店购买”。
“抗菌素”这一名词在1982年就被取消，这一医学术语已经不复存在了。这是因为抗菌药的效用是多方面的，不仅能抑杀细菌，还能作用于心血管等疾病的治疗，如他汀类药物等。
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