股东协议通常是全体股东就公司相关事项达成的一致的协议，调整股东之间内部权利义务关系，对全体股东具有约束力，一般情况下，股东协议对股东而言，其效力优于公司章程。
案例来源：（2019）京04民特250号
案情简介：
2015年9月1日，戴政、阙登峰等（决胜教育公司的股东）与天舟公司签订《附生效条件投资协议》，核心内容为目标公司决胜教育增加注册资本，天舟公司作为投资人以人民币认购该新增注册资本，同时规定投资人股份转让权、优先购买权、共同出售权等；同时约定因履行本协议产生的争议，将相关争议提请中国国际经济贸易仲裁委员会并适用该委员会的《仲裁规则》仲裁，仲裁地点为北京。
2018年8月24日，决胜教育公司召开董事会，修改了公司章程，第二十六条“公司董事、监事、高级管理人员、持有公司股份5%以上的股东，将其所持有的公司股份在买入之日起6个月以内卖出，或者在卖出之日起6个月以内又买入的，由此获得的收益归公司所有。本公司董事会将收回其所得收益。但是证券公司因包销购入剩余股票而持有5%以上的股份的，卖出该股票不受6个月的时间限制。公司董事会不按前款规定执行的，股东有权要求董事会在30日内执行。公司董事会未在上述期限内执行的，股东有权为了公司的利益，以自己的名义直接向人民法院提起诉讼”。
在天舟公司出资认购决胜教育公司的股权后，决胜教育严重亏损，约定的回购条件已经触发，因此天舟公司向中国国际经济贸易仲裁委员会提出仲裁，要求戴政和阙登峰现金回购天舟公司持有的决胜教育的全部股权，并支付投资收益。
戴政于2019年5月15日向北京市第四中级人民法院申请确认《附生效条件投资协议》中仲裁条款无效，理由为天舟公司为持股超过5%的股东，依据公司章程，相关争议的管辖应为法院。
法院认为：
《附生效条件投资协议》中的仲裁条款，符合《仲裁法》（第16、17及20条第1款）规定的要件，且无《仲裁法》规定的无效情形；公司章程第26条是关于公司特定人员在特定时间卖出及买入公司股份及收益的解决条款，而《附生效条件投资协议》是对投资人认购决胜教育公司新增资本及相关权利义务的约定，二者是不同的法律关系，故此认定仲裁条款有效，驳回戴政的申请。
律师说法：
本案中，法院并未就股东协议与公司章程就相关事项约定有冲突的情况下，到底是股东协议优先还是公司章程优先进行论述。如果二者就相同事项约定有冲突，我们认为在调整公司股东之间内部权利义务关系时，当公司章程和股东协议在约定上产生冲突时，应当探究股东真实意思表示，而非简单的以取代关系来判定适用效力问题。在两者冲突时，应以“内外有别”作为判别标准：在处理股东间权责问题时，应适用股东协议相关约定；在公司章程亦有规定时，应当根据实际情况进行区分，判别股东“真实意思表示”。在处理第三人与公司的相关事项时，应当优先考虑适用公司章程相关规定。在公司章程规定不明或是无相关规定时，股东协议相关约定可以作为补充适用。
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