建元二十年 (384)，太子舍人姚兴听到了一个意外的消息： 父亲姚苌的部下赵都在长安被苻坚惨杀。父亲已经逃到马牧，自称万年秦王，姚兴赶忙收拾行装，在当天夜里逃出了长安城，风餐露宿，马不停蹄地赶到马牧。姚兴是姚苌的长子，理所当然地被立为皇太子。建初八年(393)十二月，姚苌病死，姚兴考虑到局势不稳，迟迟没为姚苌发丧，直到把前秦苻登打败后，才于次年5月替姚苌发丧，并在槐里即位称帝，改元皇初。不久，姚兴在马毛山南麓斩杀苻登，解散了苻登的部队。
别看姚兴即位时仅27岁，但即位以后很快显示出他的军事才能，他先后平定了安南将军强熙、镇远将军杨多和上邽(今甘肃天水) 姜乳的反叛。又于后秦皇初四年 (397)九月，征服了晋弘农太守陶仲山、华山太守董迈，然后乘胜进军，攻陷上洛。
姚兴在位的前几年，十分注重广泛吸收和培养人才，京兆杜瑾、冯翊吉默、始平周平等人上书姚兴，提出了对国家的治理意见，姚兴立即把他们提拔到显要位置; 天水姜龛、东平淳于岐、冯翊郭高都是满腹经纶的大学者，他们在长安讲学时，远近各地有一万几千人去听讲。姚兴在处理完政事之后，常抽出空闲时间，把他们请到东堂，一起讨论学问。凉州胡辩迁到洛阳后，有一千多名学生跟他学习，关中不少青年也跑到洛阳拜他为师，姚兴为了让士子自由求学特意命令防守关口的官兵对求学的青年往来出入，不加限制。姚兴因给事黄门侍郎古成诜、中书侍郎王尚、尚书郎马岱等人都能写一手好文章，便让他们兼管机密文件，姚兴非常重视法制建设，为了培养合格的懂法执法人才，在长安创建了法律学校，让郡县官吏到学校学习，完成学业后再回到郡县处理诉讼案件。姚兴在广泛吸收人才的同时，极力提倡俭朴。他曾下令严禁制造锦绣，当他知道司隶校尉郭抚，抚风太守强超，长安令鱼佩，槐里令彭明，仓部郎中王年等人都很清正俭朴时，便颁布诏书，把他们褒扬一番，并给了他们增加封邑，加官进爵。姚兴本人也比较俭朴，他所使用的车马全无金玉装饰，上行下效，后秦出现了人人注重俭朴的局面。为了解放劳动力，发展农业生产，姚兴还下令释放自卖为奴婢的平民，让他们返回家乡务农。
伴随后秦的政治清明，国势强大，姚兴对征服左邻右舍的胃口突然增加。弘始二年(400)，北魏拓跋珪派贺狄干带着彩礼向姚兴求婚，姚兴答应后，拓跋珪却不讲信用，又把慕容宝的幼女立为皇后，姚兴感到受了戏弄，决心教训一下北魏。弘始四年(402)五月，姚兴出动四万大军讨伐北魏，但事与愿违，后秦大将在柴壁遭到重创，狄伯友、唐小方等四十多位大将和二万多名战士束手被擒。姚兴狼狈回到长安，这时，北凉沮渠蒙逊、北部鲜卑派人向后秦朝贡，代晋自立的桓玄也派人与后秦建立了外交关系。姚兴的恐惧、懊丧的心理总算重新恢复了平衡。弘始五年(403)七月，东晋大将刘裕杀掉桓玄，也派人出使后秦，建立外交关系，并要求得到南乡诸郡。姚兴很慷慨，答应把南乡、顺阳、新野、舞阴等12个郡割给东晋。当时大臣群起反对，姚兴却说： “刘裕出身低微能够匡辅晋室，我们何必怜惜几郡之地而不成全其美呢!”姚兴已经说到这种地步，大臣们也都默不作声了。
姚兴没有忘记父亲的临终遗言，对待骨肉很讲情义。弘始六年(406)六月，姚兴下令全国人民及长安的文武官员在取名时不准用绪和硕德三个字，因为姚兴的两个叔父分别叫姚绪、姚硕德。姚兴见了姚绪和姚硕德从不以皇帝自居，而是以侄子的身份向他们问寒问暖。姚兴所用车马、所穿服装，都是二位叔叔所剩的。凡是国家大事，姚兴都先征求他们的意见后才公布施行。姚硕德回秦州时，姚兴亲自把他送到雍。
弘始十年 (408)，姚兴乘南凉边宪、梁裒发动内乱之机，派儿子姚弼、后军将军敛成、镇远将军乞伏乾率领三万兵众袭击南凉。姚兴为了给南凉造成错觉，又派右仆射齐难率兵讨伐赫连勃勃。姚弼出发后，姚兴急忙派人给南凉主秃发傉檀送去一封信，信中说： “现在派齐难讨伐赫连勃勃，为了防止勃勃逃跑，我们让姚弼到河西堵截。”秃发傉檀信以为真，对后秦完全放弃了警惕，姚弼顺利地从金城渡过黄河，到达漠口，攻取昌松，兵锋直指姑臧。秃发傉檀弄清后秦的真正意图后，立即出兵抵抗，姚弼败退到西苑。姚兴又派姚显率兵二万增援，昼夜兼程奔赴河西，在凉风门遭到南凉阻击，只得引兵撤回。与此同时，受命讨伐赫连勃勃的齐难也被赫连勃勃杀害，后秦一万三千名官兵被俘。为了报复赫连勃勃，姚兴于次年二月派弟弟姚冲、征虏将军狄伯支率领四万骑兵攻打赫连勃勃。姚冲有夺取帝位的野心，他刚到岭北，便想回军袭击长安，狄伯支坚决反对，被姚冲杀掉。姚兴知道姚冲的阴谋后，一气之下将姚冲赐死。同年九月，姚兴亲自出征赫连勃勃，到达武城时，赫连勃勃的骑兵迎头赶来。姚兴想到自己的几位大将正在外面催租运粮，怕身边的兵力无法取得胜利，便想留下步兵单独作战，自己带着骑兵到安远将军姚洋军营避难。后在大臣们的反复劝说下，姚兴才组织军队抗战，终于打退了赫连勃勃的骑兵。战场上虽然取得了胜利，但当时国家的财政拮据却给姚兴身上压上了重担。姚兴很聪明，很快想出了解决办法，下令增加关津之税，并对运输盐竹木材征税，有些大臣想不通，劝姚兴放弃征税，姚兴气愤地说：“凡是能越过关口获利于山水的人都是富豪大户，我向他们征税是损有余而补不足，有什么值得大惊小怪的呢!”大臣们不敢再坚持下去，征税工作马上开始。
姚兴在几个儿子中比较喜欢镇守在安定的广平公姚弼。天水人姜纪见姚弼受宠于姚兴，便对姚弼低三下四，极力巴结。得到姚弼信任后又劝姚弼巴结姚兴周围大臣树立私党，这正合姚弼的口味。弘始十三年 (411) 一月，姚弼被召回长安，担任尚书令、大将军。姚弼靠对大臣虚情假义笼络了一大批人，准备夺取太子之位。太子姚泓与姚文宗关系很好，姚弼便诬陷姚文宗，借姚兴之手杀死姚文宗。从此之后，大臣都怕姚弼，谁也不敢说他的坏话。姚兴对姚弼也十分器重，凡是姚弼有所请求，姚兴无不答应。姚弼乘机把狐朋狗党尹冲、唐盛提拔到显要位置。右仔射梁喜、侍中任谦、京兆尹昭对姚弼大树死党十分反感，要求姚兴对他加以限制，姚兴只是沉默不语，不置可否。弘始十六年(414) 五月，姚兴因病卧床不起，姚泓天天在谘议堂侍侯姚兴。姚弼见有机可乘，便召集了几千人全副武装埋伏在家中。姚裕见状派人火速能知姚懿及姚兴的其他几个儿子，让他们马上回长安消灭姚弼。姚懿马上把几万匹布帛分给官兵，准备起兵; 姚洸、姚湛也分别在洛阳、雍起兵，准备奔赴长安。恰在这时，姚兴病情好转，让几个儿子不要回长安，姚懿等等这才撤兵，刘晃、梁喜乘机劝姚兴处罚姚弼，但姚兴还把姚弼看作是难得的文武双全的人才，怎么也不忍心下手，只是罢免姚弼的尚书令就算了事。不久，姚懿、姚洸、姚宣、姚湛一起到了长安，让姚裕通报姚兴，要求见一下姚兴，姚兴对姚裕说：“你们是想汇报姚弼的事情，我全都知道了。”后经姚裕的劝说，姚兴才勉强答应召见他们，姚宣一见姚兴，就痛哭流涕，要求惩治姚弼，姚兴似理不理地说：“我自然会惩治他，不用你们担心。”姚懿等人回到驻守之地后，姚弼乘机在姚兴面前谗毁姚宣，姚兴一气之下把姚宣抓进监狱，让姚弼带着三万人镇守秦州。弘始十七年(415)九月，姚兴病情加重，姚弼把军队集中在家中准备见机行动，并以身体不佳为名不到长安朝拜姚兴，姚兴听后勃然大怒，把姚弼的同伙唐盛、孙玄等人抓起来准备杀掉。这时，姚泓对姚兴说：“兄弟之间不能和睦相处都是我的过错，如果我死了国家能够安定。那么我死好了，如果您不忍心让我死，那么现在我就辞去太子之位。”姚兴虽很受感动，但仍把姚弼囚禁起来，后在姚泓一再请求下，姚兴才赦免了姚弼及其同党。
姚兴病重期间，北魏拓拔嗣派人出使后秦，请求和亲。姚兴立即想起了当初因为北魏的和亲关系所引起的战争和后秦的惨败局面。现在北魏又来求亲，该不该答应呢? 姚兴犹豫不决。正在这时，平阳太守姚成都到了长安，姚兴马上把他叫到床前，对他说：“你长期在东部边境，了解北魏的内部情况，现在北魏来求婚，不知该不该答应?”姚成都答： “北魏自柴壁之战以来，兵马越来越强盛。现在来求婚，正是国家永久之福。”姚兴听了这话，病情似乎减轻了许多，立即派吏部郎严康通知北魏迎娶公主。后秦弘始十七年(415)十月，姚兴将女儿西平公主嫁给了北魏拓跋嗣。拓拔嗣想把西平公主立为皇后，但按照北魏的规矩立皇后须铸金人，西平公主因铸金人没有成功，只能被立为夫人。
弘始十八年(416)一月，姚兴已奄奄一息，姚兴妹妹和姚兴的小儿子耕儿去看望他，叫了几声，姚兴没有答应。耕儿以为姚兴已死，急忙出去告诉其兄姚愔说：“父亲已经死了，赶快动手。”受姚弼指使的姚愔早已布置了士兵，等姚兴咽气时发动兵变，拥立姚弼当皇帝。现在一听姚兴已死，马上带着兵士攻端门，因殿中上将军敛曼嵬抵抗有力，姚愔无法攻入，便点火烧端门。姚兴听到外面杀声震天动地，料到是姚弼作乱，便使出全身力气走到前殿，宣布把姚弼赐死。禁军见到姚兴，无不欢欣若狂，斗志倍增，姚愔的乱军立即丢盔弃甲，狼狈逃跑，姚愔也逃到骊山去了。宫廷政变刚刚平定，姚兴便与世长辞。时年51岁。葬于偶陵，谥号文桓皇帝，庙号高祖。
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