诸佛菩萨有共同的功德，但也有个个的别愿功德。修真言法时，观本尊个别愿力性德（真言宗称之为「本誓」）是很重要的修行。
而如何是个个本尊的别愿功德呢，除了从该本尊的经文中显示外，本尊的真言更是其个别愿力性德的重要显现。在本尊相关的真言，常有所谓的心咒、根本咒….等不同条目。名词有异，但经常以三种表现方式。
就以唐菩提流志所译『如意轮陀罗尼经』的名词对比（冒号后为它种说法）；
(1)根本陀罗尼：或称大咒、身咒、长咒。
(2)大心陀罗尼：或称大心咒、心咒、中咒。
(3)小心陀罗尼：或称随心咒、心中心咒、小咒。
就其脉络而言，三种咒是有其相关性。『大咒』通常是文言长体的形式，内容包含对本尊的诸多赞颂，当然，赞颂的多是本尊共愿与殊胜的本誓别愿。『心咒』则浓缩大咒的文体，精致的表现本尊别愿的意涵。而『心中心咒』则是本尊内证本誓之心要精髓。
以此看来，有人或许为认为『心中心咒』才是核心要目。虽是如此，但我们仔细想想。单从这所谓精髓『心中心咒』下手真的是学习的快捷方式吗？
以世间学习来比拟，要做好一位医师、一位面包师傅，初入门的学徒真能一下手从精髓做起吗？
在我看来「精髓」总是是一种生活的体验，或说是一种生活的「境界」。没有从小小学徒下手，跟着大师傅摸过种种面粉，甚至更基本的打扫、清理厨具。怎有可能会有「精髓」的境界体验呢？由此看来，「精髓」与「平常」是一种连续的关系吧。
因而，学习真言可能也需要认识到上述的三种真言是无法切割的，三者是一种学习的过程，是一种修学的体认，是无法切割比较的。
以『药师琉璃光如来』的修学来说，在真言宗的学习过程里，我认为应该还是从「经」下手，多阅读大德（大家）的批注，进一步了解『药师琉璃光如来本愿功德经』等诸经的核心，以药师佛而言，当然是『十二大愿』。然后再进入到「大陀罗尼」。以真言宗而言，学子更需要了解大陀罗尼意涵，然后才有办法进入「心咒」、「根本咒」的修学。
如此药师佛的修学才能从「生活」（的无常、苦难…）体会到「十二大愿」的本怀，进入到「陀罗尼」的禅观修学。也才能由禅观回到生活。
