明朝中叶，带领瓦剌部基本统一蒙古高原的也先在内乱中被杀死之后，曾强盛一时的林木中百姓的后裔就开始没落起来，他们不断西迁，最终迁至如今的新疆及中亚一带。但即便如此，瓦剌部形势依然不容乐观，在与漠北蒙古的战争之中，甚至连其首领都多次被俘虏乃至杀死。
明朝时期的鞑靼和瓦剌
当时间走到明末清初时，被改称为卫拉特蒙古的瓦剌部一共分为四大部，分别为准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部、杜尔伯特部。其中，和硕特部首领固始汗由于做事公平，本部实力强大，同时善于调解各不矛盾，被尊为了卫拉特大汗。
但是，此时卫拉特蒙古的形势极为不容乐观，东边是与卫拉特诸部持续数十年战争的漠北蒙古，同时，漠北蒙古还占有巨大优势，一直压着卫拉特诸部打；西边则是不断东扩的沙俄，同时还面临面临着中亚哈萨克部的威胁。
明末清初之际卫拉特周围形势
处于三强之间的卫拉特蒙古不但资源匮乏，牧地紧张，卫拉特逐部彼此之间的矛盾也十分复杂，在这种内忧外患之局之下，卫拉特诸部开始自谋生路。土尔扈特部在首领和鄂尔勒克的率领下西迁到了今天的欧洲伏尔加河流域，离开了卫拉特故地这片是非之地。而卫拉特四部最强的和硕特部，在首领固始汗的率领下，开始将目光转向了青藏高原。
从明朝中叶开始，藏传佛教开始在蒙古高原广泛传播，尤其当俺答汗接受藏传佛教之后，蒙古诸部信仰藏传佛教的人愈发增多。而蒙古部族信奉最多的是藏传佛教的格鲁派，也就是我们通常所说的黄教。
藏传佛教格鲁派
公元17世纪30年代，青藏高原上的黄教受到了同属藏传佛教，却是不同派别的嘎玛嘎举派的巨大压力，他们开始转而向信奉黄教的卫拉特诸部求助。游牧于天山南麓的和硕特部决定接受格鲁派的请求，率兵驰援。
公元1636年秋，在化装成朝圣香客进行对藏地进行实地考察，充分了解青藏地区各派势力之后，固始汗开始率领骑兵南下，远征青海。不过，虽然早有意动，但是，驰援格鲁派并非和硕特部一家的行动，而是卫拉特诸部共同的决定。因为，固始汗率领的军队组成，不但有本部合作的人马，同时也有准噶尔部和土尔扈特部的人。
固始汗雕像
1937年初，固始汗率领大军到达青海，开始了对是青海地区的喀尔喀蒙古的战争。
在清初之际，先后将新疆和青藏高原纳入统治范围的明朝，自中期开始大量收缩，虽然名义上还对青藏高原具有统治权力，但实际上早在正德年间开始，青海地区就被蒙古部占据，土默特、鄂尔多斯、喀尔喀等部相继占据了青海。
而固始汗大军所面临的对手，就是喀尔喀蒙古贵族绰克图台吉。在对绰克图台吉的战争中，固始汗彻底击败了绰克图台吉率领的3万大军，绰克图本人也被俘虏，固始汗因此占据了青海地区。占据青海之后固始汗发现，水草丰美，地广人稀的青藏高原，并没有一支强大的力量占据，因此，固始汗产生了留在青海地区的想法。
中国境内青藏高原
但是，固始汗率领的卫拉特联军并不只有他的本部和硕特部，因此，为了让卫拉特诸部赞同和硕特部迁移青海的计划，他给同样参与远征的准噶尔部巴图尔珲台吉赠送了丰盛的礼物作为酬劳，同时又将女儿嫁给了他。
当然，为了独占卫拉特联军的战果，和硕特部也付出了“离开故地，不再返回原属于和硕特部牧地”的代价。最终，获得足够补偿的巴图尔珲台吉率领本部及其他盟友返回了天山北麓。从此，和硕特部开始独占青海地区。
只用了一年的时间就占据了青海，固始汗的开局可以算十分顺利，不过，青海只是青藏高原的一部分，此时西藏地区，才是青藏高原的统治中心。
固始汗
为人谨慎，注重谋定而后动的固始汗，在1638年，再次以香客的身份到达拉萨，并在大昭寺，会见了五世达赖喇嘛。他被五世达赖授予了“丹津崔吉札勒布”，也就是护教法王的意思。这个称号也可以视为固始汗与黄教首领的正式合谋。
固始汗带领和硕特部占据青海之后，毫不意外的受到了青藏高原其他宗教派别的反对，他们也多次和某石头击败和硕特部。不过，在黄教的支持之下，固始汗先是击败了苯教首领白利土司，后又率领大军逼近卫藏，于1642年彻底击败藏巴汗，并占据了后藏首府日喀则，藏巴汗本人也被固始汗生擒。
和硕特汗国
从此，内部分裂近三个世纪的青藏高原，终于在固始汗的武力征服下再次完成了统一。征服青藏高原后，固始汗建立了以他为首的新的统一政权——和硕特汗国，和硕特汗国也被称为和硕特汗廷。
由于青藏高原藏传佛教的特殊情况，因此，固始汗所建立的和硕特汗国，实际上是卫拉特蒙古、藏传佛教僧侣贵族及当地土司贵族相结合的产物。最先邀请卫拉特诸部入藏，并在和硕特部统一青藏高原的过程中发挥巨大作用的藏传佛教格鲁派，因此在青藏高原实力大增。
公元1642年，藏历水马年，固始汗的和硕特汗国正式成立。由于和硕特汗国是以和硕特汗为首的僧俗贵族共同联合统治的封建政权，因此，在汗国内部，达赖和班禅掌握了宗教和寺院的经济权利，格鲁派在藏传佛教中，则占据了统治地位。而作为汗国的大汗，固始汗身居布达拉宫狮子宝座，统治着整个青藏高原的行政、军事、政治、经济等权力。
位于青藏高原的和硕特汗国
固始汗建立汗国之后，为了巩固对于当地的统治，还采取了一系列措施，他先是派遣了自己的8个儿子，率部驻扎最先征服的青海，建立了以他为首的和硕特部根据地。而他本人及两个儿子则率领本部骑兵坐镇拉萨，从而起到震慑和保护的作用。
和硕特汗国自1642年建立开始，一直到公元1717年覆灭，一共存在了75年之久，前后经历了4代5个大汗。最终，由于和硕特与黄教之间的矛盾，再加上准噶尔汗国的崛起，公元1717年，在准噶尔汗国的大汗策凌敦多布的军队进攻之下，和硕特汗廷土崩瓦解。
和硕特汗国末代大汗拉藏汗被杀死。从此，青藏高原进入了准噶尔的统治时期。当然，准噶尔汗国对于和硕特汗国的统治并没有持续多久，随着清朝乾隆年间准噶尔汗国的覆灭，青藏高原也进入了大一统中原王朝的统治之中。
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