康熙铲除鳌拜之后，陆续实行了一系列有利于社会发展的政策，让整个国家呈现出一片繁荣的景象。为了实现真正的统一，康熙着手平定三藩、收复台湾。
康熙铲除了鳌拜之后，陆续实行了一系列有利于社会发展的政策，使得国家太平，人民安居乐业。但是此时康熙并没有高枕无忧，因为国家还存在着一个很深的隐 患就是三藩，只有削平了三藩，才能真正实现大清的巩固统一。当时，镇守云南的平西王吴三桂、镇守广东的平南王尚可喜（子之信）和镇守福建的靖南王耿精忠三 个人，因为曾为清朝建立战功而被封王，史称“三藩”。
三藩占据着非常重要的地理位置，这几个人手中也拥有兵权，是清初拥有武装力量最 强大的地方势力。在这三股势力中，吴三桂的实力最强。吴三桂、尚可喜和耿继茂都是来自辽东的汉人，为了清朝的开国南征北战立下了功勋，清王朝为了表彰他们 的功劳，安抚军心，赐给他们高贵的爵位，并且给了他们很多封地。
从顺治朝开始，军费开支浩大，每年入不敷出。以顺治十七年（1660年）为例，国家征赋收入银875万两，而云南一省就要支出银900多万两。竭全国之财力，尚不足一藩之需求。三藩拥兵自重，还在暗中相互勾结，在南方建立了他们自己的独立王国。
到了康熙初年，财政困难局面仍旧未见好转，国家的钱粮大半耗于三藩。三藩在自己的独立王国里，设立税卡，私行铸钱，圈占土地，掠卖人口。平西王吴三桂还 自行选派官员，称为“西选”。表面上看起来，他们是在保卫着清朝的疆土，但他们只不过是装作臣服于清朝的统治，其实都在心里暗藏着野心。他们暗地里也制造 了兵器等，等待着机会成熟，就会起兵造反。在吴三桂镇守的土地上，人们甚至只知道平西王，而不知道有朝廷。
康熙帝除鳌拜后，三藩成为他最大的心病。他要削平三藩，强化皇权。当时，朝臣主张不可撤藩的占绝大多数，支持撤藩的只有兵部尚书明珠、户部尚书米思翰等少数官员。
这一年康熙已经二十岁了，但是他的很多行动还是要先告诉他的祖母，然后再施行。其实早在撤藩之前，孝庄已经对驻扎在南方的几个藩王怀有戒备之心。当年孝庄曾感念孔有德夫妇的忠烈，收留了他们唯一逃出的女儿孔四贞，并带回到宫中收养。
孝庄和顺治曾经对她关爱有加，后来被封为和硕格格，成为了孝庄的义女。她是唯一一位汉族的公主，孔四贞成年后，孝庄把她许配给了孙延龄。在三藩叛乱中， 孙延龄归顺在吴三桂的门下，但是正是由于孔四贞的规劝，孙延龄归顺了朝廷，所以孔四贞对孝庄是很感恩戴德的，在平藩中也发挥了很大的作用。
二十岁的康熙帝努力劝导众臣，排除大家的非议，他认为：“三桂等蓄谋久，不早除之，将养痈（yong）成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发。”
三藩各自为王，康熙深觉不妥，吴三桂骄恣妄为更令康熙耿耿于怀。康熙十二年（1673年）二月，尚可喜又一次（这是第十一次）疏请回辽东养老，并提出由 其长子安达公尚之信镇守广东。康熙批准尚可喜归老辽东，却以“尚之信跋扈难制”为由，不允许他袭平南王爵，并下令撤藩。康熙这一举动立刻刺激到了吴三桂和 耿精忠，这两个早就想取康熙而代之的藩王开始坐卧不安了，于是他们同时上疏提出撤藩，用以试探康熙。
康熙召集群臣商议对策，许多大臣认定这是吴三桂和耿精忠的投石问路之计，如果同意撤藩，他们必然会举旗造反，战争就会由此拉开序幕。
康熙早已知道削藩不是一件容易解决的事情，打仗是唯一的办法，于是他对众臣说：吴三桂蓄谋已久，造反做皇帝是他多年来的心愿，如果现在不撤藩，只能给他 更多的时间筹备；如果现在撤藩，他可能会马上举旗，但是他并没有准备好。朝廷怎能姑息养奸，让他万事俱备之后再造反？于是康熙下诏吴三桂和耿精忠北归，同 意撤藩。
吴三桂接到圣旨后，知道这个小皇帝绝对不能容忍他在西南肆意妄为，撤藩已经是必然的结果。如果自己北归肯定不会有好结果，唯有造反这一条路，也许可以让自己成就一番天大的事业。于是，经过半年的筹备，吴三桂终于竖起了反旗。
中国古人做事讲究师出有名，吴三桂也不会违反这个规则。当时反清复明的人士甚多，于是他脱掉清朝官服，换上明朝将军的盔甲，在永历帝墓前痛哭忏悔，发誓 驱除鞑虏，恢复汉人江山。然而，吴三桂是清军入关的大功臣，当年他把满人领进山海关，逼死永历帝，帮满人夺取明朝天下，这是当朝平民都知道的史实，这时他 又反戈，要反清复明，谁也不会相信。
吴三桂起兵之初，曾一路凯歌，占领了不少城市，一直攻到湖南。然而他深知凭自己现在的实力无法对 抗朝廷，于是他派人跟广东的尚之信和福建的耿精忠联系，约他们一起造反。这两个藩王知道，造反也许是唯一的一条生存之路，否则永无抬头之日。现在正好有吴 三桂共事，正是最好的时机，于是共同响应吴三桂举事，这便是清史上著名的“三藩之乱”。
三藩之乱时，南方彻底被藩王的军队占领，朝廷 大多官员惊慌失措。然而，康熙深知这三个人互相猜疑，不过是乌合之众，绝不会长久。于是，他调动兵力抵挡吴三桂，同时对其他两个藩王施展缓兵之计，给尚之 信和耿精忠下诏，决定不撤他们的藩王爵位。尚之信和耿精忠见吴三桂军事进展不大，便又准备投降朝廷。
南方本就是吴三桂多年经营的势力范围，所以开始极其顺利。然而向北方进军之后，便越来越不容易了，直到后来两军相对，谁也无法取得决定性的进展。
八年之后，吴三桂眼见兵源和物资无法随时补充，忧心积虑，大病之后一命呜呼。
康熙二十年（1681年），清军三路南下，挺进云南昆明，吴三桂的孙子吴世瑶被迫自杀。清军终于剿灭了所有叛乱的军队，粉碎了他们的势力，彻底平定了南方。
在三藩叛乱的八年中，孝庄祖孙两人经历了很多的考验，而且此时，康熙的个人生活也遭遇了种种的不幸。康熙十三年（1674年），皇后赫舍里氏不幸因为难 产去世了，四年后，第二位皇后钮钴禄氏也生病身亡。两位爱妻的先后去世给康熙带来很大的伤害和打击，康熙十八年（1679年）七月，北京又发生了大地震， 京城内的房屋大片倒塌，人畜伤亡严重，康熙觉得非常伤心沮丧。
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