宋代本草学的代表作当推唐慎微的《经史证类备急本草》（简称《证类本草》。唐氏为四川名医，家乡盛产药材。他医技高超，深入群众，为人治病，往往不计报酬，只求良方，从而搜集了大量古今单方、验方。他治学广泛，学识渊博，整理了经史百家246种典籍中有关药学的资料，在《嘉祐本草》、《本草图经》的基础上，于公元1082年撰成《经史证类备急本草》。全书 33卷，载药 1558种，较前增加 476种，附方3000余首。方例是药物功能的直接例证，每味药物附有图谱，这种方药兼收，图文并重的编写体例，较前代本草又有所进步，且保存了民间用药的丰富经验。每药还附以制法，为后世提供了药物炮炙资料。他广泛引证历代文献，保存了《开宝本草》、《日华子本草》、《嘉祐本草》等佚书内容。本书不仅切合实际，而且在集前人著作大成方面作了极大贡献，为后世保存了大量古代方药的宝贵文献，本书使我国大型骨干本草编写格局臻与完备，起了承前启后、继往开来的作用。《证类本草》沿用500多年，从大观2年（公元1108年）出版的《经史证类大观本草》（简称《大观本草》、政和6年（公元1116年）出版的《政和新修证类备用本草》（简称《政和本草》，以及南宋绍兴 29年（公元1159年）出版的《绍兴校定经史证类备急本草》（简称《绍兴本草》），直到金元时期（公元后1302年）出版的《经史证类大全本草》等，都是在《证类本草》的基础上，稍加修订补充而成的官修本草著作。这些著作，历代不断地复刻重刊，直到明代《本草纲目》问世后，才逐渐地代替了它。作为本草学范本的《证类本草》，不仅完成了当时的历史使命，并为《本草纲目》的诞生奠定了基础。直到现代，它仍然是我们研究中药必 备的重要参考书目之一。
元代忽思慧于1330年编著的《饮膳正要》是饮食疗法的专门著作。书中对养生避忌、妊娠食忌、高营养物的烹调法、营养疗法、食物卫生、食物中毒都有论述，介绍了不少回、蒙民族的食疗方法，至今仍有较高的参考价值。
另外，这一时期药性理论发展较大，研究药性理性著名的医籍有寇宗奭的《本草衍义》、王好古的《汤液本草》、张元素的《医学启源》及《珍珠囊》等。
明代（公元1368~1644年）：由于中外交流日益频繁，商品经济迅速发展，医药知识不断丰富，沿用已久的《证类本草》已经不符合时代的要求，需进一步的总结和提高。我国伟大的医药学家李时珍肩负时代的使命，在《证类本草》的基础上，参考了800多部医药著作，对古本草进行了系统全面的整理总结。他边采访调查，边搜集标本，边临床实践，经过长期的考查、研究、历时27年，三易其稿，终于在公元1578年完成了200多万字的中医药科学巨著《本草纲目》（简称《本草纲目》）。该书共52卷，载药1892种，改绘药图1160幅，附方11096首，新增药物374种，其中既收载了醉鱼草、半边莲、紫花地丁等一些民间药物，又吸收了番木鳖、番红花、曼陀罗等外来药物，大大地丰富了本草学的内容。本书以《证类本草》为蓝本，在文前编辑了序例，介绍历代诸家本草，证经史百家书目、七方、十剂、气味阴阳、升降浮沉、引经报使、配伍、禁忌、治法、治则等内容，全面总结了明以前药性理论内容，保存了大量医药文献。其百病主治药，既是临床用药经验介绍，又是药物按功效主治病证分类的楷模。本书按自然属性分为水、火、土、金石、草、 谷、菜、果、木、器服、虫、鳞、介、禽、兽、人共16部6 2类，每药标正名为纲，纲之下列目，纲目清晰。这种按“从贱至贵”的原则，即从无机到有机、从低等到高等、基本上符合进化论的观点，因而可以说是当时世界上最先进的分类法，它比植物分类学创始人林奈的《自然系统》一书要早170多年。《本草纲目》中的每一味药都按释名、集解、修治、气味、主治、发明、附方等项分别叙述。详细地介绍了药物名称的由来和含义、产地、形态、真伪鉴别、采集、栽培、炮制方法、性味功能、主治特点。尤其是发明项下，主要是介绍李时珍对药物观察、研究和实际应用的新发现、新经验，这就更加丰富了本草学的内容。对药物的记载分析，尽量用实物说明和临床验证作出审慎的结论，内容精详，实事求是，突出了辨证用药的中医理法特色。本书在收集历代本草精华的同时，对其错误之处也做了科学的纠正，如对“葳蕤、女葳二物而并入一条”、“南星、虎掌一物而分二种”、“以兰花为兰草”、“以卷丹为百合”等等都做了准确的更正。并通过他的临床实践和药物研究，对某些药物的功效作了新的概括，如土茯苓治梅毒、延胡索止痛、曼陀罗麻醉、常山截疟、银花疗痈等，都做了证实和肯定。由于本书不仅总结了我国十六世纪以前的药物学知识，而且还广泛介绍了植物学、动物学、矿物学、冶金学等多学科知识，其影响远远超出了本草学范围，自1596年在南京印行后，很快风行全国，十七世纪即流传到国外，先后被译成朝、日、拉丁、英、法、德、俄等多种文字，成为不朽的科学巨著，是我国大型骨干本草的范本，是我国科技史上极其辉煌的硕果，在世界科技史永放光辉。
明代的专题本草取得了瞩目成就。炮制方面，缪希雍的《炮炙大法》是明代影响最大的炮制专著，书中所述的“雷公炮制十七法”对后世影响很大。炮制方法不断完善 的同时，炮制技术也不断提高。明末的《白猿经》记载了用新鲜乌头榨汁、日晒、烟熏，使药面上结成冰，冰即是乌头碱的结晶，比起十九世纪欧洲人从鸦片中提出 吗啡——号称世界第一种生物碱还要早100多年。食疗方面，朱橚的《救荒本草》（1406年）为饥馑年代救荒所著，书中将民间可供食用的救荒草木，按实物绘图，标明出产环境、形态特征、性味及食用方法。本书既扩大了食物资源，又丰富了植物学、本草学内容，有一定科学价值。药用植物方面，李中立于公元1612年编著的《本草原始》，对本草名实、性味、形态加以考证，绘图逼真，注重生药学的研究。地方本草方面，兰茂（公元1397～1476年）编著的《滇南本草》，是一部专门记载云南地区药物知识的地方本草。
清代（公元1644~1911年）在《本草纲目》的影响下，研究本草之风盛行。一是由于医药学的发展，进一步补充修订《本草纲目》的不足，如赵学敏的《本草纲目拾遗》；二是配合临床需要，以符合实用为原则，由博返约，对《本草纲目》进行摘要、精减、整理工作，如汪昂的《本草备要》、吴仪洛的《本草从新》等；三是受考据之风影响，从明末至清代，不少学者从古本草文献中重辑《神农本草经》，如孙星衍、顾观光等人的辑本，不少医家还对《神农本草经》作了考证注释工作，如《本经逢原》。《本草纲目拾遗》（1765年）为赵学敏所著，全书共十卷，载药921种，在《本草纲目》之外新增药物716种。按《本草纲目》16部分类，除人部外，把金石分为两部，又增藤、花两部，共18部。补充了太子参、于术、西洋参、冬虫夏草、银柴胡等临床常用药；及马尾连、金钱草、独角莲、万年青、鸦胆子等疗效确切的民间草药；同时还收集了金鸡勒、香草、臭草等外来药，极大地丰富了本草学的内容。它不仅拾《本草纲目》之遗，而且对《本草纲目》已载药物治疗未备、根实未祥者，也详加补充。卷首列正误34条，对《本草纲目》中的错误加以订正。他在《本草纲目》的基础上创造性发展了本草学，出色的完成了我国本草学第六次大总结，他是继李时珍之后我国又一位伟大的药物学家。
以《本草纲目》为基础，删繁就简，切合实用的本草著作有刘若金的《本草述》（1666年）。全书32卷，依《本草纲目》分类法，集691种常用药，重点介绍药性特点及临床应用，引证各家论述，参以已见，是一部很有影响的著作。杨时泰将本书再次精减整理，编辑成《本草述钩元》。汪昂的《本草备要》（1694年），全书8卷，从《本草纲目》选录478种临床常用药，概述性味、主治功用，附图400余幅，在凡例和药性总义中阐述汪氏见解，卷帙不繁，内容精炼，广为流传。吴仪洛的《本草从新》（1757年）为补订《本草备要》而作，载药721种，除介绍性味、主治外，对辨伪、修治也有论述，内容更加完善，深受医家喜爱。《得配本草》（1761年）为严西亭所著，全书十卷，附药考一篇，选自《本草纲目》647种药，除论述药性主治外，重点详述各药之间的相互配伍应用，是一部探讨中药配伍规律的本草。黄宫绣的《本草求真》（1769年），十卷，载药520种，上篇详述药物形态、性味、功用等，下编阐述脏腑病证主药、六淫病证主药、药物总义等内容，也是切合临床实际的本草。此外，王子接的《得宜本草》、黄元御的《玉楸药解》都是属于这类由繁返约的本草。
从历代医药文献中重辑《神农本草经》，现行版本有孙星衍、孙冯翼合辑本（1799年），三卷，载药365种，取材于《证类本草》，并校以《太平御览》等，每药正文之后，增加了《吴普本草》、《名医别录》及其它文献资料，是一部学术水平较高、影响较大的重辑本。顾观光辑本（1844年），四卷，也取材于《证类本草》，按《本草纲目》所载“本草经药物目录”编排，除考证书中条文外，对药物也作了一些校勘，虽不如孙本完善，但突出了用药原则，是本书特点。再有日本森立之辑本（1854年），三卷，考异一卷。书中药品次序、文字均系采自《新修本草》，并参考了《千金方》、《医心方》及日本《本草和名》等书而辑成，载药357种。因《新修本草》所收《神农本草经》的资料最接近原书内容，故森立之所辑原文也最可靠，同时所附考异一卷，引证广博而严谨，很有学术价值，这是迄今较为完善的辑本。此外，还有明?卢复、清?黄奭等辑本，对学习研究《神农本草经》都有参考价值。
注释发挥《神农本草经》的著作，明末（1625年）缪希雍即写成《神农本草经疏》。全书30卷，载药490味， 据经以疏义，缘义以致用，互参以尽其长，简误以防其失，以《神农本草经》、《别录》等主要文献为依据，结合临床实际、注释、订正、阐明药性，多有发挥，并 附各家主治、配方、禁忌等内容，是部很有影响的本草学著作，故前人有“经疏出而本草亡”的赞誉。继《神农本草经疏》之后，清代有邹澍的《本经疏证》（1837年）、《本经续要》（1840年），作者以《神农本草经》为主，以《别录》、《唐本草》和《本草图经》为辅，取《伤寒》、《金匮》、《千金》、《外台》各书古方，交互参考，逐一疏解。他以经方解释《本经》，用《本经》分析古方，注疏中注意理论联系实际，对研究《本经》和汉、唐经方、古方颇有影响。张璐的《本经逢原》（1695年），四卷，以《神农本草经》为基础，载药700余种，阐述药物的性味、效用、真伪优劣等，论述中选用诸家治法及本人治验心得，是部侧重实用、宜于临床参考的著作。张志聪的《本草崇原》（1767年），三卷、收《神农本草经》药物290种，每药先列《神农本草经》原文，然后注释包括别名、产地、历代医家见解、临床应用等内容，阐述纲要详尽，且多有发挥。此外，《本草经解》、《神农本草经合注》等，都是很有影响的《神农本草经》注疏专著。
清代专题类本草门类齐全，其中也不乏佳作。如张仲岩的《修事指南》，它是张仲岩将历代各家有关炮制记载综合归纳而成，该书较为系统地论述了各种炮制方法。又如吴其浚的《植物名实图考》，书中每种植物均详记形态、产地、栽培、用途、药用部位、效用治验等内容，并附有插图，为我们研究药用植物提供了宝贵的文献资料。
民国时期（公元1911～1949年）:“改良中医药”、“中医药科学化”、“创立新中医”等口号风行一时，形成民国时期中医 药学发展的一大特色。这一时期我国医学发展的总特点是中西医药并存。虽然国民政府对中医药采取了不支持和歧视的政策，但在志士仁人的努力下，中医药学以其顽强的生命力，依然继续向前发展，并取得了不少成果。
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