在中国古代，政权与宗教组织之间的冲突，主要包括三武一宗灭佛、查禁白莲教等民间宗教、清朝时期禁止基督教。这些事件说明，在中国，世俗权力高于神权，这也使中国宗教和政治的发展走上了和西方完全不同的道路。
佛教自东汉明帝永平十年（公元67年）传入中国内陆以来，曾几度辉煌。最兴盛的时候是在南北朝时期和中唐、晚唐时期。那时的僧尼、寺院远远多于现在，僧尼还享有很多特权。然而盛极必反，宗教也一样，历史上曾发生过多次反佛运动，其中有四次规模较大，史称“三武一宗灭佛”。“三武”指北魏太武帝拓跋焘、北周武帝宇文邕、唐武宗李炎，“一宗”指后周世宗柴荣。
北魏太武帝灭佛
北魏为了统一北方，巩固在中原的地位，实行全民皆兵的政策。由于僧侣可以免除租税、徭役，魏太武帝拓跋焘在太延四年（438年）下诏，凡是50岁以下僧侣一律还俗服兵役。太武帝还听信宰相崔浩劝谏，改信寇谦之的五斗米道（道教派别），排斥佛教，并逐渐发展成为灭佛行动。
太平真君五年（444年），太武帝下令上自王公，下至庶人，一律禁止私养僧侣，并限期交出私匿的僧侣，若有隐瞒，诛灭全门。次年，胡人盖吴在杏城（陕西黄陵）起义。七年，太武帝亲自率兵镇压，在长安一所寺院发现兵器，怀疑僧侣与盖吴通谋，下令诛杀全寺僧众。崔浩趁机劝帝灭佛，太武帝进一步推行严厉的灭佛政策：诛杀长安僧侣，焚毁天下一切经像。北魏境内寺院塔庙无一幸免。废佛后六年，太武帝被宦官宗爱所杀，新皇帝文成帝下诏复兴佛教。
北周武帝灭佛
北周时期，佛教很盛行，道教也迅速发展。其时“缁衣（指僧尼）之众，参半于平俗；黄服（指道士）之徒，数过于正户。”这么多的不向政府纳税服役而占有大量土地的僧尼、道士，对于国小民寡的北周来说，实在是一个严重的损失。寺院、道观地主不但在经济上与官府、世俗地主发生矛盾，而且思想上也与恪守儒家学说的士大夫发生矛盾，佛、道之间也为了各自利益和地位而发生冲突。
北周武帝宇文邕是一位雄才大略的君主，最重儒术，励精图治。周武帝两次召集群臣及名僧、道士，讨论儒佛道三教的优劣。意在压低佛教地位，定儒为先，道教为次，佛教为后，但均遭反对未能付诸实现。
建德三年（574年），周武帝再次召集大臣、名僧、道士辩论，准备罢斥佛教，由于道教的迷信方术和教义的虚妄，经高僧道安、智炫等人揭发，已经彻底暴露，因此，周武帝下诏“断佛、道二教，经像悉毁，罢沙门（僧尼）道士，并令还民。”诏令发布之后，立即实施。“融佛焚经，驱僧破塔……宝剎伽蓝皆为俗宅，沙门释种悉作白衣。”建德六年（577年）灭北齐后，周武帝决定在原齐国境内灭佛，寺院等“还准毁之”，整个中国北部的佛教都被禁绝了。不久周武帝病死。不到三年，杨坚（隋朝开国皇帝）杀死周静帝自立为皇帝，北周亡国。
唐武宗灭佛
唐武宗信奉道教，会昌二年（842年），唐武宗诏令僧尼中的犯罪者和违戒者还俗，并没收其全部财产，“充入两税徭役”。会昌四年七月，敕令毁拆天下凡房屋不满二百间，没有敕额的一切寺院、兰若、佛堂等，命其僧尼全部还俗。
会昌五年三月，敕令不许天下寺院建置庄园，又令勘检所有寺院及其所属僧尼、奴婢、财产之数，为彻底灭佛做好准备。同年四月，即在全国范围内展开全面毁佛运动。僧尼不论有牒或无牒，皆令还俗；除少数在长安的寺院外，全国所有寺庙全部摧毁，寺庙所有的田地被没收为国有；所有废寺的铜像、钟磬悉交盐铁使销熔铸钱，铁交本州铸为农具。八月，下诏宣布灭佛结果：“天下所拆寺四千六百余所，还俗僧尼二十六万五百人，收充两税户；拆招提、兰若四万余所，收膏腴上田数千万顷，收奴婢为两税户十五万人。”同时还“勒大秦穆护、祆三千余人还俗”，以使“不杂中华之风”。灭佛不久，唐武宗即因服丹药而死。
后周世宗灭佛
中国佛教史上第四次法难是在唐武宗灭佛之后一百多年发生的，即五代十国时期后周世宗柴荣在显德二年（955年）的灭佛。周世宗这位五代十国时期较有作为的君主所推行的灭佛之举，出发点仍是贯彻以儒教为主的统治，加强国家的赋税兵役来源，以求改变社会上寺僧过多过滥的状况。
从现有的资料上记载，周世宗此次灭佛，并没有大量屠杀僧尼、焚毁佛经，而是带有一种整顿佛教的性质，还保留着很多寺院与僧尼。但由于整个中国佛教的发展，已经走向勉强维持阶段，经过这一个打击之后，就更显得萧条衰落了。在这一背景之下，儒佛道三教之争，已不像过去那么尖锐与明显。
相传周世宗下诏毁坏佛像时，镇州（今河北正定）有一尊铜制观世音菩萨极为灵验，因此无人敢去毁损。周世宗乃亲自前往该寺，用斧头砍毁菩萨胸部。显德六年，周世宗在北征途中，胸部突发痈疽而身亡。
在中国古代，三武一宗灭佛，虽然使得佛教几经摧残而致衰微不振，但佛教思想已深植社会民心，普受大众肯定与欢迎，因此，在遭受重重打击之后，却始终屹立不摇，并很快复兴。历史就是这么巧合，灭佛后皇帝很快就走向了末路，或者被政变虐杀（如北魏太武帝），或者很快病故（如北周武帝、唐武宗、后周世宗）；灭佛后朝代就很快走向衰亡（如北周、唐朝、后周），虽然最直接导致这个结果的是其他历史事件，不过这确实让当时的人更加相信佛教宣扬的因果报应。
查禁民间宗教
中国民间宗教古已有之，如汉末五斗米道、太平道，北魏大乘教，宋代明教等。但民间宗教形成较大规模、呈现活跃态势是从宋元白莲教开始的。在中国历史上，白莲教作为一种宗教概念，其包括的内容很广，甚至被认为是一千多年来发生在中国大地上的各种“异端”、“左道”、“邪教”的总括。据说，明太祖朱元璋出身于“邪教”，深知民间宗教对统治秩序为害之烈，所以立政之初，便以严刑峻法治之。《大明律》规定：“凡师巫假降邪神，书符咒水，扶鸾祷圣，自号端公太保师婆，及妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道乱正之术，或隐藏图像焚香集众，夜聚晓散，佯修善事，扇惑人民，为首者绞，为从者各杖一百，流三千里。”清律基本继承明律，以民间宗教的打击惟恐不力。《大清律例》中载有专门惩处“邪教”和会党的条文。
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