地球上所有生物都是同一起源的，处在同一棵进化大树的枝蔓上。现代人也是这棵大树上的一部分，属于动物界---脊索动物门（脊椎动物亚门）---哺乳纲---灵长目（类人猿亚目）---人猿总科---人猩猩科---人大猩猩亚科---人黑猩猩总属----真人属----智人种----现代人亚种。
智人种分为现代人、尼安德特人、丹尼索瓦人三个亚种。欧亚大陆西部的尼人（尼安德特人）生活到距今大约3万年前，欧亚大陆东部（包括东南亚）的丹人（丹尼索瓦人）生活到距今大约4万年前（东亚地区的丹人大约在10万年前就消失了，东南亚地区的丹人在4万年前消失）。尼人和丹人之间有大约60万年的分化（相互隔离带来的各自独立发展时间），而他们与现代人都有大约80万年的分化。现代人都是20万年以内走出非洲的，其直系祖先可能是非洲早期智人---罗德西亚人。尼人广泛分布于欧洲和西亚，甚至散布到中亚。丹人发现于阿尔泰山区，可能代表着整个东亚和东南亚地区的早期智人。
不过，母系线粒体的谱系分析得出了稍有不同的三者间关系。现代人与尼人分开40多万年，二者与丹人分开大约100万年。纯母系的结构与全基因组结构的差异，可能暗示着人类迁徙中的复杂故事，一个人群接受其他人群的女性可能是比较容易的。智人分化的年代，与猩猩、大猩猩、黑猩猩三个属内各两个物种的分化年代基本一致，原因可能是气候变的适宜人类和高智商的灵长类的生长，使其生存地域明显扩大，广阔的地域客观上产生不同地域的隔离，物种得以分化。
智人的起源时间估计在大约120万年前。迄今发现的最早的欧洲人----西班牙阿塔坡卡发现的先驱人就是那个年代的。先驱人已经具有了很多智人的特征。但由于先驱人只是在西班牙昙花一现，可能不久就灭绝了，成为了人类进化中的旁支。最早明确属于智人的人类物种是海德堡人，这一类群主要发现于欧洲，生存年代大约在60万到40万年前。海德堡人的脑容量与现代人基本相当，可能是因为他们身材巨大，平均身高达到了180厘米。有些学者认为非洲同时期的人类也属于海德堡人，比如南非发现的“巨人”，是人类物种中最高大的，达到213厘米。海德堡人可能有了语言，已经开始埋葬死者，很可能是三种智人分化之初的阶段，属于尚未形成形态差异的时期。
2010年之前，通过纯父系的Y染色体和纯母系的线粒体DNA分析，在现代人中没有发现任何尼人或者丹人的成分。但是最近的全基因组分析得到了稍有不同的结果。非洲现代人中，依旧没有发现任何尼人或丹人的遗传成分。但是在非洲之外的现代人群中，都发现有1%～4%的尼人基因组成分。而且，这些基因交流是在大约7万年前现代人刚刚走出非洲的时候发生的，其后就再也没有发生过，虽然现代人与尼人在欧洲共存了数万年。所以走出非洲以后分化形成的世界各地的人群中都保存了类似的尼人基因比例（就是没有流传下来一个母系线粒体或父系Y染色体，由于曾经的基因交流，尼人基因可以通过常染色体传承下来）。
丹人虽然发现于北亚地区，但是在亚洲大陆上的现代人群中没有发现任何丹人的遗传成分。反而在大洋洲的新几内亚土著人群中发现了大约6%的遗传比例。很有可能新几内亚土著的祖先在迁徙途经中南半岛时接触到了丹人群体，发生了基因交流。所以可以确定，丹人的地理分布很广泛，至少从北亚到东南亚都存在，把可观的遗传基因流传到新几内亚现代人中。丹人生活的时期，与“东亚早期智人”的生活时期大致重合，可以推断所谓“东亚早期智人”与“丹人”就是同一个物种。
在东亚人祖先来到东亚的时候，丹人已经在东亚绝迹，因此东亚人祖先没有与丹人发生基因交流。研究者曾经期待早期的东亚现代人会有更多的尼人或者丹人遗传成分。但是，2013年新发布的北京周口店地区4万多年前的田园洞人基因组，却与现代的中国人几乎没有差别，没有更多“早期智人”的遗传成分。
非洲的南方智人在20万年前开始发生明显的形态变化，在埃塞俄比亚演化出了长者智人，其形态间于罗德西亚人和现代人之间。但是这些最早的群体并不能全部生存下来，并不能把所有的基因库都流传到现代。因此，从不同遗传方式的基因组区段，可以把现代人的谱系追溯到不同的年代。纯母系的线粒体谱系可以最远追溯到大约20万年前，而纯父系的Y染色体只能追溯到14.2万年前。这说明女性的生育权相对男性的生育权要公平一些，相对容易被其他群体接受。因此20万年到14.2万年之间的很多女性留下了直系后代至今，而期间的父系只有1个留下直系后代至今。
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