认识自然有两种方法，一种是哲学的思辩，一种是科学的观察，哲学可以为科学提出原理，指明科学发展的方向，科学则可以验证这些原理，并为新原理的提出提供新的依据，两者是相辅相成、缺一不可的。可在实际的自然科学发展过程中，两者却是分道扬镳的，首先是东方科学，以中医为代表，执迷于哲学的思辨，而忽视了科学手段对它的检验与提高，致使理论一直停留在几千年前，如今已无人能识；之后则是西方科学，迷信精密仪器，不承认观察不到的物质运动，致使科学近一百年来始终停滞不前。
对哲学有所了解的人都知道，哲学被爱因斯坦称为所有自然科学之母，也被不少思想家称为认识自然更锐利的武器。但它是如何认识自然的？却没有几个人能够说出个所以然。
科学都是建立在假设之上的，有不同的前提假设，就有不同的科学体系。哲学也是一样，每一个人认识问题的立足点不同，其哲学思想也不同。但对于真正的哲学来说，它有一个最坚实的立足点，这就是物质的统一性，中国先人倾向于用哲学来认识自然，也是因为气一元论假定了万物归一气，万物同一理。既然人和万物一样，不仅由同一种物质组成，也由同一个原理支配，那么我们就可以通过系统间的类比来认识万物，有了这个方法论，我们就可以从宏观系统来认识微观系统，从可观察的系统现象来认识不可观察的系统现象，从而得到自然更本质的认识。
我们以中医为例，它是建立在系统间类比的方法之上的，这个类比的对象就是人体系统与地球系统。我们知道，随着自然的变化，万物都有潮汐效应，但唯有水的潮汐效应最强，这本身就说明了大自然主要是通过作用于地球表面上的水来影响地球的。水在地表占70%，在人体也占70%，而且化学成分类似，类比到人，就知道大自然也主要通过作用于人体的水来影响人体。同理，地球上的能量循环主要是水循环，类比到人，人体的能量循环也应该是水循环，中医的经络学说就是建立在以水为物质基础的人体普遍联系方式的一种概括。正是认识到了人与自然的关系，中医才得出的疾病的外因是人与自然的矛盾激化，认识到了整体的普遍联系，中医才得出了疾病的内因是不平衡引起的整体管理失控，而中医本身就是一门恢复整体管理的学问，因为只要恢复了整体的管理，一切病变就会在整体力量的控制下改邪归正。
大家都认为西医很科学，但问题是它真的科学吗？与中医相比，它一是不承认人与自然的关系，二是不承认整体的普遍联系，结果疾病的原因只单调地和局部的细胞病变相对应，而西医本身就是一门用外力杀死病变细胞的学问。问题是，杀死了病变细胞，疾病就好了吗？答案是显而易见的，那就是这种方法杀敌一千，自损八百，破坏了人体的抗病能力，使人更容易犯病。
西医的问题出在哪呢？原来，这与西方人迷信精密仪器有着密切的对应关系，或许是西方科学由此取得了巨大的成功，使科学家们相信精密仪器可以帮助人解决自然界的一切难题。于是精密仪器观察不到就不承认它的存在，结果，人与自然的关系消失了，整体与局部的关系也消失了，疾病的原因变成了只和局部细胞病变相对应。
人与自然有关系吗？整体与局部有关系吗？说句实话，傻子都知道答案。可西方的科学家们却不承认，因为他们所依赖的精密仪器观察不到。表面上西医很科学，其实它对病因的认识就错了，治疗方法当然也一错再错。理由很简单，细胞病变根本不是病因，而是疾病的结果，把结果当成是病因，能治好病吗？真正的病因是整体的管理出了问题，使人无法及时顺应自然。
现在哲学与科学格格不入，中医与西医也格格不入，原因只有一个，那就是前提假设不一样。哲学是站在物质统一性之上的，而西方科学则假定了少数几种死寂不变的基本粒子的存在，没有了物质的彻底统一，当然会与哲学相矛盾。如果要想使哲学与科学有机地统一起来，方法只有一个，那就是在物质的统一性假设之上重建西方科学。
事实上，物质的统一性也是科学不断证明的结果，每当科学家们坚持物质的统一性，物理学就取得突破性进展，如牛顿坚持统一性，就建立了机械力学的所有基础；麦克斯韦坚持统一性，就把光电磁有机地统一起来，成为统一的电磁学；爱因斯坦坚持统一性，就把实体和场有机地统一起来，并预言了自然力的统一。更显明的是质能转换现象，它已经无可辩驳地证明，所有物体都可以最终转化为同一种东西，它就是能量，用能量也可以造出所有基本粒子，自然界的一切现象在能量这个概念上统一起来了，这与中国的气一元论假设如出一辙。
事实上，西方科学的问题也正在于此，不承认物质在空间中的连续性，使生命问题永远不可理解；不承认物质彻底的统一性，使普遍联系问题永远不可理解。要想破解西方科学中的难题，唯有在物质的统一性假设之上对它进行重建，此时，哲学与科学就有机统一起来了，中医内在的科学性也会得到世界的公认。
中医是科学还是哲学？再来回答这个问题，那首先就要看科学的定义，如果说是分科之学，那么中医就不是科学！如果说科学是用来揭示自然规律的一门学问，那么中医就是科学，因为中医是建立在对自然规律的深刻认识之上的，这集中体现了中医用统一的一种物质（气）的有序（阴）和无序（阳）变换的规律来解释自然界的一切，这其实是一个标准的系统学规律，因为物质从无序向有序转化就是物质系统的产生，从有序向无序转化就是物质系统的灭亡，阴阳学说就是对物质系统产生、发展、壮大、衰退、灭亡规律性的一种揭示。西方人称他们的系统科学（建立在原子说假设之上）是科学！中医的系统科学（建立在气一元论假设之上）比西方高明一万倍，不承认它的科学性恐怕说不过去吧！
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