通过政府出让方式取得的土地使用权的再转让可以余额计税

土地使用权的取得不论是以出让方式取得，还是以转让方式取得，作为取得土地使用权方均为“受让方”。根据财税[2003]16号文件规定，“受让”的土地使用权再转让，应当以取得的全部收入扣除其支付受让的土地使用权的价款后的余额为营业额。虽然相关营业税税法规定，出让土地使用权的行为不属营业税的征税范围。但财税[2003]16号文件并没有规定以上一个环节是否应当纳税或是否已征收税款，作为再转让是否应当扣除的前提条件。并且国家税务总局《关于营业税若干政策问题的批复》（国税函[2005]83号）第三条规定，单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，无论该不动产或土地使用权上一环节是否已缴纳营业税，均应按照财税[2003]16号文件第三条第（二十）项的有关规定，以全部收入减去该不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为计税营业额。　
所以，通过政府出让方式取得的土地使用权的再转让，能够提供国土资源管理部门开具的土地出让金专用票据的，应当允许扣除支付的受让价款。
综上是可以以余额计算的。