一、军事委员会
1932年“一·二八”淞沪抗战开始，波及南京，中国国民党中央党部及国民政府临时西迁至洛阳。3月1日至6日国民党在洛阳举行第四届第二次中央全会。全会讨论了淞沪战争，决定对日方针，并议决再度设立军事委员会。其目的在于捍御外侮、整理军事。3月5日，第四届中央执行委员会第二次全体会议通过《国民政府军事委员会暂行组织大纲》，规定国民政府军事委员会直隶国民政府，为全国最高军事机关。其职掌为：关于国防绥靖之统率事宜；关于军事章制、军事教育方针之最高决定；关于军费支配、军实重要补充之最高审核；关于军事建设、军队编遣之最高决定；中将及独立任务少将以上之任免之审核。
军事委员会设委员长1人，以蒋介石任之；委员 7~9人由中央政治会议选定，国民政府特任。3月8日，国民政府特任蒋介石、冯玉祥、李宗仁、李烈钧、张学良、陈济棠、陈铭枢、阎锡山为军事委员会委员。此外，依组织大纲规定，行政院长（汪精卫）、参谋总长 （蒋介石兼）、军政部长（何应钦）、训练总监（李济深，1933年12月15日被撤职，由朱培德兼代，1934年12月7日后为唐生智）、海军部长（陈绍宽）、军事参议院院长唐生智 （1934 年12月7日后为陈调元）为当然委员。1933年6月30日特任马占山、苏炳文为委员。是年12月15日因陈铭枢参加组织福建人民政府，被夺委员职。组织大纲还规定，由委员中推3~5人为常务委员，辅助委员长筹划一切事宜：关于军令事项，由委员长召集常务委员或委员以会议讨论决定后，交由各主管部办理。1932年7月16日，行政院院长不再作为当然委员（但得出席军事委员会会议），改以军事委员会各厅主任（即厅长）为当然委员。
此外，军事委员会委员、常务委员、副委员长人选还有如下一些变动：1933年9月5日，增任白崇禧为委员。1935年12 月18日，任冯玉祥、阎锡山为副委员长。1936 年9月5日，以白崇禧继李宗仁为常务委员。
1936年12月12日西安事变发生，中央常务委员会与政治委员会临时会议议决：军事委员会常务委员改为 5~7人，加推何应钦、程潜、李烈钧、唐生智、朱培德、陈绍宽加入常务委员会；军事委员会会议由副委员长冯玉祥及常务委员负责；指挥与调动军队，由常务委员、军政部部长何应钦负责。
1932年3月6日，四届二中全会通过以蒋介石为军事委员会委员长的决议；3月7日，蒋介石即将原由国民政府直辖的参谋本部、训练总监部、军事参议院揽归军事委员会辖属。
军事委员会设办公厅及第一、第二、第三厅，各厅下设处分掌具体事务。
办公厅 掌军委会印信典守事项；会议通知事项；关于机要文电撰拟收发事项；关于电务及密本编订事项及其他不属于各厅之重要事项。1932年2月4日任命李济深为办公厅主任，同年3月28日调任第一厅厅长，朱培德继任主任，1937年2月17 日朱病逝，由徐永昌接任，林蔚、鲍文樾、吴思豫、刘光先后任副主任。
第一厅 掌关于军令事项；关于参谋本部业务之联络事项；关于国防作战绥靖计划事项；关于军事章制事项；关于国内各军事呈报搜集及通报事项；关于国内外军事调查统计事项。1932年3月28日任命李济深为厅长；12月28日李他调，唐生智继任厅长。4月13日葛敬恩为副厅长，周亚卫代理副厅长。下分4个处：参谋本部事务处，刘光、龚浩、黄菊裳先后任处长；第一处，处长王纶（后为刘光）；第二处，处长张国元（黄菊裳、龚浩先后继任）；第三处，处长张文（后为陈启之）。
第二厅 掌关于陆军、海军、空军事务之决定审核及联络事项；关于各项军费之核定事项；关于军事教育训练方针、校园计划之决定及联络事项；关于政治训练宣传事项；关于审核中将及独立任务少将以上之任免与管理陆海空军铨叙事项。1932年3月24日任命何应钦为厅长；4月13日陈仪兼代厅长，鲍文樾为副厅长。1933年夏，能斌接陈仪兼代厅长；1934年3月8日曹浩森接熊斌兼代厅长；4月28日贺国光继鲍文任副厅长。下分5个处：政训处，处长刘建群 （后贺衷寒继任）；陆军事务处，处长曹浩森；海军事务处，处长王寿廷（王时泽、陈策先后继任）；空军事务处，处长黄秉衡（徐培根、曹宝清先后继任）；铨叙处，处长陈焯。1935年5月4日本厅撤销，所掌业务分归陆、海、空和铨叙厅等执掌。
第三厅 掌军委会内人事事项；关于文件收发事项；关于本会文告及函电撰拟事项；关于本会会议记录事项；关于侍从派遣及交际布置事项；关于本会警备及军队风纪事项；关于本会物品保管及房舍清洁事项；关于本会庶务会计经费事项和其他不属于各厅处之事项。1932 年3月28日任命朱培德兼任厅长，4月13日以贺国光为副厅长；1933 年11月2日朱调任他职，以杨端六为厅长；1934 年2月28日翁之麟接贺国光为副厅长。下分6个处：总务处，处长黄仁霖（陈希曾、张希赛、丛鸣涛先后继任）；秘书处，处长陈希曾；监察处，处长翁之麟；副官处，处长姚琼；审计处，处长张峻；预算处，处长叶景莘（蒋友文继任）。1935年5月4日，本厅改为审计厅，厅内各处旧。
1934年4月，为统一掌管全军人事，增设叙厅。4月26日任命林蔚为厅长，殷祖绳为副厅长。下分3个处，处长分别以吴克润、黄思基、戴铭忠任之。
此外还设有高级参谋若干员，秦德纯、张允荣、钱卓伦、李兴中、刘兴、胡秉铎、吴一青、张厚琬、王烈、佘念慈任之。
二、国防委员会
1931年“九·一八”事变发生。11月19日在国民党第四届全国代表大会第五次会议上，一部分代表认为，国防会议为国家对外作战唯一联合指导之最高机关，仿效多数国家在第一次世界大战期间的做法，根据当时日本侵略的危机局面，提议很有必要成立国防会议。大会提案委员会则认为，国家兵力不够，没有仿效各国设置之必要。对此，大会军事审查组原则通过。此项提议未能付诸实施。
次年1月淞沪战争爆发，中央政治会议即组织国防委员会为全国国防最高决定机关，以行政院院长兼委员长，委员多为军政要员，研究有关国防事项。1935年11月该会撤销。
三、参谋本部
1929年至1930年陆海空军总司令部指挥中央军参加新军阀混战，军政、军令一揽，职责不明。1931年秋至1932年初“九·一八”事变和淞沪战争相继发生，形势日蹙，国民党政府日益感到划清军政、军令职权，加强军令机关之必要。德国顾问佛采尔亦建议“是以目前亟应划清参谋本部、军政部、训练总监部、军事委员会四最高级机关之工作范围及应负责任，俾资遵守”。1932年5月，该部成立后进行第一次改组，改组的要点是，因第一厅成立以来无适当工作，第一、第三两厅业务关系接近，办事效率不高，将第三厅并入第一厅；厅以下改科为处，处以下设各级参谋。改组后，总务厅以下设3个处，管人事、文书、章制、经费事项，厅长王右瑜于1932年9月26日被免职，以熊斌继任；第一厅以下设5个处，掌陆海空军国防作战计划及后方勤务事宜，厅长刘光于1932年9月26日去职，黄慕松继任，1933年4月17日黄辞职，王纶继任；第二厅以下设6个处，分掌国内外情报、参谋教育及战史编纂事项，厅长林蔚于1932年9月26日被免职，贺耀组兼任，1933年4月17日贺辞职，由徐培根继任。
同时，参谋本部亦在组织上作了调整。1932年3月16日免朱培德总长职，蒋介石以军事委员会委员长兼任总长。次长李树椿于1930年12月7日被免职，以朱培德升任；1931年12月26日葛他调，以黄慕松继任，鲍文樾于1931年3月4日任次长；1932年4月5日免葛次长职，以贺耀组继任，因贺另兼有他职，自1933年7月12日至是年10月2日由葛敬恩代理。
1932年“一·二八”淞沪战争开始后，国民政府认为国防建设应重视边防及整理现有要塞，而求边防、要塞建设卓有成效应成立专门组织以责其成。经军事委员会批准，1932年11月成立边务组，以该部次长黄慕松兼任组长，边务组于11月24日办公。要塞行政先由军政部军务司主办。1932年12月该部为统筹国防工事，成立城塞组，专办国防及要塞工程设计实施事宜，军政部亦将要塞实施机构撤销。城塞组以该部参谋次长兼任主任，12月15日就职。组以下设3 个股、1个处，各掌具体事务。
为了从事国防上各项资源调查研究与规划，作为统制各种产业的基础，为战争的经济动员作准备，以便集中各专门人才，1932年1月成立国防设计委员会，以参谋总长蒋介石兼任委员长，翁文灏为秘书长，钱昌照为副秘书长。
参谋本部所属测量总局，局长黄慕松1933年2月17日辞职，吴德芳继任局长。
四、军政部
自1930年中原大战结束，到1934年10月，军政部内部组织不断调整，其组织机构较1930年前单一，从原先统管陆海空军军政，到统管陆军、空军行政。其职掌，参照德国顾问的意见，将原应属于参谋本部主管工作归参谋机关办理。部长仍为何应钦，政务次长为陈仪。1934年1月24日陈调长福建省，顾祝同继任，然此时顾祝同主驻赣绥靖公署，故又以常务次长曹浩森兼代（陈仪于1931年1月15日升任政务次长，曹浩森继任常务次长。1931 年1月31 日称常任次长为常务次长）。在此期间主任参事为雷飚，总务厅厅长为潘竞。
军政部在此期间所属为4个署，各署情况概述如下：
陆军署 署长曹浩森，副署长项雄霄；原辖总务处及军衡军务、军械、交通、军医、军法6个司。1934年7月为使兵器行政与兵工建设合一掌管，将军械司（司长陈隐冀）并入兵工署；军医司司长为蒋可宗，1932 年6月蒋辞职，以陈辉继任1934年2月陈辉他调，以梅贻琳继任；军务司司长为程泽润，1933年3月程他调，12月27日王文宣任司长；交通司司长为邱炜，1932年5月26日邱他调，王景录接任司长；军衡司司长为童翼，1933年7月12日童他调，以陈智为司长；军法司司长仍为王震南。
兵工署 该署原分总务、设计、检验、监查4个科及兵工研究委员会和兵工材料购办委员会。署长为陈仪，副署长为宋式弘。1932年4月陈仪他调，以洪中为副长。1933年1月26日洪他调，以俞大维任署长。副署长宋式骉于1933年10月他调，洪中接任。1934年4月郭永恩接洪中任副署长。
1933年10月国民政府为加强兵工，将该署各科扩为司，其组织为署长之下设署本部及资源、行政、技术3个司。1934年7月陆军署军械司并入该署。
军需署 署长俞飞鹏。1931年1月26日俞他调，朱孔阳升任。1934年3月20日周骏彦接朱任署长。副署长原为朱孔阳，1931年1月26日朱调升，杜忱继任副署长。1934年3月20日陈良接杜为副署长。
该署原辖总务处及会计、审核、储备、营造4个司。1934年3月为施行特别会计制度，奉令设立军政部会计长办公处，乃将会计司改组为会计处，原会计司司长杜之英去职，以陈良为会计长。同时，将审核司改组为财务司，主管现金、出纳及给予事项，司长仍为李炎光。营造司司长仍为端木杰。储备司司长白云深于1934年5月16日他调，王钟接任司长。
航空署 署长张惠长。1931年4月张惠长离职，副署长黄秉衡出国，以毛邦初代理署长。5月黄秉衡回国，晋任署长，曹宝清继任副署长。1932年7月黄出国考察，副署长曹宝清代理署长。10月黄秉衡辞职，以葛敬恩继任，曹宝清仍为副署长。
该署内设总务处，辖人事、管理、文书、军医、军法5个科，曹宝清兼任处长；军务处，辖作战、航务2个科，沈德为处长；技术处，辖机械、器材2个科，钱昌祚为处长；经理处，辖会计、补给2个科，王家骧为处长。另设情报、建筑、教育3个科，直属于署。
五、训练总监部
1933年2月德国军事顾问佛采尔建议蒋介石，该部职员应选配国内外学习新式用兵之官长，则业务必有起色。该部除充实工作人员，别无大的变化。
总监一职，1931年12月30日改以李济深充任；1933 年12月15日因李参加福建人民政府反蒋而被免职，以朱培德兼代。副监职，1931年12月5日以贺国光充任；1932年4月5日贺被免职，改以徐景唐继任。1933年7月12日张华辅继徐任副监。
总务厅厅长，自1930年12月20日起，以陈启之充任。
参事先后由刘秉粹、陈智侯、李实茂、张寿桐、文素松、周维纲、项致庄、石锋等充任。
步兵监贺国光1931年12月19日被免职，由张华辅继任；1933年7月12日徐国镇继张华辅任步兵监。
骑兵监、炮兵监、工兵监、翰重兵监仍为汪镐基、张修敬、吴和宣、李国良。
另设有军学编译处。
国民军事教育处处长，1931年12月8日前为王绳祖，尔后为贺衷寒。1933 =年8月11日免贺职，由潘佑强充任。不久改由杜心如充任，抗战后该处裁撤。
政治训练处处长，1932年1月13日前为周佛海代理，此后由张静愚充任。
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