菌落是指单个细菌（或其他微生物）细胞在固体培养基表面或内部生长繁殖而形成的有一定形态结构等特征的能被肉眼识别的子细胞群落，它是由数以万计相同的微生物细胞集合而成。当菌种样品被稀释到一定程度，与培养基混合，在一定培养条件下，每个能够生长
繁殖的细菌细胞都可以在平板上形成一个可见的菌落。
菌落总数是指在一定条件下（如培养基营养成分、培养基pH、培养温度和时间、菌种的需氧性等）每克（每毫升）检样所生长出来的细菌菌落总数。按照国家标准方法规定，在需氧情况下，37℃培养48h，能在普通营养琼脂平板上生长出来的细菌菌落总数，所以厌氧菌或微需氧菌、有特殊营养要求的以及非嗜中温的细菌，由于现有条件不能满足其生理需求，故难以繁殖生长。因此菌落总数并不表示实际中的所有细菌总数。菌落总数并不能区分其中的细菌种类，所以有时被称为杂菌数或需氧菌数等。
菌落形成单位（colony forming unit,CFU）是计算菌落数量的一种方法，其值越高表示样品所含的细菌越多。菌落形成单位的计量方式与一般的计数方式不同，一般直接在显微镜下计算细菌数量时会将活的与死的细菌全部算入，但是CFU只计算活的细菌，其计算的方式是将一份样本接种到琼脂培养基上，待菌落生成，计算形成的菌落数。
菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，它反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。菌落总数的多少在一定程度上标志着食品卫生质量的优劣。
食品的菌落总数严重超标，说明其卫生状况达不到基本的卫生要求，将会破坏食品的营养成分，加速食品的腐败变质，使食品失去食用价值。消费者食用微生物超标严重的食品，很容易患痢疾等肠道疾病，可能引起呕吐、腹泻等症状，危害人体健康安全。
但需要强调的是，菌落总数和致病菌有本质区别，菌落总数包括致病菌和有益菌，对人体有损害的主要是其中的致病菌，这些病菌会破坏肠道里正常的菌落环境，一部分可能在肠道被杀灭，一部分会留在身体里引起腹泻、损伤肝脏等身体器官，而有益菌包括酸奶中常被提起的乳酸菌等。但菌落总数超标也意味着致病菌超标的机会增大，增加危害人体健康的几率。
菌落总数的测定，一般将被检样品制成几个不同的10倍递增稀释液，然后从每个稀释液中分别取出1mL置于灭菌平皿中与营养琼脂培养基混合，在一定温度下，培养一定时间后（一般为48小时），记录每个平皿中形成的菌落数量，依据稀释倍数，计算出每克（或每毫升）原始样品中所含细菌菌落总数。
基本操作
基本操作一般包括：样品的稀释－－倾注平皿－－培养48小时－－计数报告。
国内外菌落总数测定方法基本一致，从检样处理、稀释、倾注平皿到计数报告无何明显不同，只是在某些具体要求方面稍有差别，如有的国家在样品稀释和倾注培养基，对吸管内液体的流速，稀释液的振荡幅度、时间和次数以及放置时间等均作了比较具体的规定。
检测方法
参见GB4789.2-94 《中华人民共和国国家标准 食品卫生微生物学检验 菌落总数测定》
SN0168-92 《中华人民共和国进出口商品检验行业标准 出口食品菌落计数》
操作步骤
样品的处理：（1）以无菌操作取检样25g（或25ml），放于225mL灭菌生理盐水或其他稀释液的灭菌玻璃瓶内（瓶内预置适当数量的玻璃珠）或灭菌乳钵内，经充分振摇或研磨制成1：10的均匀稀释液。
（2）固体检样在加入稀释液后，最好置灭菌均质器中以8000~10000r/min的速度处理1min，制成1：10的均匀稀释液。
（3）用1ml灭菌吸管吸取1：10稀释液1ml，沿管壁徐徐注入含有9ml灭菌生理盐水或其他稀释液的试管内，振摇试管混合均匀，制成1：100的稀释液。
倾注培养：
（1）根据标准要求或对污染情况的估计，选择2~3个适宜稀释度，分别在制10倍递增稀释的同时，以吸取该稀释度的吸管移取1ml稀释液于灭菌平皿中，每个稀释度做两个平皿。
（2）将约15ml凉至46℃营养琼脂培养基注入平皿，并转动平皿，混合均匀。同时将营养琼脂培养基倾入加有1ml稀释液（不含样品）的灭菌平皿内作空白对照。
（3）待琼脂凝固后，翻转平板，置36±1℃温箱内培养48±2h，取出计算平板内菌落数目，乘以稀释倍数，即得每克（每毫升）样品所含菌落总数。
计数和报告：
培养到时间后，计数每个平板上的菌落数。可用肉眼观察，必要时用放大镜检查，以防遗漏。在记下各平板的菌落总数后，求出同稀释度的各平板平均菌落数，计算出原始样品中每克（或每毫升l）中的菌落数，进行报告。
注意事项：
（1）操作要快而准，包括材料、加样、倒培养基。
（2）吸液体时液体不能进入吸头。
（3）样品稀释时一定要混匀。
（4）倒培养基前，瓶口要过火焰。
（5）一定要有空白对照。
（6）培养基温度控制，培养基薄厚。
（7）检测时一定要使平皿完全暴露于空气中。
2009年8月，河南省郑州市食品药品安全委员会办公室公布乐百氏薄荷水菌落总数超标。
2009年10月，国家质检总局网站公布了对200种豆制品产品的抽查结果，有18款产品不合格登上了“黑名单”，其中，“川妹子”卤香豆干菌落总数超过标准限量近70倍。
2010年8月，国家质检总局进出口食品安全局公布一批次进口自美国的“品客”薯片被发现菌落总数超标。
2010年10月，天津市工商行政管理局公布标称郑州上好佳食品工业有限公司“上好佳”谷维精华绿茶饼干菌落总数超标。
2011年6月，国家质检总局公布山西娃哈哈昌盛饮料有限公司生产的白葡萄汁饮品菌落总数超标。
2011年8月，北京全市停售“雨润”老北京烤鸭、“福聚兴”烤鸭、“大东老曹”牌烤鸭等4种菌落总数超标产品。
2011年10月，北京市食品安全办公室公布北冰洋双把雪糕因菌落总数超标停售。
2011年11月，蒙牛“随变榛子巧克力雪糕”在“菌落总数、大肠菌群”两个重要微生物指标中超标。
2011年12月，深圳市场监督管理局公布包括“煌上煌”、“绝味”、“周黑鸭”等知名品牌熟制鸭脖的大肠菌群和菌落总数超标。
2012年1月，波力食品工业（昆山）有限公司生产的“波力海苔”（11.2g/包调味紫菜）被检测出菌落总数超标。
2012年1月，北京市食品安全办公室公布老才臣家庭装火锅调料火锅蘸料菌落总数超标5倍有余。
2012年1月，食品安全监管部门抽检“满记甜品”出售的芒果布丁因大肠杆菌超标近3倍，菌落总数超标13倍被下架。
