基因表达有三种调控方式，除了看家基因的那种组成型表达，还有诱导（induction）和阻遏（repression）表达，如转录因子对靶基因的调控、miRNA对靶基因的抑制作用；和协调表达，如功能相关的一组基因，协调一致共同表达。
因此对应地，基因调控网络图也分成两种类型，一类是有向的网络图，展示的是基因表达的诱导阻遏调控方式，表现为网络图的边是有箭头的或钝末端的，如下图：
图1 差异表达的miRNA-mRNA调控网络[1]
图中展示了miRNA与靶基因间、以及基因与基因间的调控关系。有箭头的边代表了促进作用，钝末端的边代表了miRNA对靶基因的抑制作用。
另一类是权重网络图，展示的是基因间的共表达关系以及相关性强弱关系，网络图的边通常没有方向，如下图：
图2 草莓花托发育相关基因调控网络[2]
图中展示了WGCNA分析中lightyellow模块中的基因调控网络。颜色的深浅代表调控网络中基因的连通性大小。我们从这个图中可以清晰地看出位于网络图中心的基因连通性越高。
因此，针对这两种基因表达调控关系，Omicshare Tools在线云平台也进行了升级，隆重推出有向网络图工具和权重网络图工具！这次先推出有向网络图，权重网络图将于下次推出，敬请期待！
下面小师妹将以构建mRNA-TF-miRNA调控网络为例，跟大家说明如何使用OS Tools的有向网络图工具~
我们都知道，在生物体内，mRNA-TF-miRNA存在着复杂的相互调控关系，如下图：
TF可以调控mRNA和miRNA的表达，而miRNA可以抑制mRNA和TF的表达。我们基于生物信息学预测的序列结合位点可以得出潜在的靶基因调控关系，结合高通量测序结果或其他生物学实验结果得到的基因间表达量相关性，可以得到mRNA、TF、miRNA三者间的调控关系。然后将这些基因与调控关系数据输入我们的有向网络图工具，就得到这些基因之间的调控网络图啦！
步骤
01进入工具
从OS Tools首页找到“有向网络图”工具，点击进入。进入后发现版面很简洁，只需要输入一个文件：边界文件，而且边界文件也只有三列，那是因为网络图的样式修改是在任务完成后再随意修改的，后面会详细介绍~
02输入文件准备
需要输入的文件只有一个：边界文件。这个文件只有三列：调控基因-调控关系-靶基因，也就是对应了基因网络图的节点（调控元素）和边（调控关系），格式如下：
其中，第一列为调控基因，第二列为调控关系分组，第三列为靶基因。分组是为了方便后续对整组调控关系的边进行样式调整。比如这里，我设置了两组，其中“1”代表促进，“2”代表抑制，那么后续我可以选择对“1”这一组调控关系的边全部改为箭头，对“2”这一组调控关系的边全部改为钝末端。
这里分多少组、组名都是可以自定义的。第一列和第三列的基因之间的调控关系是有向的，一定是第一列的基因调控第三列的基因。比如第二行，表示GATA1对EPB41有促进作用。如果反过来EPB41对GATA1也有促进作用，则需要另写一行，EPB41在第一列，GATA1在第三列。
需要注意的是，这个表必须要有表头，表头命名可以自定义。如果没有表头，系统就会把第一行默认为表头的。
03提交任务、查看结果
输入边界文件后，就可以提交任务了。任务是瞬间完成的~点击“结果预览”，即可跳到网络图样式调整界面：
可以看到，初步得到的网络图犹如没有穿衣服，丑的很啊！这需要你们来慢慢调整样式直到得到自己满意的图形为止~这一步与cytoscape相似，但是要比cytoscape容易上手，而且一般的功能都具备了，是不是很强大~
04网络图样式调整
接着就对得到的网络图进行样式的调整，表现各种基因调控关系。可以进行全局样式调整、整组边界的样式调整、结点分组设置，也可以单击某个结点进行单个结点的样式调整。
1.设置结点样式
我的数据里有mRNA、TF、miRNA，我想mRNA设置为蓝色圆形、TF设置为绿色菱形、miRNA设置为红色三角形。我们可以先选择“source”或“target”对整组结点进行调整，个别的结点可以双击该结点进行单独设置。
对source和target两组结点进行样式调整后，由于有好多基因既是source又是target，所以我们需要单独对这些基因进行样式调整。双击某个结点，鼠标往下拉，可以看到右边的“单独结点设置”：
总结：对结点的设置可以分组设置，也可单独设置。可调整的样式有：结点形状、大小、颜色、透明度、边框粗细、边框颜色。
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