日本的封建社会时代开始于公元645年，于1870年结束。枯山水正诞生于封建社会发展的鼎盛时期。
在那之前，庭园还允许人们在其中四处走动，初具雏形的枯山水直到室町时代才正式形成。
幕府时代的来临与建筑美学的演变
日本武士阶层，作为最初以战斗为职业的军人，是天皇剿灭反抗力量的工具。很快，贵族开始失对地方领主私人武装的控制，武士阶层也随着幕府的不断壮大登上了日本社会阶级的最顶层，并开始影响日本的文化与枯山水的发展。 （下图东福寺方丈庭院）
幕府时代的连年战火让百姓消极避世，渴望宁静生活。地位提升的幕府武士视精通军事艺术，对简单有气势的事物尤为喜爱。
幕府武士推崇的禅宗思想，提倡通过对自身内心的修行，达到战斗时内在力量的获得以及恐惧心理的消除（也就是武士道），更加促使了枯山水的空间氛围向着我们所看到的模样发展
当时的禅宗建筑，通向主建筑的方式从直接穿过庭园到经由旁边的建筑进入，这样，庭园就空了出来，可以进行艺术创作，这是枯山水出现的空间基础。
镰仓时代出现的“书院建筑”（shoin-zukuri），作为武士等高阶级人群居住的场所，同时也是禅宗寺庙的重要组成部分，所谓的书院是嵌在外墙中的小阁子（下图右侧），上面有一个纸窗，还有一个光线良好、可供读书写字的架子。
在枯山水庭院逐渐兴起的同时，榻榻米跟坐垫的形式也取代了原本的硬质铺地与座椅，将日常的使用功能与武士禅僧所需求的修行空间需求完美的杂糅在一起。
外来文化的熏陶
与此同时，禅宗文化在中国的发展正值巅峰。南宋末年，与蒙古的战乱使大量的禅宗学者东渡日本，带去了原本来自中国的禅宗思想，“心性本净”与“明心见性”的思想与幕府阶级推崇的“苦修”与“顿悟”一拍即合，禅宗也因此为日本枯山水的发展带来了新鲜的文化养料与社会基础。（下图为桂离宫的池泉回游式园林）
审美意识的转变与留白风格的形成
受中国文化的影响，日本形成了跟中国禅宗文化类似的“物哀（真情流露），幽玄（境生象外），（朴素安静）”的美学意识，这在诗歌、书法艺术与庭院景观均有较多的表现。
例如这幅众所周知的《松林图》，正是研习中国宋元时期水墨画 与禅宗文化的长谷川等伯所绘。
当时的匠人与禅宗学者在设计中思考：什么是值得留下的，什么是应该舍弃的，这就是禅宗所谓的“空”
这样的思潮不断延续、发展，在室町幕府时代，以著名的龙安寺为标志，终于出现了真正意义上的枯山水庭院，引领了一大批极具景观及历史价值的同时代枯山水庭院，开启了枯山水庭院乃至整个日式园林景观的新纪元。
（下图为龙安寺石庭Ryoanji）
（下图为金福寺景观Shugakuin Temple）
（下图为银阁寺Ginkaku-ji）
（下图为西芳寺Saihoji Temple）
然而幕府时代精美的禅寺与枯山水庭院远不止此
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