两种能快速设计shRNA的方法

1. Sigma网站

Sigma公司做了一个针对人和小鼠的shRNA库，而且部分基因的shRNA序列经过验证，因此直接使用Sigma公司已验证过的RNAi序列最为方便。

首先打开网址：http://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html出现以下界面：

以NLRP3基因为例，直接输入基因名，点击search，出现以下界面：

在Products中找到并点击shRNA选项，出现以下界面：

点击“MISSION shRNA Lentiviral Transduction Particles”这一行的“价格”，这时会弹出界面展示针对目的基因的shRNA，界面如下：

注：建议选择CDS区的shRNA，3UTR基本不选，而且选择的每一条shRNA尽量在NCBI上做下BLAST，确保靶点的特异性。

2. Life Technologies网站

Life Technologies公司有个非常实用的在线shRNA设计软件，操作非常方便，而且设计出来的shRNA不需要再到NCBI上Blast，直接可以使用。

首先打开网址：https://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/sort.do，在Target Design Options处选中shRNA，以NLRP3基因为例，输入Accession number或Nucleotide sequence，其他条件不变：

下拉点击“RNAi Design”，出现如下页面：

选取原则：1.避免选取GGG和CCC等高GC序列 ；2.ShRNA目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录。如果选择的目的序列不以G开头，必须在紧连正义链的上游加一个G。

根据Rank评星，从中选取合适靶点序列（一般选择4条，不同位置各一条），点击Design shRNA Oligos：

然后在“Default Loop Sequence”选择合适的序列，在“Custom Loop Sequence”处输入合适的loop环序列，点击Design，即得shRNA序列。

shRNA序列设计特征如下：