对于股权转让收入明显偏低的，税务机关可以核定征收，但对于股权转让收入明显偏低，但有合理理由的，税务机关也予以认可。对于什么是合理理由，国家税务总局《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局公告2014年第67号)第十三条做了明确的规定了以下几种情形：
1、能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权。比如，国家对教培行业的专项整治，对高耗能、高污染企业的关停并转等。比如新冠疫情对企业的影响。
2、继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人。
1）股权的继承。持股人过世，继承人依法对股权进行继承；
2）股权转让对象。一是直系血亲的父母、子女、祖父母、外祖父母。这里的父母包括继父母与养父母，子女包括继子女和养子女；二是旁系血亲的兄弟姐妹；三是对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人。比如，小李自幼父母双亡，由叔叔抚养成人，那么叔叔就是承担直接小李抚养义务的抚养人；老王无儿无女，由侄女小王养老送终，那么小王就是承担直接赡养老王义务的赡养人。
3、相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让。
例如，老王是甲股份公司实际控制人持有，甲公司80％的股权，为留住和激励人才，2016年3月老王决定以每股15元的价格，分别转让给公司高管老李5万股。甲公司股权的公允价格20元。公司规定公司高管如果离职，应按照离职当年公司净资产价格将股权转让给公司的实际控制人老王。2018年3月高管老李离职，将持有的5万股股权，以每股20元的价格转让给老王，转让日公司净资产公允价值为每股25元。本案例中，无论是老王转让给老李，还是老李转让给老王均不属于转让收入明显偏低的范畴。
4、股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。
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