毫无疑问，菌藻调控的理论已经逐渐被广大水产养殖户所接受。无论是养殖水体、底部环境甚至是养殖品种的体内微生态环境，都需要一定数量的有益菌进行调控。目前国家农业部所批准的使用的有益微生物菌种有芽孢杆菌、乳酸杆菌、酵母菌、嗜菌蛭弧菌和脆弱拟杆菌六大类微生物。其中光合细菌、芽孢杆菌、乳酸菌又是市场上使用最广的产品。下面就这三大菌在实际养殖中的应用做详细说明。
光合细菌
光合细菌又被称作菌中之花，虽然被叫做光合菌，但事实上它不能产生氧气，同时它也不释放氧气。其主要功能是通过吸收水体中的小分子有机物、氨氮、硫化物等有毒物质，从而使水体中好氧微生物活动减弱，降低氧气消耗并达到净化水质的作用。
※使用注意事项
1、避免和消毒剂同时用。
2、搭配能分解大分子有机物的菌种（比如芽孢杆菌）效果更好。
3、光合细菌本身蛋白含量高，水体虫子较多不易使用。
4、几乎无副作用，每月定期使用3-5次会有意想不到的效果。
通威复合芽孢
芽孢杆菌是休眠体，目前水产养殖常用的是枯草芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌，均属于好氧细菌。主要作用体现在以下几点：
1、能在水体中迅速生长为微生物群落与有害菌进行营养竞争。
2、分解大分子有机污染物，迅速把粪便、残饵、等物质分解为能被藻类直接利用的无机盐类，从而改良水质底质。
3、能在养殖生物的肠道中产生蛋白酶和淀粉酶，同时抑制有害菌生长，从而提高饵料转化率。
※使用注意事项
1、注意增氧，溶解氧充足是提高芽孢杆菌分解效率的首要条件。
2、使用前充分活化（碳源或者直接用红糖）。
3、先用通威底改改良底部环境再使用芽孢杆菌效果会更好，但不可以同时使用。
通威乳酸菌
乳酸菌是绿色环保、无毒害的“广谱抗菌药”，目前被认为最安全的菌种，其主要被用在调节生物体内微生态环境，如下：
1、降低肠道内PH值，从而抑制有害菌的生长。
2、乳酸菌正常代谢既可直接提供必需氨基酸、维生素等直接可吸收营养物质。
3、代谢产物为乳酸和有机酸类，有助于钙、铁、维生素的吸收。
4、中和动物体内有毒物质，特别是弧菌死亡带来的毒素。
5、抑制蓝藻，清除蓝藻毒素。
6、在有氧和无氧的环境下都可以分解水体中的有害毒素，促进有益菌落的生长。
※使用注意事项
1、生长环境偏酸性，pH偏高的池塘不易直接使用。
2、清瘦水体配合黄金肽+培藻素素使用效果更佳
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