1.噬菌体污染
在大肠杆菌的发酵过程中，可能会遇到噬菌体感染。噬菌体是一种寄生于细菌体内的病毒，它能够侵入细菌细胞内部，利用细菌自身的代谢系统进一步复制自身的遗传物质，最终导致细菌破裂死亡。 大肠杆菌是一种重要的发酵菌，它在酿造、乳制品、食品工业中广泛应用。但是，噬菌体感染可能会导致大肠杆菌发酵过程中的一系列问题，例如菌种污染、发酵异常、品质下降等，从而影响产品质量和产量。大肠杆菌发酵菌体感染了噬菌体，必会导致发酵不正常进行，甚至倒灌。
其主要症状有:
(1) 菌体生长受到影响，发酵液(OD值)光密度不上升或回降(2)pH逐渐上升；
(3) 氨利用停止；
(4) 糖耗、温升缓慢或停止；
(5) 产生大量泡沫，是发酵液呈黏胶状；
(6) 镜检时菌体数量显著减少，甚至找不到完整的菌体；
(7) 发酵周期延长、产物生成量减少或停止；
2.生产影响
若生产用的大肠杆菌菌株受到溶原性噬菌体污染，可能会影响生产。这是因为溶原性噬菌体可以感染细菌并降解它们的细胞壁，最终导致细胞破裂，细胞内物质释放。这些释放的物质可能会严重影响生产中所需的产物的产量和品质。
另外，噬菌体感染可能会引起发酵反应的异常，导致产物的成分和品质出现变化。此外，溶原性噬菌体还可能导致细菌菌种污染并繁殖，从而影响生产质量和产量。
因此，在生产中应该采取措施预防噬菌体污染。可以选择高品质培养基和菌种，加强卫生管理，定期检测发酵液中的细菌情况，及时发现异常状况。在生产中注意使用适量的抗噬菌体剂，以预防噬菌体污染。如果发现噬菌体污染，需要立即采取清洁和消毒措施，以最大限度地减少对生产过程和产品的影响。
3.防止措施
发酵生产时浸染噬菌体会严重的影响工作的正常开展，所以在工作中更要严加防范，细节措施落实到位。
1) 从菌种克隆及保存开始，克隆菌种的感受态菌体及其它物料要保证纯净没有被污染，保存菌种的环境要洁净避免菌种保存过程中被污染（特别注意，发生异常的菌种要立马和其它菌种分开保存），且保存菌种的同时要保存质粒以备菌种异常时立马转化新菌种。
2) 发酵时的培养基要保证没有被噬菌体浸染，特别是酵母浸膏可通过培养噬菌体的方式去检测其没有被浸染。
3) 发酵场所要保持清洁，要定期进行消毒处理。空气系统要定期消毒并检查，发酵种子制备的环境要保持洁净，地沟，污水池等也要保持清洁，并定期消毒，补料设施要严格进行消毒，定期检测发酵罐，避免消毒死角的存在。
4) 发酵罐接种时要无菌操作，避免接种时污染。
5) 发酵过程取样后的废液要进行收集灭菌处理，发酵过程的尾气要处理后再排掉。
6) 发酵液离心后的上清要进行灭菌处理，并和发酵空间隔开处理，发酵场所洒落的培养基等要及时清洗干净。
发酵菌一旦浸染噬菌体后，就要从菌种，培养基，环境，发酵系统管路，地沟，污水池，排风口等进行全面的消毒排查，物理消毒方式通常很难将噬菌体消除，通常需要物理和化学方式相结合处理噬菌体污染。
4.检测方法
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大肠杆菌发酵菌种侵染噬菌体后，必要时暂停发酵培养工作，对整个发酵环境，管路，器材进行消毒处理，可用紫外灯照射加过氧化氢干雾熏蒸的方式对整个发酵场所进行消毒，在不影响生产的情况，可以停止发酵一个月的时间，让发酵环境的活大肠杆菌消除或减少到最低限度。检测大肠杆菌菌株中溶原性噬菌体污染的主要方法有以下几种：
4.1.直接培养法
将检测大肠杆菌菌株接入富含营养成分的寒天培养基中进行培养，在培养基表面均匀涂布含有大肠杆菌素的培养基，培养后在培养基表面观察细菌生长状态，若出现溶菌环即表示该菌株存在噬菌体污染。
4.2.电子显微镜检测法
该方法可以通过观察大肠杆菌菌株的细胞结构，直接判断是否存在噬菌体污染。通过电子显微镜可以清晰地观察到细菌细胞内、表面以及周围存在的各种病毒、噬菌体等微生物。
4.3.基因检测法
该方法是以PCR技术为基础，针对噬菌体的不同基因进行扩增和检测，通过比对结果判断大肠杆菌菌株中是否存在噬菌体。该方法特异性高，灵敏度较好。
4.4.酶联免疫吸附测定法
通过特异的抗体识别和测定检测样品中的噬菌体数量，从而判断大肠杆菌菌株中是否存在噬菌体污染。该方法操作简便，结果准确可靠。
针对不同的检测方法，需要根据实际需要进行选择，以达到较好的检测效果。 总之，随着科技的进步，人类对噬菌体研究的深入，今后将会有更多有效的措施用于工业噬菌体的防治，确保发酵生产的正常运行。
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