本篇系统地论述了疟疾的病因、病机、症状、分类诊断、治则、治法等问题，是论疟之专篇，故篇名曰“疟论”。
疟疾都是因感受风邪所引起的，它的潜伏和发作都有一定的时间，其原因是疟疾开始发作的时候，先表现在皮肤毫毛，然后身体神志都会感觉不适，出现伸懒腰、打哈欠，接着寒冷发抖，甚至冷得颌骨抖动，腰脊疼痛。等这些怕冷的症状过去后，身体又开始发热，并出现头痛剧烈，像要裂开一样，口渴、想喝冷水等症状。它发生的原因是阴阳之气上下相争，虚实更替相胜，阴阳相互转化。阳气为阴所并,则阴气实而阳虚。阳明经气虚了,就会发生寒战,以至两颔为之鼓动;太阳经气虚了,就会腰背头项疼痛;三阳经气都虚了,则阴气胜,阴气胜就会骨节寒冷而且疼痛。寒从内生,所以里外都觉得冷;阳盛的时候要生外热,阴虚的时候要生内热,如果内外都发热了就会呼吸急迫、口渴、喜欢冷饮。这种病是在夏天中病,是由于被暑气所伤，邪热亢盛,伏藏在皮肤之内肠胃之外,也就是邪气居于营气之内。热邪伏于体内，使人的皮肤汗孔疏松，腠理开张，到了秋天再感受秋凉之气，或出汗后受风，或汗出后洗浴，风邪和水气就乘机侵入皮肤里，与卫气相合，引动伏于体内的暑热之邪，引起疟疾的发作。人体的卫气白天运行于阳分，夜间运行于阴分，邪气也随之循行，到达阳分时就向外发散而发作疟疾，到达阴分时则伏于体内并向内侵袭，邪气与正气内外相搏，所以疟疾就会天天发作。
邪气随经脉侵犯人体较深的部位，接近阴分，离体表距离远，运行缓慢，而卫气运行疾速，所以邪气不能与卫气同步运行到达体表的阳经，导致卫气单独在外循行，而病邪滞留在内。这样，阴阳相搏而邪气不能发散（即病邪每两天才运行到体表和卫气合并抗争一次），所以疟疾隔日发作一次。
疟疾发作的时间，或者逐日推迟，或者逐日提前，这是为什么呢？邪气侵犯风府,会循着脊骨逐日逐节下移，卫气运行一昼夜后会与邪气在风府交会，邪气每过一日便会向下移行一节，所以卫气和邪气交会的时间就会逐日推后，这是邪气客于脊背时的情况。每当卫气运行至风府时，腠理就会开泄，腠理开泄则邪气就会侵入，邪气侵入后与卫气相争，疟疾就发作，因邪气每天向下移行一节，所以疟疾的发作时间就会逐渐推迟。卫气运行于风府,邪气逐日下移一椎,约经二十五日下至骶骨,二十六日深入脊椎内,注入隐伏在脊背筋肉之间的经脉；然后再向上运行，九天后到达任脉天突穴。由于邪气每日逐渐上升，与卫气相遇的时间一天比一天早，所以发病的时间也就逐日提前。
至于隔日发作一次的，是因为邪气内迫于五脏，横逆于膜原，距离体表较远，所循行的道路也远，部位较深，循行缓慢，不能与卫气并行，同时到达体表，所以会隔日发作一次。当邪气会合于风府时，腠理就舒张，腠理舒张则邪气乘机侵入，与卫气相合抗争而发病。现在邪气每日向下移一节，卫气和邪气相遇的地方也日下一节，当疾病发作的时候，邪气并不在风府穴，疾病仍然是每日发作一次，这是什么道理?人体的组织有虚实的不同，而邪气入侵的部位也不同，所以受邪部位不一定都在风府。所以邪中头项的,如卫气行至头项,与邪气相合抗争就会发病; 邪中于背部的,卫气行至背,与邪气相合抗争就会发病; 邪中于腰脊的,卫气行至腰脊,与邪气相合抗争就会发病; 邪中于手足的,卫气行至手足,与邪气相合抗争就会发病。
总而言之，卫气所运行的地方，只要与邪气相合抗争，疟疾就会发作。风邪侵犯人体没有固定的部位，但是只要卫气与邪气相合，腠理张开，邪气就会趁机侵入，而邪正相合的地方，也就是病气所发之处。
风病和疟疾属同类疾病，十分相似。那为什么风病常不间歇,而疟疾却发作有时呢?
这是因为风邪从哪里侵入，就常留其处,所以可持续存在。疟气随经、络脉中的气血行走，时而深入体内，时而出于体表，必须与卫气相合发生抗争时才发病。
夏天感受了严重的暑邪，汗大出而腠理舒张，此时如遇到微寒的水湿之气（如洗浴或乘凉），邪气就会伏藏在腠理皮肤中，如果秋季再感受风邪，就会形成疟疾。寒属阴邪,风属阳邪,先伤于寒而后伤于风,所以先寒而后热,这种病的发作有一定的时间性,叫做寒疟。先伤于风的阳邪,然后伤于寒的阴邪，这种病发作也有一定的时间性,叫做温疟。只发热而不发冷的，是病人的阴气先损耗于内，阳气独亢于外造成的，疾病发作时，有少气烦闷、手足发热而欲呕吐的症状，这种病被称为瘅疟。
医经上说有余的属实证应当用泻法；不足的属虚证应当用补法。现在发热是有余，恶寒是不足。象疟疾的寒冷，就是热汤和火也不能令其温暖，而等到发热时，就算用冰水也不能使其凉爽，这些都属于有余、不足的疾病。但当其发冷或发热时，医术再高超的医生也不能控制，一定要等到病势自行减退后，才能针刺治疗，这是为什么呢？有高热时不能刺,脉搏混乱时不能刺,汗大出时不能刺,因为这些情况下都是邪盛气逆，应避其锋芒，所以不能立刻行针刺。疟疾在开始发作时,外阳并于里阴,这时是阳虚而阴实,外无阳气之温煦,所以先感寒冷战栗。至阴气逆乱到了极点,那又外出于阳,因此阴阳又相并于外,这时是阴虚而阳实,所以会感到热而干渴。
疟病并于阳分则阳气胜,并于阴分则阴气胜,阴气胜则发寒,阳气胜则发热。疟病是由于风寒之气的变化无常,热到极点则阴邪之寒气至;寒到极点则阳邪之热来。疟疾发作的时候,热得像火的燃烧,寒得像风雨般不可抵御。所以医经上说,当邪气正盛时,不敢攻邪,攻则损伤正气，待邪气衰退,治疗就可见效。
疟疾在未发作的时候,阴气未并于阳分,阳气未并于阴分,此时进行调治,那正气不伤,邪气才可消除。所以医生不能在疟疾发作时进行治疗，就是因为这时正是正邪交争、气机逆乱之际。
“如何治疗疟疾？如何掌握时间的早晚呢？疟疾将要发作时，人体阴阳之气也将要进行转移合并，必定从四肢的末端开始（因为人体阴阳经的交接处在四肢末端）。如果阳气已被邪伤，阴分也必定受到影响，所以在阴阳之气还未相并时（即在疟疾发作前），用绳索紧束病人的四肢末端，使邪气不得入内，阴气不得外出，阴阳之气不能相互移易。并注意观察络脉的情况，发现孙络充盛而有淤血的地方，用针刺放血，这样就能去掉真邪，而不致使邪气并入体内。疟疾在人体中，使人体的阴阳之气发生虚实交替的变化。邪气所在的部位不同而产生不同的表现。邪气在阳分，病人就会发热而脉搏躁动疾速;邪气在阴分，病人就会发冷而脉搏平静。疟疾发作到极点，会使病人气血阴阳都受到损伤而虚弱。当卫气和邪气分离时，病情就暂时休止;当卫气和邪气再度相遇抗争时，疟疾就又发作。
疟疾的发作,有的隔二日,有的隔至数日;发作时有的口渴,有的不口渴,这是什么缘故?这是由于卫气和邪气运行的时间节律不一致，有时不能相会于风府，所以出现隔二日或数日才发作一次的现象。疟疾发病过程中出现阴阳虚实交替变化的情况。阳气盛则阴气衰，而出现口渴;阴气盛则阳气衰，口就不渴。医经上说夏季如果被暑邪所伤，则秋季一定会得疟疾，但是现在有的疟疾并非如此，这是什么原因呢？医经上所说夏天伤暑，秋天必发疟疾，是从发病和四时相应的角度说的。有些症状表现与此不同的，则是违反四时发病规律的现象。疟疾在一年四季都可发病，通常在秋天发的疟疾，寒冷的症状较严重; 冬天发的疟疾，寒冷的症状不严重; 春天发的疟疾，有怕风的症状; 夏天发的疟疾，有出汗多的症状。
温疟是冬天受到风寒邪气的侵袭，病邪留藏在骨髓之中，虽到春天阳气生发旺盛的时候，邪气仍不能自行外出，到夏天暑热的时候，如果天气过于炎热，暑热熏蒸，消耗脑髓中的阴气，使人头脑昏沉，精神不振，肌肉消瘦，腠理开泄，此时再劳累过度，邪气就乘虚与汗一起外出而引起疾病的发作。由于病邪藏伏于骨髓内，而肾脏主管骨，所以也可以认为疾病藏在肾。发病时邪气随阴气从机体内部外出到体表。
邪气随阴气从机体内部外出到体表与阳气合并，这样就造成了体内阴气不足，而体表阳气亢盛，阳气盛则产生发热的症状。发热到极点就会使体表的阴阳之气转移进入体内合并，形成体表阳气不足，体内阴气偏盛，阴气盛就会产生寒冷的症状。所以病人表现出先热后寒的症状，叫“温疟”。
瘅疟的病人，肺脏本来就有热邪。肺主一身的气，肺脏有热，会使全身之气偏于亢盛。气亢盛就会上逆，造成胸中之气亢盛而不能外泄。此时若劳动用力之后，腠理开张，风寒之邪乘机侵入人体，停留在皮肤和肌肉之间，与病人体内原有的积热合并，相互抗争而发病。发病时阳气亢盛而不衰退，病邪始终在体表的阳气中，而没有进入体内的阴气。所以病人仅仅表现为发热而并不寒冷。此病的邪气内藏于血脉中，在外停留于肌肉之间。由于阳气亢盛，发热严重，消耗损伤了人体中的水液，造成肌肉消瘦，所以将这种病叫做“瘅疟”。
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