《大典》是在南京修成的，珍藏于南京文渊阁。1421年明成祖迁都北京，《大典》也带到北京，贮藏于宫内的文楼。嘉靖三十六年（1557），宫内发生火灾，殃及文楼，嘉靖帝一夜之内连下三四道命令，命人将《大典》从文楼抢运出来，由于抢救及时，《大典》得以保全。嘉靖帝非常喜读《大典》，案头常备，经常翻阅。为防不测，嘉靖帝多次同建极殿大学士徐阶谈论重录之事，嘉靖四十一年（1562）决定重录，令摹抄副本一部。任命礼部侍郎高拱、左春坊左谕德兼侍读瞿景淳为总校官，中允兼翰林院编修张居正，翰林院修撰林燫、丁士善、徐时行，翰林院编修吕旻、王希烈、张四维、陶大临，检讨吴可行、马自强等担任。从任命的主管人看，嘉靖帝有多重视《大典》的重录不言而喻。为了物色善书人，吏、礼两部主持了“糊名考试”，招收儒生109人，并为重录工作增置了服务设施和人员。重录时规定缮写人员晨入晚出，每次领取《大典》必须登记，不许私自携带外出雇人代写。每人每日抄写三页，“如遇差错，发与另写，不拘一次二次，只算一页”，发现有混报怠工者，要“罪坐各官”。每册《大典》重录完毕后，于册后注明该册重录总校官、分校官、写书官及圈点人员姓名，以示各人职责。我们今天查阅《大典》，没有发现丝毫挖改涂补的痕迹，可见当时是严格执行了规章制度的。
如是，重录工作用了整整六年，直到明穆宗隆庆元年（1567）四月方才完成。重录之后，《永乐大典》就有了两个抄本，一般称永乐间修纂本为“永乐抄本”或“正本”，重录本为“嘉靖抄本”或“副本”。
那么，重录的副本是否保留了永乐正本的原貌呢？
——重录副本与永乐正本的格式装帧完全一致。这主要是因为永乐正本实在太完美了。
重录之初，徐阶认为《永乐大典》是上万卷的巨帙，不是短时间里能完成的：他主张只要抄一部副本就可以了，所以在版式上不必仿照原书，只照经书尺寸，书法也可不拘。后来他翻检《大典》时，发现有大字小字，又有山川、宫室、草木等图形，觉得如果版式一动，行款图画都要变动，反不如照原样摹写来得方便，这才决定重录本全仿永乐抄本。据徐阶说，永乐本还要更加考究，他赞叹说：“旧本缮写得太好了，要找这样的抄写人已是很难的呀！”
被大火烧过的北京翰林院，摄于 1900 年
关于《大典》的正本，自重录之后，少有记载，后来下落不明。今天我们见到的，都是嘉靖重录本，从未见过正本的浮光掠影。正本下落众说纷纭，旧有贮藏于皇史宬夹墙内、毁于清嘉庆二年（1797）乾清宫大火、作为嘉靖皇帝的陪葬品埋入了永陵等说法，均难成立。较有可能的是下面两种解释：
一是毁于万历大火说。明末方以智（1611—1671）《通雅》载：“时《永乐大典》，洪洲云命解缙纂集，……今散失矣。”其子方中履注：“《永乐大典》藏于文楼，嘉靖中火，上亟命救得免，复命儒臣摹抄，庆元年始竟。万历中因三殿火，书遂亡。”万历二十五年（1597）六月皇宫里确实发生过大火，《大典》有可能在那场火灾中被焚毁。
二是毁于李自成大火说。1644年4月李自成在清军的追击下撤离北京，撤离前下令烧毁了皇宫，《大典》可能被焚毁。明末钱谦益在《有学集》中说：“闯贼之一炬，内阁之书尽矣。”既然“内阁之书尽矣”，《大典》也在劫难逃。明末清初的姜绍书《韵石斋笔谈》卷上也记载说：“内阁秘府所藏书，至李自成入都，付之一炬，良可叹也。”
无论哪一种可能，至清王朝建立时，《大典》正本已不在人间，所以清人没有任何记载。《大典》副本在明清两代也屡遭厄运，以致最后散佚殆尽。原因主要是官吏的盗窃、外国侵略者的掠夺和战火的焚毁。
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