生物信息通识课 - 让实验者了解生信，让生信人快速入门

生物信息在生物研究中应用越来越多，生物各个分支的学生和教师不可避免与生信打些交道，简单到使用在线工具查找基因的功能，在线工具做些常规分析，到设计一个高通量测序实验，从公司提供的报告中分析结果，再到自己用写好的流程进行生信分析，或自己写代码独立进行生信分析。

但生物实验者和生信分析者之间总隐约存在一个小沟，迈过去了，沟通愉快，合作无碍；迈不过去，矛盾重重，难以调和。这里面没有谁对、谁错，问题出在各自的常识 (知识背景)不同。

实验科学家以为 “你们做生信的不都是写好pipeline的吗？怎么那么久还没分析好？”，”计算机不是很厉害吗？我随便给个文件名都找不到？我这个ID也是基因ID，为啥不能做富集分析，电脑不会自己匹配吗？”，”给你个差异基因列表，给我做个GSEA”，”从(常规)转录组中找下miRNA的表达”, “我测了CTCF的ChIP-seq，给我预测下增强子”，”我不做重复了，直接比吧”, “来，咱做个网络吧” … 通常实验科学家的大部分问题，对分析人员来说都是一个课题。

当然这个小沟，对想学习生信的朋友也是不可绕过，又难以逾越的。生信中的每一个基本概念，每一个原理，小到热图的行列代表什么，火山图的横轴纵轴代表什么，到GO富集分析的原理，GSEA的原理，序列比对的原理，基因定量的规则，差异基因鉴定的原理，ATAC-seq的原理，再到GSEA需要什么样的输入数据，结果应该如何解释，共表达网络和调控网络的区别，染色质三维结构能帮我做什么，肠道菌群分析怎么设计，再到代码如何写，写在哪，在哪运行，常见错误是什么，软件怎么装，装不上是为什么，再到如何能更快的进行任务并行化和流程化。通常生信初学者的大部分问题, 对入门早的人来说都是一个伪命题。

为此，我们特开设一门生物信息通识课，也算作生信入门课，希望能为生物实验者更好的理解生信工具和技术提供一个方便，帮助生信初学者快速入门。

课程涉及主要内容如下：

生物信息基本知识和概念

1. 生物信息是什么，能解决哪些问题，有哪些应用

2. 高通量测序有哪些类型和应用，smRNA-seq，RNA-seq, GRO-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Hi-C，scRNA-seq, ChIA-PET, FAIRE-seq, Ribo-seq, ChIRP, CAGE-seq, Clip-seq等等很多为解决特定问题而生的技术。

3. 不同代次高通量测序技术的原理和优缺点

4. 从细胞和DNA结构阐释生信在解析生物分子调控中的应用

5. 其它您想了解的生信知识 (可报名时提出，也可现场提出)

生物信息文章解读

1. CNS多组学文章2篇解读 (转录组、表观修饰组和突变组)

2. 微生物物种和功能组成CNS文章套路解读

3. CNS常见生物信息图形含义解读、适用范围和在线绘制

常见数据库使用

1. 利用常见数据库挖掘基因的功能、表达模式和互作蛋白

2. 从在线数据库获取细胞类型特异高表达的基因

3. 在线数据库挖掘基因的转录因子调控信息和表观修饰信息

4. 在线基因组浏览器加载公共数据解析多组学数据, 联合发布的转录组、表观修饰和三维结构数据查找基因的调控关系

常见本地软件使用

1. Cytoscape绘制网络图

2. Cytoscape绘制KEGG/Reactome通路图并进行表达属性可视化

3. Cytoscape绘制转录调控网络和蛋白蛋白互作网络

4. Cytoscape进行GO富集分析和可视化

5. Cytoscape进行文献挖掘，探索基因功能

6. GSEA本地软件使用和结果解读

7. 其它软件后续补充

R语言基础和图形绘制，在线绘图和图形排版

1. 在线绘图工具介绍

2. 图形修改和排版

3. R语言数据处理和绘图入门

生信Linux基础和常用软件介绍

1. 生信软件安装基本概念和操作

2. 生信Linux基础学习

3. 在windows下如何利用简单命令转换文件格式，提取序列，ID匹配，为常用软件提供数据输入格式等

4. 生信分析软件举例和适用范围介绍

当然，以上列出的也只是一部分内容，更多的还希望各位朋友踊跃提出，定制专属课程。