说起非编码RNA数据库，那实在是太多了，所以今天小编做了一个超实用的非编码RNA数据库及在线分析工具合集，包含：miRNA相关数据库、rRNA相关数据库、sRNA相关数据库、siRNA相关数据库、tRNA相关数据库、sonRNA相关数据库六大板块。
小编一次性将这些工具全都整理好，还附带了这些工具的基本功能，基本上非编码RNA需要用到的数据库这里都有！看完觉得有用的一定要给小编点赞!
一、miRNA相关数据库
1、EVmiRNA
网址：
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA
提供三个功能模块：
（1）miRNA表达谱和来自不同来源（例如血液、母乳等）的EV的样品信息；
（2）不同EV中特异性表达的miRNA，有助于生物标志物鉴定；
（3）miRNA注释，包括EV和TCGA癌症类型中的miRNA表达，miRNA通路调节以及miRNA功能和出版物。EVmiRNA具有用户友好的Web界面，具有强大的浏览和搜索功能，以及数据下载。它是第一个专注于EV中miRNA表达谱的数据库，可用于EV生物标志物、miRNA功能和液体活检的研究和应用领域。
2、miR2Disease
网址：
http://www.mir2disease.org/
一个手工打造的数据库，旨在提供一个全面的microRNA对应各种人类疾病的资源。
其中的每个条目包含miRNA-disease关系的详细信息,包括microRNA的ID、疾病名称、miRNA-disease关系的简要描述、microRNA在不同疾病状态的表达模式、microRNA的表达检测方法、通过实验验证microRNA的目标基因和参考文献。
3、mirWalk
网址：
http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/
mirWalk可以查找通路中的miRNA以及其靶基因，并且能够直接查询疾病相关miRNA。
4、HMDD
网址：
http://www.cuilab.cn/hmdd
HMDD提供与疾病相关的miRNA以及其靶基因，在通路分析的时候解列mirWalk非常有用。
5、CoGeMiR
网址：
http://cogemir.tigem.it/
CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中MicroRNA 在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。
●miRNA靶基因预测数据库
1. TargetScan
网址：
http://www.targetscan.org/
TargetScan数据库主要通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。该数据库提供人、小鼠、大鼠、奶牛、狗、猩猩、恒河猴、负鼠、鸡和青蛙等动物信息。
2. PITA
网址：
http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html
该数据库基于靶位点的可接性(target-site accessibility)和自由能预测miRNA 的靶标，是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。主要包含human、mouse、fly和worm的信息，使用者可以通过miRNA预测靶基因，也可以通过mRNA预测miRNA信息，无论是miRNA还是mRNA均可通过提供name或ID进行分析。
3. miRBase
网址：
http://www.mirbase.org/
miRBase数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。包含223个物种的35828个成熟的miRNA序列。该数据库提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息（仅包含已有的靶标信息，所以会出现部分miRNA靶标信息无的现象）。该数据库用于miRNA信息查询较多，靶关系预测较少。
4. miRTarBase
网址：
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/
该数据库主要收集的是被实验验证的miRNA靶标，同时提供支持搜索结果的文献或方法，最新更新于2015年9月。该数据库支持浏览、搜索和数据下载。
5. starBaseV2.0
网址：
http://starbase.sysu.edu.cn/
该数据库采集了6000多份样本，14种癌症来自于37个独立研究的108份CLIP-seq数据，同时辅助降解组实验数据搜寻miRNA的靶标，提供了各式各样的可视化界面去探讨miRNA靶标。除了miRNA和靶标mRNA之间关系，该数据库还进行lncRNA、circRNA、protein与mRNA之间的相互作用分析，并分析了ceRNA机制。该数据库主要包含人、小鼠、线虫3个物种信息。
●miRNA-lncRNA关系预测数据库
1．miRSponge数据库：
http://www.bio-bigdata.com/miRSponge/
2．RNA22数据库：
https://cm.jefferson.edu/rna22/
3．lncACTdb数据库:
http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/
4．RAID v2.0数据库：
http://www.rna-society.org/raid/index.html
5．DIANA Tools数据库：
http://carolina.imis.athenainnovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2/index
6．starBase数据库：
http://starbase.sysu.edu.cn/index.php
7．mircode数据库：
http://www.mircode.org/
8． LNCediting数据库：
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/
9．LncRNASNP数据库：
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/
10．lncrnamap数据库：
http://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/
二、rRNA相关数据库
1、silva
网址：
https://www.arb-silva.de/
是一个涵盖细菌、古菌、真核的rRNA基因序列的综合数据库。
2、PR2
网址：
https://www.researchgate.net/project/Protist-Ribosomal-Reference-database-PR2
PR2（ProtistRibosomal Reference database）数据库是专门针对真核微生物小亚基SSU rRNA（即18SrRNA）基因的数据库。该数据库主要由核编码的原生生物序列构成，但为方便分析18S的高通量测序数据，数据库也包含了后生生物、陆地植物、大型真菌和真核细胞器（线粒体、质体等）的SSU序列。内含子和嵌合体序列已被去除。
3、RDP
网址：
http://rdp.cme.msu.edu/index.jsp
RDP数据库全称“RibosomalDatabase Project”，该数据库提供质控、比对、注释的细菌、古菌16S rRNA基因和真菌28S rRNA基因序列。RDP是目前较常用的rRNA基因高通量测序后作为比对、注释的参考数据库。此外，还可用于平时菌种鉴定时，对少量rRNA基因测序后的物种进行分类鉴定，此时主要用其Classifier功能（http://rdp.cme.msu.edu/classifier/classifier.jsp），可非常方便地确定某条rRNA基因序列从门到属/种水平的分类信息并给出各水平相应的置信度。
4、Greengenes
网址：
http://greengenes.lbl.gov/
Greengenes是专门针对细菌、古菌16S rRNA基因的数据库，（可在该网址下载：http://greengenes.secondgenome.com/downloads/database/13_5），目前较常用于16S rRNA基因高通量测序后进行嵌合体去除的参比数据库。目前，比较火的一个分析——PICRUST，即根据16S rRNA高通量测序结果预测微生物群落功能的分析，也是基于gg_13_5数据库开发的，因此，想做PICRUST分析也必须依托Greengenes的gg_13_5数据库进行比对。
5、EzBioCloud
网址：
http://www.ezbiocloud.net/dashboard
EzBioCloud是与Greengenes数据库类似，也是专门针对细菌、古菌16SrRNA基因的数据库，但其特点是以可培养的细菌、古菌16S rRNA基因序列为主。该数据库对与2016年10月1日进行了网站更新，其中最常用的功能是通过与该数据库比对，确定某16S rRNA基因序列对应物种在数据库中的近缘可培养/模式种，此时用到的是数据库的Identify功能（http://www.ezbiocloud.net/identify），网站要求应用该功能时需要先通过邮箱注册后方可使用。相比上面提到的RDP、SILVA和Greengenes来说，该数据库较少用于16S高通量测序后的参比数据库。
6、PhytoREF
网址：
http://phytoref.sb-roscoff.fr/
PhytoREF数据库是专门针对质体（plastid）中16SrRNA基因的数据库。所有陆地、淡水、海洋中的含质体生物16S rRNA基因序列都囊括在该数据库内，包括陆地植物、海洋和淡水大型和微型藻类等的质体。
7、PFR²
网址：
http://pfr2.sb-roscoff.fr/
浮游有孔虫界（planktonic Foraminifera /Rhizaria）是一类在海洋中广泛存在的浮游原生生物，其在海洋碳循环中起重要作用，且其化石可用以生物年代地层和古气候重建。PFR2是专门针对浮游有孔虫界18SrRNA基因的数据库。包含3322条高质量的浮游有孔虫界18S rRNA基因序列。
三、sRNA相关数据库
1、sRNAmap
网址：
http://srnamap.mbc.nctu.edu.tw
关于微生物基因组中小型非编码RNA注释的综合资源至关重要。这项工作提供了一个综合数据库，即sRNAMap，通过整合各种生物数据库和调查文献来收集sRNA基因，sRNA的转录调节因子和sRNA靶基因。在这个资源中，我们在70个微生物基因组中收集了397个sRNA，62个调节因子/ sRNA和60个sRNAs /靶标。此外，还提供了更有价值的sRNA信息，如sRNA的二级结构，sRNA的表达条件，sRNA的表达谱，sRNA的转录起始位点以及与其他生物数据库的交叉链接，以供进一步研究。
2、sRNAdb
网址：
http://srnadb.fb11.uni-giessen.de/sRNAdb/Home
工作台旨在收集革兰氏阳性细菌的所有已发表和预测的sRNA，并将其提供给公众进行比较分析。目前包括关于该主题的转录组学出版物的所有可用数据以及通过称为SIPHT的软件的计算机预测.
四、siRNA相关数据库
siRNA数据库及设计工具
siRNA Database、siRNA Target Finder、Silencer ™ siRNA Construction Kit Template Design Tool、pSilencer ™ Expression Vectors Insert Design Tool、Silencer ™ Express siRNA Expression Cassette KitsPCR Primer Design Tool
2、Protein lounge
网址：
http://www.proteinlounge.com
Protein Lounge包括10个数据库和7个生物学工具以及1个个性化的工具。其中siRNA数据库：该数据库包括了众多生物种属中所有已知mRNA序列的siRNA靶位，并按照siRNA干扰对象（激酶、磷酸酯酶、转录因子和疾病相关基因）来组织数据。数据库中所有siRNA靶位均可以与Protein Lounge的siRNA在线设计工具链接。
3、在线设计siRNA软件：
●siDirect ：
http://sidirect2.rnai.jp/
●DSIR ：
http://biodev.extra.cea.fr/DSIR/DSIR.html
●Sigma ：
https://dwz.cn/p4ZMhime
●Invivogen ：
https://www.invivogen.com/sirnawizard/design.php
●RNAi Codex ：
http://cancan.cshl.edu/cgi-bin/Codex/Codex.cgi
五、tRNA相关数据库
1、GtRNAdb：
网址：
http://gtrnadb.ucsc.edu/
收录了不同物种的tRNA序列信息，这些tRNA都是通过tRNAscan-SE 2.0软件预测得到。
2、tRNAdb：
网址：
http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/
综合序列和二级结构的tRNA数据库，收录了来自577个物种的12000个tRNA基因和来自104个物种的623条tRNA序列，除了基本的序列信息外，还提供了二级结构的数据。
3、tRNAscan-SE：
tRNAscan-SE 能在基因组水平上进行 tRNA 扫描。该软件实际上是一个 perl 脚本，整合了 tRNAscan、 EufindRNA 和 Cove 这 3 个独立的 tRNA 检测软件。tRNAscan-SE 首先调用 tRNAscan 和 EufindRNA 鉴定基因组序列中的 tRNA 区域，然后调用 Cove 进行验证。这样既保证了前者的 sensitivities， 又保证了后者较低的假阳性概率，同时在搜索速度上提升了很多。
六、snoRNA相关数据库
1、snopy
网址：
http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/snorna_db.cgi
2、Top植物种的snoRNA基因数据库：
网址：
http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home
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