「学转录组入门生信」第三周入门R语言和学习DESeq2

本周的学习简单来说可以分为两个阶段：

第一阶段：R语言入门

本周我们需要学习如何安装R语言以及如何入门，随后我们需要学习R语言的基础命令和数据类型，接着我们学习如何安装R包，查阅帮助文档；同时我们需要学习如何使用R  project管理我们的项目，整合我们的数据，最后在DEseq2包的帮助下，我们使用上周学习获得的表达矩阵计算得到差异基因：

1. R语言简介及R&Rstudio安装

• 什么是R，为什么要用R

• R语言下载安装

• IDE的作用，Rstudio初识

• 在线资源，博客资源

2. R语言基础

• 熟悉Rstudio的操作界面

• R语言的基本命令学习

• 设置R的启动环境

• CRAN镜像设置

• 文件的读入和写出

3. R语言入门

• Tidyverse, Deseq2, ClusterProfile, biomaRt

• R语言的数据类型与数据结构

• R包学习及安装

• 后续需要用的包简介及安装

• 创建脚本与保存

• R project的使用

第二阶段：R包使用及进阶学习

1. 使用Deseq2包分析RNA-seq数据得到差异基因

• 读入数据，创建phone type数据，构建dds对象

• 得到分析结果，过滤差异基因

2. 练习

1. 试着使用R语言求一个数列中的最小值

2. 构建一个随机矩阵，使用FPKM的计算公式理解FPKM