一、引物设计原则引物
引物与扩增效率、产物特异性十分相关,因此引物设计的一般原则为:
表1
二、选择和设计荧光定量PCR的引物
1、从文献中直接查找,经过BLAST验证引物特异性后直接使用:
(1)如何在文献中查找引物:
①打开pubMed或百度学术输入所查基因名称,翻看相关文献 ,选定文章内的引物(Forward/Reserve)打开NCBI;
②NCBI-BLAST验证:点击BLAST
图1
③打开Prime-BLAST
图2
④输入文献中查询到Forward/Reserve引物:设置参数,PCR产物长度80-200bp(70-150),引物Tm值50/55/60
图3
至少横跨一个外显子
图4
⑤点击Get primer,弹出新的窗口,出现所需要的引物对:
图5
(2)在NCBI上直接设计引物
①打开NCBI,以PTEN基因为例:搜索
图6
②选择所需基因:PTEN(homo sapiens)
图7
③点击Pick Primer
图8
④更改参数,点击Get Primer,,在新的窗口得到所查找的基因的引物,一般选择前面的引物对,也可以通过所得引物的PCR产物判断引物的好坏,一般PCR产物长度过长(>1000bp)扩增不出来。
图9
⑤同样地,得到的引物可以同(1)一样用Primer-BLAST验证引物特异性,得到引物均为同一个基因的特异性最好。
(2)Primer Premier 5设计引物
①在NCBI上查找目的基因的序列,仍以PTEN基因为例:查询FASTA序列或者CDS序列
图10
图11
复制CDS序列:
图12
②打开Primer Premier 5:选择file→NEW→DNA sequence
图13
②粘贴CDS序列,“As is ”→“ok”
图14
③点击“Primer”
图16
图17
④设置参数:选择PCR产物,设计引物对(pairs),更改PCR产物长度,选择自动设计或者手动设计引物,一般选择“automatic”,“Manual”需要更改更多高级参数。若选择手动设计,设置条件约严苛,可供选择的引物对就越少;更改图19,与引物对优化条件(引物设计原则)尽量一致
图18
图19
⑤选择软件自动设计:可出现许多可供选择的引物对,后期可根据所选择的引物依照“从文献查找的引物对”进行“BLAST”验证引物特异性:
图18点击“OK”后,弹出图20:
图20
再点击“OK ”:
图21
⑥一般来说,位于前面的引物往往比较好,得分越高越好。点击任意一个引物:
我们可以从引物对自身是否形成发卡结构、引物对形成二聚体等参数判断引物的好坏,当然存在“Found”的提示有时也可用,但前提是∆G的值越小越好。
图22
⑦导出引物对:点击“sense”/“anti-sense”→“Edit Primers”→“Ctrl V”复制即可 。若引物对的Tm值不相近,也可通过在3’删减“C/G”进行优化。最后得到引物对也可在NCBI中进行引物对“BLAST”再次验证。
注意:
NCBI中直接设计引物,可直接搜索目的基因名称,选择“Pick Primer”,设置相关参数即可,对于miRNA(长度较短或NCBI库中没有相关数据),我们可以从MiRbase库中搜索到其成熟序列,复制到图16进行引物设计。
本文作者是'旺旺仙贝'同学,在获得授权后,实验老司机将本文发表于公众号。
文稿: 旺旺仙贝
校对:煲仔饭
素材:Canva
参考资料:
https://images.app.goo.gl/6Rqpnu71DeNVWx4SA
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