清朝经营蒙古，从皇太极三征林丹汗，到乾隆最终平定准噶尔，实际上也花了一百多年的时间，并非是几十年。
先上结论：明朝对待蒙古，基本上一直就是打打打，没有更加高明的办法。不管是前一百年追着打也好，后一百年挑拨内斗也好，虽然在军事上常常占上风，却始终未能收服人心，在蒙古草原未能建立起有效的统治，终明之世蒙古一直为患边疆。而满洲人建立的清朝，在以蛇吞象般取代明朝后，兼具中原农耕文明与满蒙藏草原游牧渔猎文明的二元特点，自身深谙草原民族的生存之道，构建出了针对牧区的直接统治体系，正是盟旗制度这一制度创新最终牢牢控制了广大蒙古地区。以下是简略分析。
1368年，明朝将元朝皇室追杀至塞北，北元虽然屡次遭到明军的毁灭性打击，但是始终歼而不灭、剿而不绝。明朝遇到了和历史上那些中原王朝面对的同样问题，草原上的游牧民族如星星之火，屡仆屡起，无法根治。
类似于汉灭匈奴，而鲜卑兴；唐亡突厥，则回鹘起。明在农耕区的统治是稳固有效的，但在面对逐水草居的游牧民却缺少可靠办法。明初洪武八征、永乐五征，曾经打得北元势力落花流水，东奔西逃，但是明朝劳师远征，却所获甚微。反倒是因鞑靼（黄金家族的北元）遭到打击，瓦剌（西蒙古）趁机坐大，土木堡一役差点让明朝提前终结。
其后，明朝调整了策略，不再单纯依靠军事部署主动出击，采取分化瓦解的政策，力争在牧区形成多中心的均势体系。比如兀良哈在明初即归顺明朝，在瓦剌和鞑靼保持均衡时，中间蒙汉民族也曾出现过数十年的和平共处。
然而，达延汗1506年统一漠南蒙古（鞑靼）后，蒙古高原还是重新形成了统一的权力中心。至明末，达延汗重建的蒙古汗国传承至林丹汗，林丹汗直辖察哈尔部，又是整个东蒙古（鞑靼）的总汗。明朝对蒙古的经营常常有心无力，疲态尽显。
应该说，明在边疆少数民族地区也尝试过某种与内陆不一样的制度，比如针对南方少数民族设置的土司制度，也就是所谓羁縻制度。而卫所制度则主要是用来防御北方的蒙古的。
但是后者明显并不特别成功，并未收长治久安之功。明朝前后大规模修建长城50余次，工程在200余年几乎一直在进行，役夫不计其数。我们今天游览的长城即是拜明人所赐。明朝沿长城诸险要地带建立了“九边三卫”:在大同、榆林、甘肃、宁夏、太原、辽东、贵府、蓟州、固原设置九个边疆重镇，合称“九边”；在长城以北设太宁卫、东胜卫、开平卫，合称“三卫”。
这样，就形成了以北京为中心，以九镇为支点，以卫所等为网络，以长城为屏障和阵地的严密防线。
总体上，有明一代，蒙古叛服无定，与明朝攻防互见。
对比清朝对于蒙古的经营就比较得心应手了。其中有三条办法比较奏效。一是军事征服，血腥镇压反抗者；二是政☞束缚，实施盟旗制度；三是推行黄教，羁縻民族性格。特别是独创的盟旗制度，相当于防风固沙工程，一个个的小格子，使沙丘渐渐停止了流动，沙子还是沙子，但是已经对人类构不成威胁了。
曾经在草原上呼啸来去以劫掠为生的战士，不得不变成自食其力的牧人。从中原王朝的角度来看，草原帝国的威胁就此被轻松地解决了。
军事征服。自努尔哈赤建立后金起，就与附近的蒙古诸部会盟、联姻。1616年，察哈尔林丹汗与明朝结盟，企图联手遏制后金的扩张。努尔哈赤及皇太极则利用各部落、氏族之间的矛盾，采取招抚、利诱、通婚、胁迫等手段，以分化蒙古各部，孤立林丹汗。
林丹汗连续遭到打击，众叛亲离死去。1635年林丹汗之子额哲出降，献元代传国玺“制诰之宝”，察哈尔部灭亡。“本朝龙兴，蒙古科尔沁部率先归附，及既灭察哈尔，诸部相继来降。”1636年，漠南蒙古各部奉皇太极为蒙古大汗。皇太极改国号为大清，改元崇德。置蒙古衙门统管蒙古事务，并派员前往归附的蒙古各部“查户口、编牛录、会外藩、审罪犯、颁法律、禁奸盗”。此后漠北、青海蒙古（四卫拉特盟主固始汗）各部震动，纷纷遣使入贡。
1638年，清朝改“蒙古衙门”为理藩院。1676年四卫拉特之一准噶尔首领噶尔丹打败卫拉特盟主鄂齐尔图汗之后，攻打归附了清朝的喀尔喀蒙古，意图重新统一蒙古，由此与清朝的矛盾加剧，导致康雍乾三朝多次对准噶尔用兵。至乾隆25年（1760）才最终平定。清廷此时内部稳定，国力强盛，战斗力较强，且运用剿抚并用的策略比较成功，在战争指导上，能依据客观情况，制定出切合时宜的作战方针，注意发挥骑兵快速机动作战能力和火器部队的作用。
至乾隆三十六年（1771年），渥巴锡率土尔扈特部内附，蒙古除布里雅特、卡尔梅克等由俄统治外，其余各部均纳入清朝版图，乾隆帝作诗曰：“从今蒙古类，无一不王臣。”当然伴随着军事征服，蒙古各部落遭到了极重摧残，大量人口死于战乱。准噶尔部和清朝对峙70多年，清朝统治者对其抱有很深的敌视和不信任心理，准噶尔原有60多万人口，由于战争、内讧、瘟疫、杀掠、逃亡，准噶尔部人丁殆尽，幸存者依附于喀尔喀蒙古赛音诺颜部者曰额鲁特，游牧青海者曰绰罗斯。
2、正文治束缚。满蒙结盟是清代一以贯之的国策，倡言满蒙一家，满蒙贵族通婚情况很常见。清朝每代皇帝都会迎娶蒙古贵族女子为妃为后，清室的公主多尚蒙古王公。清廷根据蒙古部落首领原来地位的高低和效忠的程度、功劳的大小，分别授予亲王、郡王、贝勒、贝子、台吉等各种爵位，使他们享有各种政经特权。可以说，满蒙贵族在血缘关系上是趋向融合的，在政治心理上也是趋同的。
清朝皇帝非常了解游牧民族战斗力强盛之原因，那便是其机动性，能够在游牧当中按照需要聚散离合，一旦时机成熟就会迅速聚集，产生致命的攻击力。要让他们不具威胁，必须使其碎片化，禁锢在固定的土地上，使其无法再机动联合。为分化控制蒙古人，清朝精心设计了盟旗制度。此制自初置至完备，历时一百四十多年。
1624年始，即对归附的蒙古部众按八旗组织原则，在其原有社会制度基础上编制旗分，后归附的蒙古诸部都以此方法安排处置。至1771年土尔扈特部蒙古返归中国后，全蒙古部众悉数被纳入盟旗体制。
按照地域分为内蒙古四十九旗、外蒙古八十六旗、西北蒙古三十四旗、西套蒙古二旗,、青海蒙古二十八旗,共计一百九十九旗，各旗大者数万人，小者不过数千人。其中旗是基层的行政、军事单位，也是赐给旗内各级封建主的世袭领地。
旗是经过编织佐领，安置属民，分给牧地，划定旗界，任命札萨克形成的，选择任命札萨克不但要考虑其内部权威性，更主要的是考虑对朝廷的忠顺程度。盟为旗的会盟组织，合数旗而成。盟并非一级行政机构，盟长要经朝廷的确认，其主要任务是充当三年一次的会盟召集人，履行比丁、练兵、清查钱谷、审理重大刑名案件等职责，但不得直接干涉各旗内部事务，无权发号施令，只有实行监督的权力，有义务随时告发札萨克的不法或叛逆行为。各旗虽人丁不多，但旗内同时封授大大小小的世袭爵位且都享有一定的特权，以此“众建诸侯而分其力”。
贵族群体庞大，供养者却人口稀少，生之者寡而食之者众，部民负不堪其负，长期挣扎在温饱状态。同时，清廷画地为牢，对各旗划定牧场，严禁越境游牧，使蒙古牧民丧失了抵抗天灾的能力，因天灾所致的大规模死走逃亡所在多有。而长期固定地域放牧，也使草场退化、沙化严重，畜牧业持续萎缩，生计日益艰难。此外，蒙古各盟旗还要应付不定期的军事征发，其征兵比例远远高于其他民族，因战争损耗的人口不计其数。
3、宗教羁縻。清代统治者深知蒙古人对宠信喇嘛教，于是因势利导，大力扶持鼓励发展喇嘛教格鲁派（黄教），利用黄教巩固其对蒙古等各部的统治，削弱蒙古族“英勇尚武”的传统，使其成为维护安定社会秩序的重要支柱。清廷大范围鼓励蒙古封建王公兴建寺庙、翻译佛经，甚至规定蒙古人家有两男以上者，必须有一人出家做喇嘛。在清朝统治者大力提倡尊崇佛教政策鼓励下，喇嘛教在青藏和内外蒙古、新疆额鲁特部和五台山等地区，都大大发展。据清末统计：内蒙古各地兴建喇嘛教寺庙一千余座，外蒙古747座，青、甘、新、川等地蒙古人聚居区域，也兴建寺庙600百余座。
这些寺庙，长期驻庙喇嘛多则2500人，少则亦有10余人。喇嘛教在清代已成为广大蒙古人赖以寄托未来的精神支柱，更成为清朝统治者和蒙古封建王公巩固统治地位的工具。崇奉喇嘛教的直接结果是人口的大量减少，和反抗意识的淡化。因草原上庙宇众多，喇嘛被免除兵役、徭役和赋税，给予某些特权，这一政策实际上刺激了更多平民出家为僧，大量年轻男子云集各庙宇，念经修佛，极大地阻碍了蒙古族经济文化的发展。
喇嘛构成了新的特权阶层，人数一度到达蒙古族男人中的三分之一，这些本来充满血性的蒙古勇士，全变成了每天念经的喇嘛。和平主义的佛教教义，促使蒙古人放下挥舞的战刀，变得温顺无比，丧失了战斗力。而喇嘛是不能娶妻生子的，长此以往，人口必然下降。缺少劳动力，深重劳作转移到女子的身上，使得蒙古人身体素质更加降低，生育力就更弱，恶性循环。
另外，男不婚女不嫁，自然导致不正当的性行为，造成性病流行，瘟疫不断，生育力大为削弱，严重影响人口质量。
总之，盟旗制度伴以军事征服、正文治瓦解、文化笼络和精神麻痹等政策，使蒙古人彻底衰落了。
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