鱼朝恩是泸川（今四川泸州）人，出生在玄宗开元十年（722）。天宝末年，他进入宦官机构内侍省供职。鱼朝恩生性聪明而为人狡猾阴毒，在内侍省应差期间，以粗通文书，传达诏令，逐渐受到信用。
鱼朝恩随从肃宗至灵武后不久，被派到大将李光进军中担任了监军。
安禄山于天宝十四年（755）11月9日，在范阳扯起叛乱旗帜，挥军南下，一路长驱直进。中原郡县因百年无战事，武库里兵器生锈，铠甲腐朽，无军可用。地方长官不是望风奔逃，就是开城投降。安禄山仅一个月，便占领了东都洛阳，自称大燕皇帝。
玄宗李隆基带着皇太子和左右近臣，仓皇出京而逃，途径马嵬（今陕西兴平西），发生兵变，杨国忠及杨贵妃被杀。当地老百姓遮道请求玄宗回驾抗敌，玄宗李隆基留下皇太子（李亨）抚慰民众，自己继续西逃，进入四川避难去了。
在马嵬兵变后，皇太子李亨带着几千人马，日夜兼程赶到灵武（今宁夏灵武）。7月13日，在灵武的文臣武将拥立下，即位称帝（史称肃宗），改年号为“至德”，遥尊玄宗李隆基为太上皇。肃宗即位，便是树起了领导军民抗击安禄山的大旗。
但此时文武大臣不到30人，其中堪称栋梁者不多。在此紧急形势下，跟随肃宗来到灵武的宦官李辅国、鱼朝恩等人，便自然受到了重用。
鱼朝恩得宠并掌握了兵权。就在肃宗即位的当月下旬，正在前线的朔方节度使郭子仪、河北节度使李光弼奉命率数万兵马赶赴灵武，肃宗新朝的军威这才显出雄强振奋气象。
肃宗于是月15日，从灵武向关中进发。2月，河西、陇右的官军以及西域回纥兵会于凤翔。随后数月间，官军与叛军在关中、河东一带展开激烈争夺。9月下旬，双方在京城西面相遇决战，官军大胜，收复长安。
鱼朝恩在肃宗返回京城后，被任命为三宫检责使，以左监门将军知内侍省事，成为宦官头目，执掌内宫事务大权。官军继续东进，鱼朝恩又奉命担任神策军监军，驻扎于陕州（今河南三门峡）。充分得到了肃宗提拔重用。
太上皇（玄宗）与肃宗在宝应元年（762）4月，相继驾崩，代宗即位。代宗10月命雍王（李适，即德宗）为天下兵马元帅，安史之乱平定之后，唐朝廷代宗对有功将士，封赏官爵财物，大加表彰。鱼朝恩在洛阳再度收复后，已加授开府仪同三司，封冯翊郡公。他所监领的神策军，一度移驻汴州（今河南开封），不久，又回到陕州驻扎。
广德元年（763），吐蕃军队占领了河西、陇右地区之后，仍继续东进。紧急警报不断传到京城，却被大宦官程元振扣压下来，不向代宗呈奏。
吐蕃前锋兵马于10月7日，渡过渭水便桥，直指京城。代宗闻报后惊慌不知所措，急急带着雍王等人出城向东避乱。代宗第二天奔至华州（今陕西华县）。地方长官见闻吐蕃大军进犯京城。早已逃得影踪不见。
跟随代宗的禁军将士，在军需粮草耗尽，受冻挨饿。慌乱危急的时刻，鱼朝恩带着神策军，从陕州赶到关中。代宗和随行人等在神策军的护卫下，匆忙驰向潼关。鱼朝恩监领的神策军，原本是边防军，是玄宗天宝年间陇右节度使哥舒翰为抗御吐蕃，在临洮（今甘肃临潭）之西的磨环川所设置，由成如璆担任军使。
鱼朝恩带神策军在12月26日，护卫着代宗返回长安。代宗慰劳道：“没有早日任用你，所以才有这场祸乱。”代宗回宫，鱼朝恩以迎奉护驾功劳，被任命为天下观军容宣慰处置使，获得赏赐无数。神策军被升格为皇帝禁军，仍由鱼朝恩典掌。至此，鱼朝恩既总监天下军队，又亲领宫卫禁军。到德宗时，神策军扩充到15万人，超过了任何一个地方节度使的兵力。
永泰（755—756）中，代宗诏令鱼朝恩主管国子监事务，兼鸿胪、礼宾、闲飞龙、闲厩使等职，被封郑国公。
唐代国子监是古代教育管理机构的最高学府，所管理的官学有国子学、太学、四门馆、律学、书学、算学等。以上这些经典和专门学问，都有专职的博士官和助教负责传授教习。然而鱼朝恩的学问知识，充其不过是个半瓶子水。
他要到最高学府来升堂讲经论道，无疑是让人耻而笑之。皇帝这种令斯文扫地的怪诏令，致使朝中文武大臣可笑而不敢言。
鱼朝恩受皇帝宠信掌握神策军，他手下的一些将领也倚仗威势，胡作非为。刘希暹向鱼朝恩献计，在军营中设置监牢，暗中纵容一些地痞流氓，捏造罪名告发京城中有钱的人户，抓起来交给司法小吏审讯拷打，随便判处一个罪名，把他们的家财没收到神策军中。这些无辜的人遭诬陷判罪，或蒙冤而死，京城人称之为“入地牢”。万年县的捕盗小吏贾明观，投靠鱼朝恩，随便抓人，敲诈勒索，积聚了上亿的不义之财，但却无人敢揭发上告。
鱼朝恩一伙聚敛不知有多少黑心钱财了。作为宦官是受了阉割丧失生育功能的人，但这类畸型人物仍然娶妻或收养义子。鱼朝恩有个养子叫令徽，年岁不大，在宫内任内给使。按照唐朝的官制规定，内给使没有品级，地位低下，穿绿色衣服。这种地位低下又年纪轻轻的小人，自然不被别人看重。因此，鱼令徽与其他宦官常发生争执，心中气忿不过，便向鱼朝恩诉说。
第二天，鱼朝恩带着这个养子朝见皇帝，奏言道：“臣儿令徽官位太低，常受人欺侮，希望陛下能让他穿上金紫衣服。”代宗听了还没有回答，就有内廷太监捧上来一套三品高官穿戴的金紫衣服。鱼朝恩竟不等代宗发话，一把拿过来让养子穿上，然后磕头谢恩。代宗勉强笑着说道：“小孩子穿上这套衣服，看来很合适，这样就称心了吧。”鱼朝恩带着养子，得意地退出朝堂。
鱼朝恩傲视公卿大臣，对不巴结附会他的人百般侮辱，甚至贬官流放，便招致了朝臣的忌恨，君臣共愤。
宰相元载，早就窥察出代宗已对鱼朝恩心怀不满和厌恶。他找机会进言，请求除去鱼朝恩。
代宗帝吩咐元载暗中设法，不动声色地将其除掉，事成之前不可泄露机密，免得引起意外麻烦。
元载在大历五年（770）正月，向代宗奏请将凤翔节度使李抱玉调任山南西道节度使，再以皇甫温为凤翔节度使。这表面上是加重了皇甫温的权位，实际上是让他靠近京城作为元载的助手。元载又奏请将郿、虢、宝鸡、周至等州县划归李抱玉管辖，而以兴平、武功、天兴、扶风等地划归神策军。鱼朝恩喜于自己的地盘得到扩大，完全不知其中的计谋所在。
鱼朝恩的亲信刘希遏感觉皇帝的做法另有意图，便急忙向鱼朝恩密告，鱼朝恩听后也心生疑惑，感到害怕。他每次见到代宗时，见其态度一如往常，对他的恩礼不但没有减轻，反而更加隆厚。
皇甫温于2月奉命从陕州来到京城，元载将他暂时留在长安，没让他急着前往凤翔就任。元载借此机会与皇甫温、周皓秘密商议除掉鱼朝恩的具体行动。
商定之后，元载向代宗请示，代宗告诫他说：“千万要谨慎行事，不要反受其祸啊！”郭子仪也密奏给代宗：“鱼朝恩曾经联络华州刺史周智光为外应，再加上他长期执掌禁军，如果皇上不早作防备，必定会弄出大乱。”
寒食节（3月10日），代宗这天在宫中设宴招待皇室亲贵和执政大臣。元载则在中书省公堂上等侯。宴会结束之后，正当鱼朝恩准备返回神策军营时，有内侍传诏说皇帝要留他商议政事。鱼朝恩身体肥胖，行走迟缓，所以经常坐着小车子进宫。
代宗帝在朝堂上听见鱼朝恩的车子声由远而近，便正襟端坐。鱼朝恩一进门，代宗就厉声责问他为何要有负恩德，图谋不轨。鱼朝恩还不知道大祸临头，依然态度强横，言语不逊，为自己辩白。
代宗皇帝不等鱼朝恩说完，一声喝令，早就埋伏在殿堂两侧的周皓、皇甫温等人一拥而上，将鱼朝恩捆绑起来。代宗当堂历数了鱼朝恩罪状，立即下令周皓等人将其缢杀。
猖狂一世、49岁的鱼朝恩在宫中立即被缢杀。
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