清朝末年，朝廷预备立宪。光绪三十年（1904年），清朝派出戴鸿慈等出使各国考察政治大臣赴日本、欧洲、美国考察政治。回国后，清朝改刑部为法部，法部设典狱司，主管全国狱政。光绪三十年之后，在京师法律学堂设监狱专修科，培养监狱专门人才，聘日本法学博士小河滋次郎任教授并草拟监狱律法 。
修订法律大臣沈家本主张建立新式监狱，并与法部尚书戴鸿慈就监狱改良、建新式监狱的问题多次进行讨论。法部尚书戴鸿慈奏设京师模范监狱，并通令各省一律筹办新式监狱 。在此之前，中国部分省份的省城已经建立了模范监狱，比如湖北省、云南省、奉天省的省模范监狱已经先行试办。
法部在奏请建立京师模范监狱时称：“京城设立新监狱尤模范中之模范，其规模不可不宽博，其教养不可不完全”、京城为“五方之荟萃”，“观瞻范围视省城为倍宏”。法部选定八旗镶蓝旗校练场为京师模范监狱的狱址，位置即南下洼姚家井 。
建设京师模范监狱计划用银19万两，于宣统二年（1910年）4月开工。日本监狱学家小河滋次郎设计规划了监狱的建筑，工程由恒源、广恒等10家公司承建。首期工程占地为南北300米，东西270米，折合123亩 。因辛亥革命爆发，清朝灭亡，该监狱草草完工。
民国元年（1912年）5月28日，中华民国政府司法部派吴承仕接收该监狱，此时该监狱幼年监的一段墙已坍塌。整个工程已经付银17万两，尚有28000多两的缺口。监狱的甬道及狱吏的厕所等设施尚未建设。同年8月13日，派王元增筹办，8月18日招考看守，11月10日监狱正式启用 。
该监狱启用之后，陆续进行了扩建工程。1914年，在东、中区的南部，增设了女监。女监建成后，开始收押女犯，女监监舍最多可容纳150人。1916年，在北围墙以外的附地和新购民地，扩建了新北监。1919年，新北监建成。到1919年，该监狱的格局基本定型。
该监狱自筹建以来，历经11次更名，17次变更隶属单位。 该监狱最早名为“京师模范监狱”。民国元年（1912年）5月28日，司法部派员验收，改称“北京监狱”。1914年10月，北京监狱改称“京师第一监狱”，仍隶属司法部。1928年，京师第一监狱更名为“河北第一监狱”，隶属河北高等法院。
1949年2月7日，该监狱被华北人民政府和北平市军事管制委员会接收，同年4月14日更名为“华北第一监狱”。1949年12月，华北第一监狱更名为“北京市人民法院监狱”。1950年7月1日，移交北京市公安局管训处管辖。1950年7月，更名为“北京市监狱”。1953年，该监狱被评为华北地区第一模范单位。
1994年11月8日，经司法部同意，位于姚家井（当时门牌号为北京市宣武区陶然亭街道育新街47号）的北京市监狱迁至原北京市收容所（1982年4月建成），地址为北京市大兴区沐新路。原位于姚家井的旧监狱停用，随后遭拆除。---【京师第一监狱，1917年。摄影：西德尼·戴维·甘博】
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