蒙古人是八旗军的重要组成部分，在清朝统一全国的战争中，蒙古八旗在满洲八旗人力损失严重的情况下,一度成了八旗军的主力。这部分蒙古八旗的正式名称是八旗蒙古，而此外，还有所谓的四十九旗蒙古。虽然都是清朝的蒙古人，但在皇帝主子眼里他们的区别还是很大的。
首先八旗蒙古是八旗军一部分，从指挥到人事都是满清皇帝说了算，满清皇帝要他们去江南和红花会干架他们就只能和陈家洛拼命，满清皇帝需要他们和罗刹国哥萨克玩命也是随叫随到。八旗军建立之初，努尔哈赤就大量招募蒙古人弥补自己的骑兵不足，在308个女真蒙古混合牛录中，可以确定是纯粹蒙古人组成的牛录有78个。到天聪九年（1635年）二月，皇太极建立“八旗蒙古”军，将原来属于“八旗满洲”的蒙古兵士抽出来，和后来投降的蒙古人混编在一起。到1644年入关之前，八旗蒙古军已有一万六千余名兵丁，佐领117人，在八旗满洲之内还有蒙古佐领35人。八旗蒙古军中蒙古人受到满清皇帝指派的都统管理各种事务，他们家的女子也参与选秀，是满清后宫重要组成部分，同治皇后阿鲁特氏就出身八旗蒙古。
八旗蒙古没有自己的旗主，都统们都由皇帝指派，这些都统有很多都是满洲人担任。比如福康安就担任过镶蓝旗蒙古副都统，海兰察担任过镶白旗蒙古副都统，是满洲权贵担任八旗都统前的过度。八旗蒙古的成员是每月有月俸的旗人，每月可以领到2两左右（驻地的不同有区别）的工资，还能领到0.5两银子的养马补贴和每年30石左右的粮食，他们的都统155两的年薪和600两养廉银（满洲都统是700两）。当然了到清朝末年，这笔钱因为200多年的通货膨胀，已经远远不够用了。
所谓蒙古四十九旗，则指的是满清降服漠南蒙古建立的数十个内扎萨克旗，他们并不属于八旗军系统。平常这些蒙古人可没工资拿，只有被满清皇帝征召卖命时才有出征行装银拿。按照规定，台吉（王子）们带兵出战拿150两，普通的蒙古兵拿20两卖命钱，而他们在八旗内的同胞可以拿到40两到30两不等（根据路途远近）。蒙古49旗的兵丁是兵民合一，平时自己养活自己，根本就没钱拿。由于清朝严格限制了各个旗的游牧范围，到清朝中后期牧民们普遍过得很惨，就连僧格林沁这个贵族的后代早年也要给富人家放牧。蒙古四十九旗由原先各部贵族充当旗主，但他们不能管理涉及死刑的刑罚，这是理藩院的业务；也不能喝和邻居开战、扩充自家地盘，否者八旗军就会带着大炮让他们懂规矩。
在清朝的蒙古人中，察哈尔部情况最为特殊，他们并不属于蒙古四十九旗，也不完全属于八旗蒙古，而是单独列为八旗察哈尔。察哈尔部是林丹汗的后裔掌管，顺治十六年因为有部下对自己动刀子，首领阿布鼐暴怒之下干掉了刺客，结果被圈禁在沈阳。康熙十四年，布尔尼趁三藩之乱，准备打进沈阳救出老爹，结果被清军击败，自己也被科尔沁的亲戚们杀死。总之，察哈尔人单独被列为了八旗察哈尔，被察哈尔总管管理，是八旗军特殊的一部分。
对于普通的蒙古人来说，反正都是拿钱、干活差别并不太大。但对于僧格林沁这样有志气的蒙古权贵来说差别就大了。他是科尔沁的蒙古王爷，但为了混官场，却只能担任八旗蒙古的多个都统职位，带着八旗蒙古军和绿营军奋战在各个战场上。替满清王朝卖命。
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