这个问题注定没有正确答案，临床大多数疾病的病因都不确切，否则直接治疗病因也就解决问题了，也就没必要继续探索了，对于系统性疾病，病因也一定是多病因的。
系统性红斑狼疮的发病与多种因素有关，遗传、环境、雌激素水平等各种因素相互作 用，导致T淋巴细胞减少、T抑制细胞功能降低、辅助性T细胞与调节性T细胞平衡紊乱及功能异常、B细胞过度增生，产生大量的自身抗体。并与体内相应的自身抗原结合形成免疫复合物，沉积在皮肤、关节、小血管、肾小球等部位，在补体的参与下，引起急慢性炎症及 组织坏死（如狼疮肾炎），或抗体直接与组织细胞抗原作用，引起细胞破坏（如红细胞、淋 巴细胞及血小板膜的特异性抗原与相应的自身抗体结合，分别引起溶血性贫血、淋巴细胞减 少症和血小板减少症），从而引起机体的多系统损害。
细胞因子IL-4、IL-6在SLE患者中分泌增加，脑脊液中高水平IL-6与中枢神经狼疮活动有关。
T细胞是建立和维持自身免疫耐受的主要细胞。正常情况下，T细胞耐受是通过在胸腺中对自身反应性T细胞的消除来达到，并通过外周无能机制来维持。SLE的发生可能与自身T细胞耐受性的破坏有关。
本病可累及多系统及多脏器的自身免疫性疾病，且可导致机体较为明显的免疫功能紊乱，但发病机制尚未完全明确。机体肠道系统中寄居大量细菌,种类繁多，数量庞大。正常情况下，菌群数量及种类保持平衡，与机体互利共生，共同维持机体正常生长与发育，但异常情况下,菌群数量及种类发生改变,引起免疫系统紊乱，进而导致疾病发生与发展。
大数据分析显示，系统性红斑狼疮病位证主要在肾、与脾、肝、心、肺密切相关，病性以虚性为主，实性次之。虚性多见气虚、阴虚、血虚，实性多为痰湿、火热。
另外一个比较常见的理论认为，“瘀”“热”伏藏体内是系统性红斑狼疮的病理物质，也是引发他变、加重病情的重要因素。"瘀热伏邪"是系统性红斑狼疮的病机，贯穿于疾病的整个发病过程。
还有从“伏邪”、“络病学”等角度去阐述系统性红斑狼疮的病因，不同的中医理论几乎都能自圆其说，反正也找不到临床可靠的证据去支持，那还不是想怎么说都行，而且说了又有人信，还有人为其传道，何乐不为。
现代中医大多数时候都是在西医的框架下去思考问题，而这明显不是中医的价值所在，也不是正确的研究方法。
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