无论是否需要执行海上反恐作战任务，几乎所有反恐特种部队都具备一定的水上作战能力。当然，像SBS、 Devgru、“海豚”和休伯特突击队等专门的海上反恐特种部队，会有更多特种作战专用船只。最小的特种作战船只可能搭载两名反恐特种部队队员，帮助他们悄无声息地通过海湾或者河流到达指定地点。而反恐特种部队使用的最大的船只，则可以运送整个小队的反恐特种部队队员，并给予必要的火力掩护。
反恐特种部队使用最多的船只应该是小艇。这些小艇可以折叠，其骨架是由木头、铝，或者纤维玻璃制成。小艇的外壳材料一般为合成纤维，舱面材料则是合成纤维或者棉花及大麻纤维的混合物，比如 Klepper/小艇的舱面采用的就是这种材料。通常小艇本身没有动力装置，需要反恐特种部队队员用菜划。而有些类型的小艇则安装有小型发动机。反恐特种部队专用小艇的制造商主要有 Klepper、 Robot、 Long Haul，以及 Nautiraid公司。在处于折叠状态时，两个袋子就可以把一艘小艇装下。反恐特种部队专用小艇具有经久耐用的特点，即使在恶劣的使用环境下也能保证其正常行驶。
反恐特种部队的武装潜水员使用最多的特种作战船只是CRRC(橡皮攻击艇)。橡皮攻击艇也常常被称作“黄道”，这是因为制造橡皮攻击艇的最大厂商就是黄道公司。橡皮攻击艇在设计上充分考虑了其充气过程的简单性和高效性，利用一般的脚踏泵、压缩机或者二氧化碳气罐在几分钟之内就能给橡皮攻击艇充气完毕。除了充气方便外，该艇还能够通过多种类型的装备进行投送，比如它可以从配备了特殊装置的潜艇中发射出来，或者在海岸上使用特殊装备进行发射，也可通过直升机或者固定翼飞机进行投送。
美国海军海豹突击队曾经实验过，让反恐特种部队队员驾驶橡皮攻击艇，直接进出悬停在水面上的直升机(直升机的起落架位于水下，机舱刚好在水面上)。不过这种活动需要反恐特种部队队员进行大量的练习。橡皮攻击艇配备有一个40-5马力的双桨发动机，可以搭载10名反恐特种部队队员。有时候出于秘密任务的需要，反恐特种部队队员会在接近目标地点的时候关闭发动机，换用人力划到指定地点。般情况下，在执行作战任务的时候，一艘橡皮攻击艇会搭载6名反恐特种部队队员和2名能手以及他们的武器装备，这2名舵手当然也可能是反恐特种部队队员。空艇的重量仅为320磅，队员们可以轻松地将其移动到安全地点伪装隐藏起来。
RHIB(硬壳充气艇)和RIB(硬充气艇)的体形比橡皮攻击艇较大，可以用于环境更为恶劣的海面，而且速度较快，能达到45节。美国海军特种部队使用的最先进的硬壳充气艇拥有一个470马力的发动机，在标准油量的情况下能够行驶200海里。硬壳充气艇的吃水量不大，不超过3英尺，因此可以用于浅海或者在深度较小的河流中行驶。此外，该艇还可以搭载比橡皮攻击艇更多的反恐特种部队队员，并且配备有一定的武器装备，可以为反恐特种部队队员提供必要的火力掩护。在执行登陆作战行动时，硬売充气艇可以从飞机上放下。目前应用较广的硬壳充气艇长度仅为36英尺。相对于橡皮攻击艇的15.5英尺长度而言，硬壳充气艇的实用性更强。
图:美国海军特种舟艇部队配备有能够在近海岸或者河流附近运送海豹突击队队员的船只。这些船只还可以为海豹突击队员在作战时提供火力支持。(美国海军)
反恐特种部队使用的船只中还有更先进的类型，比如新型的黄道风MACH2型。这种艇可以搭载12名反恐特种部队队员和2名驾驶员，同时它的速度能够达到60节。正是由手其行驶速度很快，该艇装配了缓冲座椅等先进设备来改驾驶和乘坐感受。该艇的外置发动机具有300马カ，艇本身90马カ，但是该艇在行驶的时候噪音极小轻型巡逻短PBL有时候也被称为波士顿捕鯨船。艇长25英尺，行驶速度能达到0节。艇上可以装配050口径或者7.62毫米的机关枪。该艇具有泡沫内核和纤推玻璃结构，因此具有良好的耐用性和耐磨性，非常适合反恐特种部队的作战需要。
反恐特种部队使用的大型特种作战船只是 Mkv SOC(特种作战艇)。该艇可以搭载5名驾驶人员和16名反恐特种部队队员，最高时速达到50节，最远行驶距离达到500～600英里。特种作战艇可以将反恐特种部队队员送到目标地点附近后，让队员乘坐橡皮攻击艇潜入目标地点。该艇可以在运送满员反恐特种部队队员的同时搭载4艘橡皮攻击艇。此外，特种作战艇还装配了一个斜坡，可以方便快速接收橡皮攻击艇上的反恐特种部队队员。
在运输方面，特种作战艇可以通过大型运输机比如C-5来运送，或者放在更大的船只上进行运送。艇上可以配备多种先进电子和通信设备，并且带有5个武器安放装置。在这些武器安放装置上可以使用M-20.50口径重机枪、M2407.62毫米MGs、M607.62毫米MGs，或者Mk1940毫米自动榴弹发射器。由于特种攻击艇的行驶速度很快，因此它一般不易被追踪，非常适合在靠近海岸的地方进行作战。
反恐特种部队的武装潜水员在执行海上反恐作战任务时可能会用到水下运载工具，比如美国海军的SDV(海豹突击队及潜水员运载系统)或者ASDS(高级海豹突击队运载系统）。
图:意大利 COMSUBIN的武装潜水员刚刚出水，他正准备使用其手中的Cot轻型半自动步枪来进行射击。(意大利海军)
图:一名全副武装的GIGN武装潜水员。(法国国家宪兵)。
ASDS的前身是MkV海豹突击队及潜水员运载系统，该运载工具可以从潜入水下的潜艇中发射出来，搭载反恐特种部队的武装潜水员悄无声息地到达目标地点。该运载工具上装配有水下呼吸系统和带有通信设备的面罩。反恐特种部队的武装潜水员使用该运载工具在水下行进时，可以通过面罩中的通信工具随时保持联系。此外，MkV系统还带有先进的多普勒导航系统，可以帮助反恐特种部队的武装潜水员在水下也能精确地向目标地点移动。在搭载人员数量方面，MkVI系统可以搭载6名武装潜水员。它的最大下潜和航行深度为500英尺，速度能达到资深武装潜水员游泳速度的2倍。Mk VIII系统属于所谓的“湿水系统”，即武装潜水员在乘坐该运载工具时，其身体仍然处于水中。
Mk VIII
Mk VIII
SDV有一名驾驶员和一名副驾驶员进行控制。
驾驶员和副驾驶员通常是战斗队的一部分。
SDV由锂离子电池供电，并配有推进，导航，通信和生命支持设备。
SDV通常是从潜艇发射仓中发射出来的，或者是从装备用于发射和回收SDV的两栖运输船中发射。
SDV可以从C-130大力神空投到作战区域。
Mk VIII Mod 1 SDV可以将数十名装备齐全的海豹突击队运送到任务区域
目前，更为先进的ASDS系统则像一个微型潜水艇一样，武装潜水员乘坐在ASDS中是没有活水的。除了美国以外，俄罗斯等国家也研制了自己的水下运载工具。一些美国的盟国还从美国购买这种运载工具。他们购买的型号各有不同，从早期的SDV到 Mk VIII都是他们购买的范围。SDV最初的含义是“潜水员运载工具”，现在这个词以及它所指代的工具已经为各国反恐特种部队所熟悉和使用。许多国家都花大力气研制同类型产品。具有潜水员运载工具生产能力的国家主要有克罗地亚( Velebit小型潜艇)、德国(“逆載鯨”水下运载工具)、意大利(“战车”水下运载工具，该工具的应用范围很广，包括 COMSUBIN以及印度、阿根廷和埃及等国的反恐特种部队)，以及俄罗斯( Protei--5单人潜水员运载工具)。此外，还有一些国家制造了一些其他型号的微型潜水艇以满足反恐特种部队的需要。
前文已经提到过，反恐特种部队的武装潜水员会接收使用水下呼吸装置并在水下进行长距离游泳的训练。尽管他们在训练中也会学习使用水下呼吸管，但是在实际作战时他们通常不会采用这种方式，因为水下呼吸管会限制潜水员的下潜深度。武装潜水员在佩戴水下呼吸管的情况下，只能一直在水面附近游动。大部分反恐特种部队的武装潜水员，会选择使用封闭回路的水下呼吸装置。这样的呼吸装置不会产生气泡，减少了潜水员暴露的危险。世界上使用比较广泛的封闭回路水下呼吸装置，是奥地利德雷格型封闭回路呼吸器。该呼吸器采用混合气体，可以将潜水员呼出气体中的二氧化碳清除，从而对其进行循环使用而不发出气泡。
武装潜水员在使用封闭回路呼吸器进行潜水时，可以在水下悄无声息地待上4个小时。这里有一点需要重点说明下水下再呼吸系统具有浅水再呼吸系统和深水再呼吸系统两种类型。在河流或者湖泊执行水下作战任务的反恐特种部队武装潜水员会选择使用浅水再呼吸系统。相对于浅水再呼吸系统而言，深水再呼吸系统更为复杂，它往往带有电子控制的混合气体系统以及浮力控制系统。英国SBS部队使用的秘密潜水( Stealth Divex)系统，就是一种典型的深水再呼吸系统。戴上它，反恐特种部队的武装潜水员可以下潜到100米深的水底。
反恐特种部队的武装潜水员还可以使用其他类型的潜水工具来进行潜水登陆或者水下作战。
反恐特种部队还配备了其他用于运输反恐特种部队队员的船只，比如潜水快艇。该类型快艇既可以作为水面快艇来使用，同时也是一艘潜水艇，因此可以为反恐特种部队提供多种用途。
还有一种反恐特种部队常用的特种作战船只，即喷气式快艇。该类型快艇可以快速地将反恐特种部队送达岸边。实际上，任何能够搭载反恐特种部队队员到达岸边，或者指定地点的运输型船只都被这个或那个反恐特种部队测试过。
图:美国海军武装潜水员从潜艇出来，使用一艘SDV(海豹突击队运载工具)继续前进。(美国海军)
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