内含子剪切是真核生物mRNA成熟的关键步骤。这一过程通常被认为主要是伴随着转录发生的。在酵母中，当RNA聚合酶II (Pol-II) 转录到内含子下游45nt时已经有一半的内含子完成了剪切。但高等真核生物，尤其植物中RNA共转录剪切速率，剪切状态和其他RNA加工过程之间的关系又是怎么样的呢？
6月15日，南方科技大学生物系植物与食品研究所的翟继先团队在Nature Plants在线发表了题为Post-transcriptional splicing of nascent RNA contributes to widespread intron retention in plants的研究论文。该研究基于Nanopore技术开发了一套针对染色质结合的新生RNA进行全基因组水平全长测序的方法，发现模式植物拟南芥中超过一半的内含子在Pol-II转录到其下游1 kb后尚未被剪切，这比酵母的剪切速度要慢很多。
作者同时发现很多已经完成转录和多聚腺苷酸化（也就是我们通常所说的加A）的转录本上特定位置的内含子仍未被剪切。这些转录本会滞留在染色质上，等待内含子剪切完成后才能释放到细胞质中发挥功能。因为这一过程发生在转录后，作者称这类内含子为转录后剪切内含子 (post-transcriptionally spliced intron, pts-intron)。对6000多个拟南芥已发表RNA-seq文库分析发现，pts-intron的剪切依赖PRMT5和SKIP等剪切相关蛋白，并受到多种环境信号的调控。此外，拟南芥中大部分内含子滞留事件 (intron retention) 发生在pts内含子上，暗示了植物中广泛观察到的IR现象可能是pts-intron受信号调节而剪切受抑制产生的。作者猜想，植物中大部分带有内含子的全长mRNA转录本并不会被翻译成新的蛋白或被降解，而是被储存在细胞核内等待被最终剪切后成熟出核，从而在转录后水平通过控制剪切来迅速调节成熟mRNA的产生。
该研究开发了一种染色质结合的新生RNA全长测序方法，能捕获包括Pol-II延伸过程中的转录本、已转录过polyA位点的 read through转录本、以及已完成或正在进行加A的转录本在内的多种RNA转录、剪切和加工中间体，并同时对每个RNA分子上的内含子剪切状态、Pol-II转录位置、polyA位置以及polyA长度等信息进行检测。这为研究人员追踪并研究mRNA转录、剪切和加工的动态过程提供了重要的新工具。
南方科技大学翟继先副教授为该论文的通讯作者，课题组两位研究助理教授贾津布博士和龙艳萍博士为该论文共同第一作者。中科院遗传发育所曹晓风教授和邓娴博士以及华南农业大学的夏瑞教授合作参与了工作。该研究得到了基金委，广东省创新创业团队，以及深圳市科创委的资助。
原文链接：
https://www.nature.com/articles/s41477-020-0688-1
翟继先课题组主页集贤斋链接：
www.jixianzhai.org
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